Questa è l'app Linux denominata CAMPARI la cui ultima versione può essere scaricata come campari_v4_12202020.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata CAMPARI con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
CAMPARI
Ad
DESCRIZIONE
Siamo orgogliosi di presentare la versione 4 di CAMPARI. Mantenendo la filosofia introdotta con V3 per velocizzare (quasi) tutto con l'aiuto di OpenMP (threads parallelism), abbiamo aggiunto una serie di nuovi algoritmi dalla letteratura recente, in particolare un intero modulo che si occupa di piccole molecole di chimica arbitraria per applicazioni nell'aggancio computazionale e nella progettazione di farmaci. Naturalmente, CAMPARI continua a fornire l'implementazione di riferimento del paradigma del campo di forza ABSINTH e del modello di risoluzione implicita.
CAMPARI è un pacchetto congiunto per l'esecuzione e l'analisi di simulazioni molecolari, in particolare di sistemi di rilevanza biologica. Si concentra su un'ampia disponibilità di algoritmi per il campionamento (avanzato) ed è in grado di combinare Monte Carlo e dinamica molecolare in modo trasparente. CAMPARI offre all'utente un altissimo livello di controllo su tutte le funzionalità implementate. Per ulteriori informazioni e caratteristiche, fare riferimento alla homepage del progetto all'indirizzo http://campari.sourceforge.net.
Caratteristiche
- Campionamento combinato MC e MD, MD nello spazio cartesiano o torsionale / del corpo rigido
- Efficiente parallelizzazione OpenMP di tutte le routine di energia/forza di base
- Analisi al volo o esecuzione come strumento di analisi della traiettoria (anche in parallelo)
- Molte routine di analisi integrate (DSSP, mappe di contatto, funzioni di correlazione di coppia, ecc.)
- Supporto per diversi clustering strutturali e relativi algoritmi insieme alle analisi del modello di stato di Markov
- Struttura di analisi autonoma per le strutture del modello statale di clustering/Markov
- Completamente documentato (html) e inoltre fornito con 16 tutorial
- Altissimo livello di controllo su quasi tutte le funzionalità supportate
- Ampio supporto per tecniche di simulazione multi-replica parallela come lo scambio di repliche nell'esecuzione parallela ibrida MPI/OpenMP
- Supporto per applicazioni di screening di piccole molecole con parametrizzazione parzialmente automatica
- Supporto per molti potenziali di bias (distanze, posizioni, torsioni, struttura secondaria, densità spaziali, compartimentazione, proprietà polimeriche)
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
Fortran
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/campari/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
