Questo è il comando sindex che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
sindex - indicizza un database di sequenze per sfetch
SINOSSI
sinindex [opzioni] fileseq1 [fileseq2...]
DESCRIZIONE
sinindex indicizza uno o più file di seguito per futuri recuperi di sequenze di tratto. un SSI
("squid sequence index") il file viene creato nella stessa directory con i file di sequenza. Di
predefinito, questo file si chiama .ssi.
Se c'è più di un file di sequenza sulla riga di comando, il nome del file SSI sarà
costruito dall'ultimo nome del file di sequenza. Questo potrebbe non essere quello che vuoi; vedere il -o
opzione per specificare il proprio nome per il file SSI.
sinindex è in grado di indicizzare file di grandi dimensioni (>2 GB) se è stato abilitato il supporto LFS opzionale
in fase di compilazione. Vedere le istruzioni di INSTALLAZIONE fornite con @PACKAGE@.
VERSIONI
-h Stampa breve guida; include il numero di versione e il riepilogo di tutte le opzioni, incluso
opzioni per esperti.
-o <ssi file di uscita>
Dirigere l'indice SSI su un file denominato . Per impostazione predefinita, il file SSI andrebbe
a .ssi.
EXPERT VERSIONI
- 64 Forza il file SSI in modalità a 64 bit (file seq grande), anche se il file seq è piccolo.
Non vuoi farlo a meno che tu non stia eseguendo il debug.
--esterno
forza sinindex per eseguire l'ordinamento dei record tramite l'ordinamento esterno (su disco). Questo è solo
utile anche per il debug.
--informati
Specificare che il file di sequenza è sicuramente in formato ; file di sequenza blocchi
rilevamento automatico del formato. Questo è utile nelle pipeline automatizzate, perché migliora
robustezza (l'autorilevamento può occasionalmente andare storto su un perversamente malformato
file). Esempi comuni includono genbank, embl, gcg, pir, stockholm, clustal, msf o
Filippo; vedere la documentazione stampata per un elenco completo dei nomi di formato accettati.
--pfamseq
Un trucco per Pfam; indicizza un file FASTA che è noto per avere linee identificative in
formato ">[nome] [adesione] [descrizione facoltativa]". Normalmente solo la sequenza
nome verrebbe indicizzato come chiave primaria in un file SSI FASTA, ma questo consente
indicizzando sia il nome (come chiave primaria) che l'accesso (come chiave secondaria).
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