Questo è il comando tree_recon che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
tree_recon - Ricostruzione dell'albero
SINOSSI
tree_recon [OPZIONI] -m IN.DIST
DESCRIZIONE
Ricostruisci l'albero filogenetico dalla matrice di Phylip IN.DIST.
-h, --Aiuto
Visualizza questo messaggio di aiuto.
--versione
informazioni sulla versione
Input Output:
-m, --matrice RISORSE
Nome File matrice distanza Phylip. Deve contenere almeno tre specie. Valido
il tipo di file è: dist.
-o, --out-file RISORSE
Percorso in cui scrivere l'output. I tipi di file validi sono: dot e newick. Predefinito: albero.dot.
Opzioni algoritmo:
-b, --costruire METODO
Metodo di costruzione degli alberi. nj: prossimo-unione, min: UPGMA single linkage, max: UPGMA
collegamento completo, avg: collegamento medio UPGMA, wavg: collegamento medio ponderato UPGMA.
L'unione del vicino crea un albero senza radici. Radichiamo quell'albero come minimo unito
coppia. Uno tra nj, min, max, avg e wavg. Predefinito: nj.
CONTATTI E REFERENZE
Per domande o commenti, contattare:
Tobias Rausch[email protected]>
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VERSIONE
tree_recon versione: 1.02 Ultimo aggiornamento 17 luglio 2012
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