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PROGRAMMA:
NOME
Psequin: invia le sequenze a Genbank, EMBL e DDBJ
SINOSSI
Psequin [-b] [-bse] [-e] [-f Nome del file] [-gc] [-h] [-oldaln] [-vecchio] [-vecchio gph] [-vecchiaseq]
[-vecchia fonte] [-s] [-w] [-x]
DESCRIZIONE
Psequin è un programma progettato per aiutare nell'invio di sequenze a GenBank, EMBL,
e database di sequenze DDBJ. È stato scritto al National Center for Biotechnology
Informazioni, parte della Biblioteca Nazionale di Medicina presso gli Istituti Nazionali di
Salute.
Psequin può assemblare gli elementi essenziali di un record GenBank da un semplice formato FASTA
file di testo. Ad esempio, il programma ottiene il codice genetico corretto da un organismo
nome e determina automaticamente gli intervalli della regione di codifica mediante traduzione inversa dal
sequenza proteica. Una finestra di aiuto in linea scorre nella posizione appropriata come utente
si sposta tra e all'interno dei moduli di inserimento dati, fornendo dettagli rilevanti su quali informazioni sono
previsto.
Psequin contiene anche una serie di funzioni di convalida integrate per l'assicurazione della qualità.
Caratteristiche come i siti di giunzione e le traduzioni delle regioni di codifica vengono controllate per verificarne l'accuratezza o
consistenza interna. Facendo doppio clic su un messaggio di errore viene avviato un editor appropriato
con cui l'utente può correggere eventuali problemi.
Psequin fornisce visualizzazioni live e cliccabili dei dati in una varietà di formati, tra cui a
modulo di report, file flat GenBank, file flat EMBL e una vista grafica. Fare doppio clic su un
elemento in uno di questi formati avvia un editor per quell'elemento. L'editore è in grado di
mantenere le posizioni corrette della tabella delle caratteristiche durante la modifica della sequenza sottostante. Può
visualizza le caratteristiche sulla sequenza durante la modifica e consente di impostare gli intervalli delle caratteristiche
regolato mediante manipolazione diretta.
VERSIONI
-b Modalità Bioseq-set
-bse modalità biseqentry
-e Modalità Entrez
-f Nome del file
leggi da Nome del file
-gc modalità centro genomico
-h disattiva l'aiuto automatico
-oldaln
usa il vecchio lettore di allineamento
-vecchio
lasciare come vecchio ASN.1
-vecchio gph
usa la vecchia vista grafica
-vecchiaseq
usa la vista della vecchia sequenza
-vecchia fonte
usa il vecchio formato sorgente di file flat
-s modalità sottostrumento
-w modalità banco di lavoro
-x leggere dall'input standard
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