falce - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

falce - strumento di ritaglio adattivo con finestra per file FASTQ utilizzando la qualità

SINOSSI

falce [Opzioni]

DESCRIZIONE

## Utilizzo

Sickle ha due modalità per lavorare con letture sia paired-end che single-end: `sickle se` e
`falce pe`.

Running falce da solo stamperà l'aiuto:

falce

Eseguire la falce con i comandi "se" o "pe" darà un aiuto specifico a quelli
comandi:

falce
falcetto

### Sickle Single End (`falce se`)

`sickle se` prende un file fastq di input e produce una versione tagliata di quel file. È anche
ha opzioni per modificare le soglie di lunghezza e qualità per il taglio, oltre a disabilitare
5'-trimming e abilitazione del troncamento di sequenze con Ns.

#### Esempi

falce se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq
falce se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -q 33 -l 40
falce se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -x -n
falce se -t sanger -g -f input_file.fastq -o trimmed_output_file.fastq.gz

### Fine accoppiata falce (`falce pe`)

`falce pe` può funzionare con due tipi di input. Innanzitutto, possono essere necessari due file paired-end
come input e output due file paired-end tagliati e un file "singolo". Il secondo
il modulo inizia con un singolo file di input combinato di letture in cui hai già interlacciato
le letture dal sequencer. In questo modulo, fornisci anche un singolo nome di file di output come
così come un file "singoli". Il file "single" contiene letture che hanno superato il filtro in entrambi
la direzione avanti o indietro, ma non l'altra. Infine, c'è un'opzione (-M) per
produrre solo un file di output interlacciato in cui tutte le letture che non hanno superato il filtro saranno
output come record FastQ con una singola "N" (il cui valore di qualità è il più basso possibile
in base al tipo di qualità), preservando così la natura accoppiata dei dati. Puoi anche
modificare le soglie di lunghezza e qualità per il taglio, nonché disabilitare 5'-trimming e
abilitare il troncamento di sequenze con Ns.

#### Esempi

falce pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
file_output_rifilato1.fastq -p file_output_rifilato2.fastq -s file_singoli_rifilati.fastq

falce pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
file_output_rifilato1.fastq -p file_output_rifilato2.fastq -s file_singoli_rifilati.fastq
-q 12 -l 15

falce pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
file_output_rifilato1.fastq -p file_output_rifilato2.fastq -s file_singoli_rifilati.fastq
-n

falce pe -c combo.fastq -t sanger -m combo_trimmed.fastq -s
file_singoli_rifilati.fastq -n

falce pe -t sanger -g -f file_input1.fastq -r file_input2.fastq -o
file_output_rifilato1.fastq.gz -p file_output_rifilato2.fastq.gz -s
file_singoli_tagliati.fastq.gz

falce pe -c combo.fastq -t sanger -M combo_trimmed_all.fastq

Comando: pe trimming della sequenza paired-end se trimming della sequenza single-end

--Aiuto, visualizza questo aiuto ed esci --versione, visualizza le informazioni sulla versione ed esci

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