uchime - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

uchime - legge un file fasta e un file di riferimento e genera sequenze potenzialmente chimeriche

DESCRIZIONE

Il comando chimera.uchime legge un file fasta e un file di riferimento ed emette potenzialmente
sequenze chimeriche. Il programma Uchime originale è stato scritto da Robert C. Edgar.

SINOSSI

Uchime --ingresso query.fasta [--db db.fasta] [--uchimeout risultati.uchime]

[--uchimealns risultati.alns]

VERSIONI

--ingresso Nome del file

Sequenze di query in formato FASTA. Se la --db l'opzione non è specificata, usa uchime
rilevamento ex novo. In modalità de novo, l'abbondanza relativa deve essere data da una stringa
/ab=xxx/ da qualche parte nell'etichetta, dove xxx è un numero in virgola mobile, ad es
>F00QGH67HG/ab=1.2/.

--db Nome del file

Database di riferimento in formato FASTA. Facoltativo, se non specificato uchime utilizza de novo
modalità.

***ATTENZIONE*** La ricerca nel database viene effettuata SOLO sul filo più. DEVI includere
sequenze con complemento inverso nel database se si desidera che entrambi i fili siano
cercato.

--di traverso x

Disallineamento minimo dell'abbondanza. Predefinito 1.9. Solo modalità de novo. L'inclinazione dell'abbondanza è:

min [ abund(genitore1), abund(genitore2) ] / abund(query).

--Uchimeout Nome del file

Output in formato a schede con un record per sequenza di query. Il primo campo è il punteggio
(h), il secondo campo è l'etichetta della query. Per i dettagli, vedere il manuale.

--uchimealns Nome del file

Allineamenti multipli di sequenze di query ai genitori in formato leggibile.
Gli allineamenti mostrano colonne con differenze che supportano o contraddicono una chimerica
modello.

--min h

Punteggio minimo per segnalare chimera. Predefinito 0.3. I valori da 0.1 a 5 potrebbero essere
ragionevole. Valori più bassi aumentano la sensibilità ma possono riportare più falsi positivi.
Se diminuisci --xn, potrebbe essere necessario aumentare --min, e viceversa.

--mindiv div

Rapporto di divergenza minimo, default 0.5. Il rapporto div è 100% - %identity tra query
sequenza e il candidato più vicino per essere un genitore. Se non ti interessa molto
chiudi chimere, poi potresti aumentare --mindiv a, diciamo, 1.0 o 2.0, e anche
diminuire --min h, diciamo a 0.1, per aumentare la sensibilità. Quanto bene funzionerà
dipende dai tuoi dati La cosa migliore è regolare i parametri su un buon benchmark.

--xn beta

Peso di un voto negativo, chiamato anche parametro beta. Predefinito 8.0. Diminuendo questo
il peso a circa 3 o 4 può fornire prestazioni migliori sui dati denoised.

--dn n

Pseudo-conteggio antecedente al numero di voti negativi. Predefinito 1.4. Probabilmente nessuna buona ragione per
cambialo a meno che tu non possa risintonizzarti su un buon benchmark per i tuoi dati. Ragionevole
i valori sono probabilmente nell'intervallo da 0.2 a 2.

--xa w

Peso dell'astensione. Predefinito 1. Finora, i risultati non sembrano essere molto
sensibile a questo parametro, ma se hai un buon training set potrebbe valerne la pena
provare. I valori ragionevoli potrebbero variare da 0.1 a 2.

--pezzi n

Numero di blocchi da estrarre dalla sequenza di query durante la ricerca dei genitori.
Predefinito 4.

--[no]ovchunk

[Non] utilizzare blocchi sovrapposti. L'impostazione predefinita no.

--Minchunk n

Lunghezza minima di un pezzo. Predefinito 64.

--idfinestra liscia w

Lunghezza della finestra di livellamento dell'ID. Predefinito 32.

--minsmootid f

Identità di fazione minima rispetto alla finestra livellata del genitore candidato. Predefinito 0.95.

