TrimmomaticPE - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

TrimmomaticPE - strumento di ritaglio di lettura flessibile per dati NGS Illumina

SINOSSI

Modalità di fine accoppiata:

TrimmomaticoPE [-thread fili] [-phred33 | -phred64] [-trimlog logFile] accoppiato produzione
1 spaiato produzione 1 accoppiato produzione 2 spaiato produzione 2 passo 1 ...

Modalità singola:

TrimmomaticoSE [-thread fili] [-phred33 | -phred64] [-trimlog logFile] produzione passo 1
...

DESCRIZIONE

Trimmomatic esegue una serie di utili attività di rifinitura per luci paired-end e single
dati terminati. La selezione dei passi di rifilatura e dei relativi parametri sono forniti su
la riga di comando.

VERSIONI

-fred
Se non viene specificato alcun punteggio di qualità, phred-64 è l'impostazione predefinita.

-trimlog
La specifica di un file trimlog crea un registro di tutti i tagli letti, indicando il
seguenti dettagli:

· il nome letto

· la lunghezza della sequenza sopravvissuta

· la posizione della prima base superstite, alias. la quantità tagliata dall'inizio

· la posizione dell'ultima base sopravvissuta nella lettura originale

· la quantità tagliata dalla fine

È possibile specificare più passaggi in base alle esigenze, utilizzando argomenti aggiuntivi alla fine.

La maggior parte dei passaggi richiede una o più impostazioni, delimitate da ´:´ (due punti)

Opzioni di passaggio:

ILLUMINACLIP: : : :
fastaWithAdaptersEtc: specifica il percorso di un file fasta contenente tutti gli adattatori, le sequenze PCR ecc.
La denominazione delle varie sequenze all'interno di questo file determina il modo in cui vengono utilizzate. Vedi sotto.
seedMismatches: specifica il numero massimo di mismatch che consentirà comunque di eseguire una corrispondenza completa
palindromeClipThreshold: specifica quanto deve essere accurata la corrispondenza tra le due letture "adapter ligated" per l'allineamento della lettura palindroma PE.
simpleClipThreshold: specifica quanto deve essere accurata la corrispondenza tra qualsiasi sequenza di adattatori ecc. rispetto a una lettura.
.
Gli adattatori sono installati sul sistema Debian in /usr/share/trimmomatic/.

FINESTRA SCORREVOLE: :
windowSize: specifica il numero di basi su cui fare la media
qualità richiesta: specifica la qualità media richiesta.

PRIMO:
qualità: specifica la qualità minima richiesta per mantenere una base.

TRASCINAMENTO:
qualità: specifica la qualità minima richiesta per mantenere una base.

RITAGLIA:
lunghezza: Il numero di basi da mantenere, dall'inizio della lettura.

TESTA:
lunghezza: Il numero di basi da rimuovere dall'inizio della lettura.

LUNGHEZZA MINIMA:
length: specifica la lunghezza minima delle letture da mantenere.

Ordine di rifilatura

Il taglio avviene nell'ordine in cui i passaggi sono specificati nella riga di comando. è
consigliato nella maggior parte dei casi che il ritaglio dell'adattatore, se necessario, venga eseguito già dal
possibile.

ESEMPI

Fine accoppiata:

TrimmomaticoPE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gz lane1_forward_paired.fq.gz
corsia1_forward_unpaired.fq.gz corsia1_reverse_paired.fq.gz corsia1_reverse_unpaired.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
FINESTRA SCORREVOLE:4:15 MINLEN:36

Questo eseguirà quanto segue:

Rimuovere gli adattatori
Rimuovi le basi principali di bassa qualità o N (sotto la qualità 3)
Rimuovi le basi finali di bassa qualità o N (sotto la qualità 3)
Scansiona la lettura con una finestra scorrevole larga 4 basi, tagliando quando la qualità media per base scende al di sotto di 15
Drop legge sotto le 36 basi lunghe

L'equivalente per le letture single-ended è:

TrimmomaticoSE s_1_1_sequence.txt.gz corsia1_forward.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
FINESTRA SCORREVOLE:4:15 MINLEN:36

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