topred - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

sopraffatto - Predizione della topologia transmembrana.

SINOSSI

sopraffatto [opzioni]ss dati> ...

VERSIONI

Sono consentite le seguenti opzioni della riga di comando:

-c APPREZZIAMO
Usa il APPREZZIAMO come un certo valore di cut-off. Il valore predefinito è 1.

-d val
Usa il val come distanza critica tra 2 segmenti transmembrana. Se 2 calcolato
i segmenti sono separati da una distanza minore di val aminoacidi solo il segmento
con il miglior valore di idrofobicità viene preso in considerazione. Il valore predefinito è 2.

-e cambia il calcolo cyt-ext in Eucarioti. L'impostazione predefinita è Procarioti.

-g formato
Produrre o visualizzare il profilo idrofobico in specificato formato. Attualmente il supportato
i valori per il formato sono:

x11 : visualizza il grafico a schermo (predefinito).
ps : produce un file .ps.
png : produce un file .png.
ppm : produce un file .ppm.
nessuna : non viene prodotto alcun profilo.

Attenzione: questa opzione e i relativi valori sono esclusivamente disponibile se topred è compilato
con il supporto gnuplot.

-h Visualizzazione dell'utilizzo.

-H filetto
Carica scala idrofobicità da filetto, l'impostazione predefinita è scala GES. I valori accettati sono
o:

Scala KD : (Kyte e Doolittle, J. Mol. Biol (1982) 157, 105-132)
Scala GES : (Goldman Engelman Steitz Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1986 15/321
53)
Scala GVH : (Gunnar von Heijne J. Mol. Biol. (1992) 225, 487-494)
o il tuo file di scala di idrofobicità. In questo caso il file della scala di idrofobicità
deve trovarsi nella directory di lavoro.

Per utilizzare il proprio file di scala di idrofobicità, vedere il formato del supporto
ridimensionare i file nella directory dei dati in alto sul tuo sistema; guarda dentro
/usr/condividi/sopra/or /usr/local/condividi/sopra/o chiedi al tuo amministratore di sistema.

-n APPREZZIAMO
Usa il APPREZZIAMO come lunghezza della finestra principale, il valore predefinito è 11.

-o filetto
Posiziona l'output in filettoe memorizza tutti gli altri file nella stessa directory di filetto.

-O formato
Stampa l'output nel specificato formato. I valori supportati sono: vecchio: vecchio output sovrastampato
formato, nuovi: nuovo formato di output topred (il valore predefinito), html: crea una pagina html
per sequenza, notare che se non specificato profilo idrofobico e topologie
la rappresentazione è forzata in formato png.

-p APPREZZIAMO
Usa il APPREZZIAMO come cut-off putativo, il valore predefinito è 0.6.

-q APPREZZIAMO
Usa il APPREZZIAMO come lunghezza della finestra a cuneo, il valore predefinito è 5.

-s APPREZZIAMO
Usa il APPREZZIAMO come lunghezza critica del ciclo. Se un loop tra 2 segmenti transmembrana ha a
lunghezza maggiore di val il rapporto Lys/Arg non viene preso in considerazione per determinare il
topologie. Il valore predefinito è 60.

-t formato
Produrre immagini delle topologie specificate formato. Attualmente i valori supportati
per formato sono: png: produce immagini delle topologie in formato png, nessuna: nessuna grafica
viene prodotta la rappresentazione delle topologie. L'impostazione predefinita è png.

Attenzione: questa opzione e i relativi valori sono esclusivamente disponibile se topred è compilato
con il supporto libgdb.

-v Visualizza il numero di versione.

FORMATO

sopraffatto gestisce solo il formato della sequenza fasta come input.

sopraffatto gestisce 2 formati di output tramite il -O bandiera.

DESCRIZIONE

sopraffatto è un programma per determinare la topologia di una proteina transmembrana basata su G. von
Algoritmo di Heijne.

"Previsione della struttura delle proteine ​​di membrana. Analisi dell'idrofobicità e interno positivo
regola." J. Mol. Biol. 1992 225,487-494.

Ogni sequenza da ss dati in formato fasta viene elaborato, e sopraffatto generare il
Profilo di idrofobia della sequenza e corrispondenti valori di idrofobia in
il fileID-sequenza>.idro.

Inoltre, le topologie previste sono rappresentate come immagini png. Ogni topologia è
memorizzato in fileID-sequenza>-<numero>.png

Il profilo di idrofobicità viene calcolato utilizzando una finestra formata da una finestra rettangolare centrale
di metratura n, affiancato da 2 finestre triangolari di metratura q. NB media rettangolare e triangolare
che i valori di ponderazione all'interno di tali finestre sono rispettivamente costanti e variabili.

Il profilo di idrofobicità viene calcolato utilizzando la seguente finestra

-> n <-
___________
/⎪ ⎪\
/ ⎪ \
/__⎪_________⎪__\
-> q <- -> q <-
-> l = n + 2q <-

Quindi si può usare una finestra rettangolare impostando q su 0.

sopraffatto produce i seguenti file di output, a seconda delle opzioni della riga di comando

foo.idro
File contenente i valori idrofobici per la sequenza foo.

pippo.ps, pippo.ppm, foo.png
Immagine che rappresenta il profilo idrofobico per la sequenza foo in poscritto, ppm o
png a seconda del valore dell'opzione -g specificato sulla riga di comando, rispettivamente -g
ps, -g ppm o -g png.

foo-1.png ... foo-n.png
Immagine che rappresenta la rappresentazione grafica della topologia prevista 1... n per l'
sequenza foo in formato png se l'opzione -t png è data sulla riga di comando.

AMBIENTE

TOPPREDDATI potrebbe essere usato per specificare una cartella di dati topred alternativa

ESEMPI

Considera la sequenza formattata per fasta foo in archivio bar.

sopraffatto bar
Elabora tutte le sequenze in formato fasta da bar, visualizzare per ogni sequenza il
profilo di idrofobicità, produrre il corrispondente foo.idro e la corrispondente
pippo-<#>.png rappresentazione grafica delle topologie come immagini png.

sopraffatto -GPS bar
Come il precedente, tranne per il fatto che invece di visualizzare il profilo di idrofobicità su
schermo, questo è prodotto in un'immagine in formato poscritto pippo.ps

sopraffatto -g nessuno bar
Come il precedente, tranne per il fatto che non viene visualizzato nemmeno il profilo di idrofobicità
prodotta.

sopraffatto -g nessuno -t nessuno bar
Stesso un precedente, tranne che né il profilo di idrofobicità né il grafico
la rappresentazione delle topologie non viene prodotta

sopraffatto -H KD-scala bar
Usa la scala KD invece della scala GES predefinita, durante l'elaborazione delle sequenze.

sopraffatto -O html -g png -t nessuno -o risultato bar
Scrivi output html nel file colpevole, inoltre si produce il profilo di idrofobicità
in formato PNG e non vengono prodotte topologie grafiche.

gatto bar ⎪ sopraffatto -
sopraffatto è in grado di leggere i dati da stdin.

AUTORI

Eric Deveaud[email protected]>, Istituto Pasteur e Katja Schuerer.

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