--maxp n

Numero massimo di genitori candidati da considerare. Predefinito 2. Nei test finora,
crescente --maxp dà solo un piccolissimo miglioramento della sensibilità ma tende a
aumentare un po' il tasso di errore.

--[nessun]salto --[no]skipgaps2

Queste opzioni controllano il modo in cui le colonne con spazi vuoti influiscono sul conteggio delle differenze. Se --salta
è specificato, le colonne contenenti spazi non vengono trovate come differenze. Se --skipgaps2 is
specificato, se la colonna è immediatamente adiacente a una colonna contenente uno spazio vuoto, è
non conteggiato come diff. L'impostazione predefinita è --salta --skipgaps2.

--minlen L --maxlen L

Lunghezza minima e massima della sequenza. Predefinito 10, 10000. Si applica sia a query che a
sequenze di riferimento.

--ucl

Usa gli allineamenti X locale. L'impostazione predefinita è global-X. Nei test finora, global-X è sempre
meglio; questa opzione viene mantenuta perché potrebbe funzionare bene su qualche tipo futuro
di dati.

--queryfract f

Frazione minima della sequenza di query che deve essere coperta da un allineamento X locale.
Predefinito 0.5. Si applica solo quando --ucl è specificato.

--silenzioso

Non visualizzare messaggi di avanzamento su stderr.

--tronco d'albero Nome del file

Scrivere informazioni varie nel file di registro. Per lo più di interesse per me (il
sviluppatore di algoritmi). Utilizzo --verboso per maggiori informazioni.

--se stesso

In modalità database di riferimento, esclude una sequenza di riferimento se ha la stessa etichetta
come la domanda. Questo è utile per il benchmarking utilizzando il ref db come query per
test per falsi positivi.

--di traverso
Aiuto

--assorbire
Aiuto

--abx
Aiuto

--tutte le coppie
Aiuto

--alfa
Aiuto

--gruppo musicale
Aiuto

--blast6out
Aiuto

--[no]blast_termgaps
Aiuto

--esplosione
Aiuto

--colpo
Aiuto

--[no] cartoon_orfs
Aiuto

--cc
Aiuto

--chain_evalue
Aiuto

--chain_targetfract
Aiuto

--chainhit
Aiuto

--catena
Aiuto

--pezzi
Aiuto

--clstr2uc
Aiuto

--ciuffo
Aiuto

--clump2fasta
Aiuto

--clumpfasta
Aiuto

--clumpout
Aiuto

--grappolo
Aiuto

--compilatoreinfo
Scrivi informazioni sui tipi di compilatore e #defines su stdout.

--computer
Aiuto

--db
Aiuto

--dbstep
Aiuto

--[no]denovo
Aiuto

--derep
Aiuto

--diffchar
Aiuto

--dn
Aiuto

--doug
Aiuto

--dropct
Aiuto

--valuta
Aiuto

--evalore_g
Aiuto

--esatto
Aiuto

--[no]fastalign
Aiuto

--fastapairs
Aiuto

--fastq2fast
Aiuto

--findorf
Aiuto

--[no]flushuc
Aiuto

--portafoto
Aiuto

--fpenalità
Aiuto

--gapext
Aiuto

--gapopen
Aiuto

--getseqs
Aiuto

--globale
Aiuto

--hash Aiuto

--dimensione hash
Aiuto

--Aiuto Visualizza le opzioni della riga di comando.

--noleggiare
Aiuto

--hspalfa
Aiuto

--ID
Aiuto

--idchar
Aiuto

--iddef
Aiuto

--idprefisso
Aiuto

--id
Aiuto

--idfinestra liscia
Aiuto

--idsuffisso
Aiuto

--indexstats
Aiuto

--ingresso
Aiuto

--[no]isort
Aiuto

--K
Aiuto

--ka_dbsize
Aiuto

--ka_gapped_k
Aiuto

--ka_gapped_lambda
Aiuto

--ka_ungapped_k
Aiuto

--ka_ungapped_lambda
Aiuto

--[nessuna]etichetta_ab
Aiuto

--etichette
Aiuto

--[no]lasciato solo
Aiuto

--lex
Aiuto

--Locale
Aiuto

--tronco d'albero
Nome del file di registro.

