sumtrees - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

sumtrees - Riepilogo e annotazione dell'albero filogenetico

SINOSSI

sommari [-io FORMATO] [-B BRUCIARE] [--radicato dalla forza] [--forzatamente sradicato]

DESCRIZIONE

SumTrees è un programma per riassumere bootstrap non parametrico o posteriore bayesiano
supporto probabilistico per spaccature o cladi su alberi filogenetici.

La base della valutazione del supporto è tipicamente data da un insieme di parametri non parametrici
bootstrap replicare alberi di campioni prodotti da programmi come GARLI o RAxML, o da un set
di campioni di alberi MCMC prodotti da programmi come Mr. Bayes o BEAST. La proporzione di
alberi dei campioni in cui si trova una particolare suddivisione è considerato il grado di
supporto per quella divisione come indicato dai campioni. I campioni che sono alla base del
il supporto può essere distribuito su più file e un'opzione di burn-in consente un
numero iniziale di alberi in ogni file da escludere dall'analisi se non lo sono
considerato tratto dalla reale distribuzione del sostegno.

Riassume raccolte di alberi, ad es. campioni MCMC da una distribuzione posteriore,
replica bootstrap non parametrico, mappatura di probabilità a posteriori, supporto o frequenza
che le divisioni/cladi si trovano nell'insieme di alberi di origine su un albero di destinazione.

VERSIONI

Fonte Opzioni:
ALBERO-FILEPATH
Fonte/i di alberi da riassumere. Almeno una fonte valida di alberi deve essere
fornito. Usa '-' per specificare la lettura dall'input standard (nota che questo richiede
il formato del file di input da impostare esplicitamente utilizzando l'opzione '--source-format').

-i FORMATO, --formato-input FORMATO, --formato-sorgente FORMATO
Formato di tutti gli alberi di input (impostazione predefinita per la gestione di NEXUS o NEWICK tramite
ispezione; è più efficiente specificare esplicitamente il formato se è noto).

-b BRUCIARE, --bruciare BRUCIARE
Numero di alberi da saltare dall'inizio di *ogni* file albero durante il conteggio
supporto (predefinito: 0).

--rooted, --radicato
Tratta gli alberi di origine come radicati.

--force-sradicato, --unroot
Tratta gli alberi di origine come non radicati.

-v, --ultrametricità-precisione, --lunghezza-ramo-epsilon
Precisione da utilizzare durante la convalida dell'ultrametria (predefinito: 1e-05; specificare '0' in
disabilitare la convalida).

--alberi-pesati
Usa i pesi degli alberi (come indicato dal token di commento '[&W m/n]') per pesare
contributo delle divisioni trovate su ciascun albero alle frequenze di divisione complessive.

--preserve-sottolineatura
Non convertire i caratteri di sottolineatura non protetti (senza virgolette) in spazi durante la lettura
Alberi di formato NEXUS/NEWICK.

--nome-taxon-percorsofile PERCORSO DEL FILE
Percorso del file che elenca tutti i nomi o le etichette dei taxon che verranno trovati nel
intero set di alberi di origine. Questo file dovrebbe essere un semplice file di testo con un singolo
lista dei nomi su ogni riga. Questo file viene letto solo durante il multiprocessing ('-M' o '-m')
è richiesto. Quando si esegue il multiprocessing utilizzando le opzioni '-M' o '-m', tutti i nomi di taxon
devono essere definiti in anticipo rispetto a qualsiasi analisi ad albero effettiva. Per impostazione predefinita questo è fatto
leggendo il primo albero nel primo albero sorgente ed estraendo i nomi dei taxon.
Nella migliore delle ipotesi, questo è inefficiente, poiché comporta una lettura estranea dell'albero. In
peggio, questo può essere errato, se il primo albero non contiene tutti i taxa.
Fornire esplicitamente i nomi dei taxon tramite questa opzione può evitare questi problemi.

Target Albero Topologia Opzioni:
-t FILE, --percorso-file-albero-destinazione RISORSE
Riepilogare il supporto e altre informazioni dagli alberi di origine alla topologia o
topologie date dagli alberi descritti in FILE. Se nessun obiettivo specificato per l'uso
vengono fornite le topologie, quindi verrà utilizzata una topologia di riepilogo come destinazione. Utilizzare il
'-s' o '--summary-target' per specificare il tipo di albero di riepilogo da utilizzare.

