Questa è l'app Linux denominata gsasnp2 la cui ultima versione può essere scaricata come gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata gsasnp2 con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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gsasnp2
DESCRIZIONE
* GSA-SNP2 è un successore di GSA-SNP (Nam et al. 2010, problema del server web NAR). GSA-SNP2 accetta dati riassuntivi GWAS umani (numeri rs, valori p) o valori p gene-wise e genera geneset del percorso "arricchiti" con geni associati al dato fenotipo. Fornisce inoltre reti di interazione proteica sia locali che globali nelle vie associate.
* Articolo: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "Efficient pathway arricchimento e analisi di rete dei dati di sintesi GWAS utilizzando GSA-SNP2", Nucleic Acids Research, vol. 46(10), e60(2018).
* ID PubMed: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> SI PREGA DI SPOSTARE O FARE UNA COPIA DELLA CARTELLA "DATI" NELLA CARTELLA DI PROVA INTENSIVA (ES CARTELLA SPECIFICATA DA LINUX, MAC O WINDOWS) PER CONSENTIRE AL PROGRAMMA DI TROVARE I DATI PREDESIGNATI.
* NOTA DI AGGIORNAMENTO:
-> 1 settembre 2020: aggiungi un aggiornamento per Ubuntu-20.04. Avrai bisogno della libreria Boost installata (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> Mar-7-2018: rivedere i termini dell'intestazione nel file di output
Caratteristiche
- 1/ 'DECENT CONTROLLO DEGLI ERRORI DI TIPO I' ottenuto dai seguenti due processi: A) I punteggi dei geni sono 'aggiustati' al numero di SNP assegnati a ciascun gene utilizzando la curva di tendenza spline cubica monotona. B) I geni adiacenti con elevate correlazioni intergeniche all'interno di ciascuna via sono stati rimossi
- 2/ 'ALTA POTENZA E CALCOLO VELOCE' basato sul modello casuale
- 3/ 'NESSUN PARAMETRO LIBERO CRITICO'
- 4/ "RETI DI INTERAZIONE PROTEICA" tra i geni membri sono stati visualizzati per i percorsi significativi. Questa funzione consente all'utente di dare priorità alle sottoreti principali all'interno e attraverso i percorsi significativi. Le reti STRING e HIPPIE sono attualmente fornite
- 5/ 'FACILE DA USARE': Richiede solo dati di riepilogo GWAS (o valori p del gene) e impiega solo un minuto o due per ottenere risultati. Altri potenti strumenti di percorso autonomo richiedono anche l'input di correlazione SNP e richiedono un tempo molto più lungo. L'utente può anche caricare i propri set di geni del percorso e reti di interazione proteica.
Interfaccia utente
Win32 (MS Windows), riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++, PHP, JavaScript
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
