Questa è l'app Linux denominata Meraculous-2D da eseguire su Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come Meraculous-v2.2.6.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Meraculous-2D per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
Meraculous-2D per funzionare su Linux online
DESCRIZIONE
----------------------------------------IMPORTANTE: Meraculous-2D è stato sostituito dall'assemblatore HipMer. Ottienilo da qui: https://sourceforge.net/projects/hipmer/
-----------------------------------------
Meraculous-2D è un assemblatore di interi genomi per letture NGS (Illumina) in grado di assemblare genomi diploidi di grandi dimensioni con requisiti computazionali modesti. Le caratteristiche includono:
- Efficiente conteggio k-mer e attraversamento del grafico deBruijn
- Due modalità di gestione della variazione allelica diploide
- Ponteggi migliorati che producono assemblaggi più completi senza compromettere la precisione dell'impalcatura.
L'assembly è guidato da una pipeline perl che esegue la frammentazione dei dati e il bilanciamento del carico, nonché l'invio e il monitoraggio di più array di attività su un cluster di tipo GE/SLURM o un server multi-core autonomo.
Manoscritti in consegna:
https://arxiv.org/abs/1703.09852
https://arxiv.org/abs/1608
Caratteristiche
- Assemblaggio del genoma eucariotico
- Modalità specializzate per l'assemblaggio genomico ad alta e bassa eterozigosi
- Esecuzione distribuita integrata
- Efficienti operazioni spaziali k-mer
- Distribuzione a server singolo e pronta per cluster (pronto per AWS)
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Perl, C++
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/meraculous20/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