--[no]log_hotits
Aiuto

--[no]log_query
Aiuto

--[no]logmemg cresce
Aiuto

--logopts
Opzioni di registro.

--[no]logwordstats
Aiuto

--lopen
Aiuto

--makeindex
Aiuto

--incontro
Aiuto

--matrice
Aiuto

--max2
Aiuto

--maxaccetta
Aiuto

--maxcluster
Aiuto

--maxlen
Aiuto

--maxovd
Aiuto

--maxp
Aiuto

--maxpoly
Aiuto

--maxqgap
Aiuto

--maxrifiuta
Aiuto

--maxspan1
Aiuto

--maxspan2
Aiuto

--maxtarget
Aiuto

--maxtgap
Aiuto

--mc
Aiuto

--unisci gruppi
Aiuto

--mergesort
Aiuto

--Minchunk
Aiuto

--mincodon
Aiuto

--mindiff
Aiuto

--mindiv
Aiuto

--min
Aiuto

--minhsp
Aiuto

--minlen
Aiuto

--minorfcov
Aiuto

--minspanrazione1
Aiuto

--minspanrazione2
Aiuto

--[no]meno_frames
Aiuto

--mancata corrispondenza
Aiuto

--mktest
Aiuto

--[no]nb
Aiuto

--ottimale
Aiuto

--orfstyle
Aiuto

--otusort
Aiuto

--produzione
Aiuto

--[no]output_rejects
Aiuto

--probx
Aiuto

--interrogazione
Aiuto

--queryfract
Aiuto

--querylen
Aiuto

--silenzioso
Disattiva i messaggi di avanzamento.

--seme di randa
Aiuto

--reallineare
Aiuto

--[no]riv
Aiuto

--[no]giusto
Aiuto

--rowlen
Aiuto

--sec
Aiuto

--semi
Aiuto

--seme fuori
Aiuto

--semina1
Aiuto

--semina2
Aiuto

--se stesso Aiuto

--[no]egoista
Aiuto

--simcl
Aiuto

--[nessun]salto
Aiuto

--[no]skipgaps2
Aiuto

--ordinare
Aiuto

--sortuc
Aiuto

--sparsedista
Aiuto

--sparsedistparams
Aiuto

--diviso
Aiuto

--[no]assortimento
Aiuto

--spenalità
Aiuto

--[no]stable_sort
Aiuto

--staralign
Aiuto

--password
Aiuto

--filo
Aiuto

--fratto bersaglio
Aiuto

--obiettivo
Aiuto

--tmpdir
Aiuto

--[nessuna traccia
Aiuto

--tracestato
Aiuto

--[no]trunclabel
Aiuto

--[no]due colpi
Aiuto

--uc
Aiuto

--uc2clstr
Aiuto

--uc2fasta
Aiuto

--uc2fastax
Aiuto

--uchime
Aiuto

--uchimealns
Aiuto

--Uchimeout
Aiuto

--[no]ucl
Aiuto

--uhire
Aiuto

--sganciato
Aiuto

--campi utente
Aiuto

--userout
Aiuto

--usersort
Aiuto

--uslink
Aiuto

--[no]usor
Aiuto

--utax
Aiuto

--[no]verboso
Aiuto

--versione
Mostra la versione ed esci.

--w
Aiuto

--valore_debole
Aiuto

--weak_id
Aiuto

--[no]wordcountreject
Aiuto

--[nessun] peso delle parole
Aiuto

--xa
Aiuto

--xdrop_g
Aiuto

--xdrop_nw
Aiuto

--xdrop_u
Aiuto

--xdrop_ug
Aiuto

--xframe
Aiuto

--xlat Aiuto

--xn
Aiuto

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