Questa è l'app Linux denominata CNVision per l'esecuzione in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come CNVision.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata CNVision per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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CNVision per funzionare in Linux online
DESCRIZIONE
CNVision è uno script Perl che esegue i dati di genotipizzazione Illumina (tutti i chip da 300k all'ultimo Omni) attraverso PennCNV, QuantiSNPv2.3 e GNOSIS (un algoritmo integrato). Unisce i risultati e valuta la qualità dei dati grezzi. CNVision può anche identificare de novo CNV in dati basati sulla famiglia utilizzando un algoritmo altamente accurato che considera la possibilità di CNV in entrambi i genitori sulla base dei dati di genotipizzazione grezzi.Lo script è ottimizzato per funzionare in un ambiente basato su UNIX; dovrebbe funzionare in Windows, tuttavia l'esecuzione del componente PennCNV dà errori con le versioni più recenti di PennCNV.
CNVision è stato scritto per analizzare i dati per i dati sull'autismo Simons Simplex Collection (SSC). Una descrizione completa dei metodi è fornita nel seguente documento che può essere utilizzato per fare riferimento a CNVision:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21658581
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
Perl
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/cnvision/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