-s TIPO DI RIEPILOGO, --riassunto-obiettivo RIEPILOGO-TIPO
Costruisci e riepiloga il supporto e altre informazioni dagli alberi di origine a uno
delle seguenti topologie di sintesi: - 'consenso'

Un albero di consenso La frequenza minima
la soglia di cladi da includere può essere specificata utilizzando '-f' o
flag '--min-clade-freq'. Questo è il PREDEFINITO se un albero di destinazione specificato dall'utente è
non fornito tramite le opzioni '-t' o '--target-tree-filepath'.

- 'mcct'
Il massimo albero di credibilità del clade. L'albero dell'insieme di origine che massimizza il
*prodotto* delle probabilità a posteriori del clade.

- 'msct'
Il massimo albero di credibilità del clade. L'albero dell'insieme di origine che massimizza il
*prodotto* delle probabilità a posteriori del clade.

Target Albero Supplementare Opzioni:
-f #.##, --freq-consenso-min #.##, --frequenza min #.##, --freq-min-clade #.##
Se si utilizza una strategia di riepilogo dell'albero di consenso, questo è il minimo
frequenza o probabilità che un clade o uno split siano inclusi nel risultato
albero (predefinito: > 0.5).

--allow-unknown-target-tree-taxa
Non fallire con errore se gli alberi di destinazione hanno taxa non incontrati in precedenza in
alberi di origine o definiti nel file di rilevamento del taxon.

Target Albero radicamento Opzioni:
--root-target-at-outgroup ETICHETTA FISCALE
Radice gli alberi di destinazione utilizzando il taxon specificato come outgroup.

--root-target-at-punto-medio
Radice degli alberi di destinazione nel punto medio.

--set-outgroup ETICHETTA FISCALE
Ruota gli alberi di destinazione in modo che il taxon specificato sia nella posizione dell'outgroup, ma
non modificare in modo esplicito il rooting dell'albero di destinazione.

Target Albero bordo Opzioni:
-e STRATEGIA, --set-bordi STRATEGIA, --bordi STRATEGIA
Imposta le lunghezze dei bordi degli alberi di destinazione o di riepilogo in base a quanto specificato
STRATEGIA di sintesi: - 'lunghezza media'

Le lunghezze dei bordi saranno impostate sulla media di
lunghezze del corrispondente split o clade negli alberi di origine.

- 'lunghezza mediana'
Le lunghezze dei bordi saranno impostate sulla mediana del

lunghezze del corrispondente split o clade in
gli alberi di origine.

- 'età media'
Le lunghezze dei bordi verranno regolate in modo che l'età dei nodi sottesi sia uguale a
l'età media del corrispondente split o clade negli alberi di origine. Alberi di origine
dovrà essere ultrametrico per questa opzione.

- 'età media'
Le lunghezze dei bordi verranno regolate in modo che l'età dei nodi sottesi sia uguale a
l'età media del corrispondente split o clade negli alberi di origine. Fonte
gli alberi dovranno essere ultrametrici per questa opzione.

- supporto
Le lunghezze dei bordi verranno impostate sul valore di supporto per la divisione rappresentata da
bordo.

- 'mantenere'
Non modificare le lunghezze dei bordi esistenti. Questo è il PREDEFINITO se gli alberi di destinazione sono
ricavato da un file esterno utilizzando l'opzione '-t' o '--targettree-filepath'

- 'chiaro'
Le lunghezze dei bordi verranno eliminate dagli alberi di destinazione, se presenti.

Notare che le impostazioni predefinite variano a seconda del
seguenti, in ordine di preferenza: (1) Se gli alberi di destinazione sono specificati utilizzando '-t'
or

opzione '--target-tree-filepath', quindi il limite predefinito
strategia di sintesi è: 'mantenere'.

(2) Se gli alberi di destinazione non sono specificati, ma il
Viene specificata l'opzione '--summarize-node-ages', quindi il riepilogo dei bordi predefinito
strategia è: 'età media'.

(3) Se non sono specificati alberi di destinazione e il
le età dei nodi NON sono specificate per essere riepilogate, quindi il riepilogo del bordo predefinito
strategia è: 'media-lunghezza'.

--forza-minima-lunghezza del bordo FORZA_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(Se si impostano le lunghezze dei bordi) forzare tutti i bordi ad avere almeno questa lunghezza.

--collasso-archi-negativi
(Se si impostano le lunghezze dei bordi) forzare le età del nodo padre ad essere vecchie almeno quanto le sue
figlio maggiore durante il riepilogo delle età dei nodi.

Target Albero Annotazione Opzioni:
--summarize-node-età, --ultrametrico, --node-età
Assumiamo che gli alberi sorgente siano ultrametici e riassumono le età dei nodi (distanze da
suggerimenti).

