Questa è l'app Linux denominata MethylExtract la cui ultima versione può essere scaricata come MethylExtract.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata MethylExtract con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Estratto di Metile
DESCRIZIONE:
MethylExtract è uno strumento facile da usare per generare i) mappe di metilazione dell'intero genoma di alta qualità e ii) per rilevare variazioni di sequenza all'interno della stessa preparazione del campione. Il programma è implementato in un unico script e tiene conto di tutte le principali fonti di errore: errori di sequenziamento, fallimento del bisolfito, letture clonali e varianti a singolo nucleotide. MethylExtract rileva la variazione (SNV – Single Nucleotide Variation) in modo simile a VarScan, un metodo molto sensibile ampiamente utilizzato nell'SNP e nell'identificazione del genotipo basato su letture non trattate con bisolfito.
Caratteristiche
- Metilazione e chiamata SNV da esperimenti NGS BS-Seq
- Rileva e rimuove potenziali duplicati della PCR
- Rilevamento presunti guasti del bisolfito
- Controllo degli errori di sequenza
- Valutazione statistica del fallimento del bisolfito
- Elaborazione file bisolfito SAM / BAM
- Multithreading e controllo della memoria
Linguaggio di programmazione
Perl
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/methylextract/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.