subread-align - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

subread-align - un allineatore accurato ed efficiente per mappare entrambe le letture DNA-seq genomiche
e letture RNA-seq (ai fini dell'analisi dell'espressione)

USO

allineamento sottolettura [opzioni] -i -r -o -t

Argomenti richiesti:

-i
Nome di base dell'indice.

-r
Nome del file di input. Formati di input inclusi gzip fastq, fastq e fasta can
essere rilevato automaticamente. Se accoppiato, questo dovrebbe dare il nome del file
comprese le prime letture.

-t
Tipo di dati di sequenza di input. I suoi valori includono 0: RNA-seq data 1: genomic
Dati di DNA-seq.

Argomenti facoltativi:

-o
Nome del file di output. Per impostazione predefinita, l'output è in formato BAM.

-n
Numero di subread selezionati, 10 per impostazione predefinita.

-m
Soglia di consenso per la segnalazione di un hit (numero minimo di subread che mappano in
consenso) . Se paired-end, fornisce la soglia di consenso per la lettura dell'ancora.
3 per impostazione predefinita

-M
Specificare il numero massimo di basi non corrispondenti consentite nell'allineamento. 3 da
predefinito. Le mancate corrispondenze trovate nelle basi softclip non vengono conteggiate.

-T
Numero di thread CPU utilizzati, 1 per impostazione predefinita.

-I
Lunghezza massima (in bp) degli indel rilevabili. 5 per impostazione predefinita. Il programma
può rilevare indel fino a 200 bp di lunghezza.

-B
Numero massimo di posizioni di mappatura ugualmente migliori da segnalare. 1 per impostazione predefinita. Nota
che -u l'opzione ha la precedenza su -B.

-P <3:6>
Formato dei punteggi Phred nei file di input, '3' per phred+33 e '6' per phred+64. '3'
per impostazione predefinita.

-u Segnala solo letture mappate in modo univoco. Numero di basi abbinate (per RNA-seq) o
basi non corrispondenti (per DNA-seq genomico) viene utilizzato per rompere il legame.

-b Converti le basi di lettura dello spazio colore in basi di lettura dello spazio base nell'output della mappatura. Nota
che la mappatura della lettura viene eseguita nello spazio colore.

--sv Rileva varianti strutturali (es. long indel, inversione, duplicazione e
traslocazione) e segnalare i breakpoint. Fare riferimento alla Guida per l'utente per il punto di interruzione
segnalazione.

--SAMInput
Le letture di input sono in formato SAM.

--BAInput
Le letture di input sono in formato BAM.

--SAMuscita
Salva il risultato della mappatura in formato SAM.

--trim5
Tagliare numero di basi dall'estremità 5' di ogni lettura. 0 per impostazione predefinita.

--trim3
Tagliare numero di basi dall'estremità 3' di ogni lettura. 0 per impostazione predefinita.

--rg-id
Aggiungi l'ID del gruppo di lettura all'output.

--rg
Aggiungere all'intestazione del gruppo di lettura (RG) nell'output.

--DPGapOpen Penalità per apertura di gap nel rilevamento di short indel. -1 by
predefinito.

--DPGapExt
Penalità per estensione del gap nel rilevamento di short indel. 0 per impostazione predefinita.

--DPMancata corrispondenza Penalità per discrepanze nel rilevamento dell'indel breve. 0 per
predefinito.

--DPMatch
Punteggio per le basi abbinate nel rilevamento dell'indel corto. 2 per impostazione predefinita.

--complessIndels
Rileva più brevi indel che si verificano contemporaneamente in una piccola regione genomica
(questi indel potrebbero essere a distanza di 1 pb l'uno dall'altro).

-v Versione di output del programma.

Argomenti facoltativi per le letture paired-end:

-R
Nome del file incluse le seconde letture.

-p
Soglia di consenso per la lettura non di ancoraggio (ricevere meno voti rispetto all'ancora
letto dalla stessa coppia). 1 per impostazione predefinita.

-d
Lunghezza minima frammento/inserto, 50 bp per impostazione predefinita.

-D
Lunghezza massima frammento/inserto, 600 bp per impostazione predefinita.

-S
Orientamento della prima e della seconda lettura, 'fr' per impostazione predefinita ( avanti/indietro).

Fare riferimento al Manuale dell'utente per una descrizione dettagliata degli argomenti.

Usa subread-align online utilizzando i servizi onworks.net