-l {supportare, mantenere, cancellare}, --etichette {supportare, mantenere, cancellare}
Imposta le etichette dei nodi del riepilogo o degli alberi di destinazione: - 'supporto'

Le etichette dei nodi verranno impostate sul valore di supporto per
il clade rappresentato dal nodo. Questo è il PREDEFINITO.

- 'mantenere'
Non modificare le etichette dei nodi esistenti.

- 'chiaro'
Le etichette dei nodi verranno cancellate dagli alberi di destinazione, se presenti.

--sopprimi-annotazioni, --no-annotazioni
NON annotare nodi e bordi con metadati di informazioni di riepilogo come
valori as.support, statistiche riassuntive sulla lunghezza del bordo e/o sull'età del nodo, ecc.

Assistenza Espressione Opzioni:
-p, --percentuali
Indicare il supporto del ramo come percentuale (altrimenti, riporterà come proporzioni di
predefinito).

-d #, --decimali #
Numero di cifre decimali nell'indicazione dei valori di supporto (default: 8).

Uscita Opzioni:
-o PERCORSO DEL FILE, --output-tree-percorso file PERCORSO DEL FILE, --produzione PERCORSO DEL FILE
Percorso del file di output (se non specificato, verrà stampato sull'output standard).

-F {nexus, newick, phylip, nexml}, --output-albero-formato {nexus, newick, phylip, nexml}
Formato del file dell'albero di output (se non specificato, il valore predefinito è il formato di input, se questo
è stato esplicitamente specificato, o "nexus" altrimenti).

-x PREFISSO, --output-esteso PREFISSO
Se specificato, verranno generate informazioni di riepilogo estese, costituite da
i seguenti file: - ' .topologie.alberi'

Una raccolta di topologie trovate nelle sorgenti
riportati con le probabilità a posteriori associate come annotazioni di metadati.

- ' .bipartizioni.alberi'
Una raccolta di bipartizioni, ciascuna rappresentata come un albero, con associati
informazioni come annotazioni di metadati.

- ' .bipartizioni.tsv'
Tabella che elenca le bipartizioni come pattern di gruppo come colonna chiave e informazioni
considerando ciascuna delle bipartizioni come le restanti colonne.

- ' .lunghezze-bordo.tsv'
Elenco delle bipartizioni e delle corrispondenti lunghezze degli spigoli. Generato solo se le lunghezze dei bordi
sono riassunti.

- ' .node-ages.tsv'
Elenco delle bipartizioni e delle età corrispondenti. Generato solo se le età dei nodi sono
riassunti.

--no-taxa-blocco
Quando si scrive un output in formato NEXUS, non includere un blocco taxa nell'output
treefile (altrimenti creerà il blocco taxa per impostazione predefinita).

--nessuna-analisi-metainformazione, --no-meta-commenti
Non includere meta-informazioni che descrivono i parametri di riepilogo e
dettagli di esecuzione.

-c COMMENTI AGGIUNTIVI, --commenti aggiuntivi COMMENTI AGGIUNTIVI
Ulteriori commenti da aggiungere al file di riepilogo.

-r, --sostituire
Sostituisci/sovrascrivi il file di output senza chiedere se esiste già.

Parallel Processando Opzioni:
-M, --massimo-multiprocesso
Esegui in modalità parallela utilizzando tutti i processori disponibili, fino al numero di
fonti.

-m NUM-PROCESSI, --multiprocesso NUM-PROCESSI
Esegui in modalità parallela con un massimo di NUMPROCESSES processi ('max' o '#'
significa eseguire tanti processi quanti sono i core sulla macchina locale; cioè,
equivale a specificare '-M' o '--maximummultiprocessing').

Programma Registrazione Opzioni:
-g LOG-FREQUENZA, --frequenza-log LOG-FREQUENZA
Frequenza di registrazione dell'avanzamento dell'elaborazione dell'albero (impostazione predefinita: 500; impostare a 0 per sopprimere).

-q, --silenzioso
Sopprime TUTTI i messaggi di registrazione, avanzamento e feedback.

Programma Errore Opzioni:
--ignora-mancante-supporto
Ignora i file dell'albero di supporto mancanti (nota che almeno uno deve esistere).

Programma Informazioni Opzioni:
-h, --Aiuto
Mostra le informazioni di aiuto per il programma ed esci.

--citazione
Mostra le informazioni sulla citazione per il programma ed esci.

--esempi-di-uso
Mostra esempi di utilizzo del programma ed esci.

--descrivere
Mostra le informazioni relative alle tue installazioni DendroPy e Python ed esci.

AUTORI

Jeet Sukumaran e Mark T. Holder

Usa sumtrees online utilizzando i servizi onworks.net