Questo è il comando tqs che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
tqs - Sequenze Solexa-Illumina di qualità dell'assetto
SINOSSI
La sequenza Solexa-Illumina dell'assetto di qualità legge utilizzando soglie definite dall'utente.
VERSIONI
-h, --aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-f SEQFILE, --sequenza file=SEQFILE
File di sequenza Illumina - Formato di output dall'analizzatore di genoma 1G (_seq.txt):
7 1 255 669
AACCCCCACTCCTACAACGCCATCATTCCCCTCGAC
-q QUALFILE, --qual file=QUALFILE
Un file prb contenente tutte le intensità Illumina, come emesso dall'1G
Analizzatore del genoma (_prb.txt)
-l MER, --lunghezza=MER
Lunghezza delle letture della sequenza (ovvero numero di cicli di sequenziamento, impostazione predefinita = 36)
-t SOGLIA, --soglia=SOGLIA
Valore soglia intensità base (da -40 a 40, predefinito=5)
-d DIFF, --differenza=DIFF
Differenza di intensità di base tra l'intensità massima e la seconda migliore (da 1 a 80,
predefinito=5)
-c CONSEC, --consec=CONSEC
Numero minimo di basi consecutive che superano i valori di soglia (predefinito=20)
-v, --verboso
Funziona in modalità dettagliata.
Utilizza tqs online utilizzando i servizi onworks.net
