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Scarica MSL per Linux

Scarica gratuitamente l'app MSL Linux per l'esecuzione online in Ubuntu online, Fedora online o Debian online

Questa è l'app Linux denominata MSL la cui ultima versione può essere scaricata come mslib-1.1.0.9.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.

Scarica ed esegui online questa app denominata MSL con OnWorks gratuitamente.

Segui queste istruzioni per eseguire questa app:

- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.

- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.

- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.

- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.

- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.

- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.

MSL


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DESCRIZIONE

MSL è una libreria C++ che consente lo studio computazionale delle macromolecole.

La libreria MSL non è un programma (sebbene alcune applicazioni siano distribuite) ma uno strumento per gli scienziati per codificare i propri metodi di modellazione molecolare.

Filosofia
L'obiettivo principale è creare un insieme di strumenti che consentano lo studio computazionale delle macromolecole con relativa facilità a tutti i livelli, da operazioni semplici (ad esempio caricare un PDB e misurare una distanza o modificare un diedro) ad applicazioni complesse (modellazione di proteine ​​o design).

MSL è sviluppato nel Senes Lab dell'Università del Wisconsin-Madison e da un team di sviluppatori/utenti di altri laboratori di ricerca.

Riferimento:
Kulp DW, Subramaniam S, Donald JE, Hannigan BT, Mueller BK, Grigoryan G, Senes A.
Informatica strutturale, modellazione e progettazione con una libreria di software molecolare (MSL) open source.
J Comput Chem. 2012 vol. 33 pagine 1645-61

Scarica l'articolo su http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968



Caratteristiche

  • La capacità di memorizzare e commutare tra più coordinate atomiche, per i cambiamenti conformazionali e la rappresentazione rotamerica della libertà conformazionale della catena laterale.
  • La capacità di creare e memorizzare più identità di residuo (ad esempio LEU, ILE, ALA) in una posizione e passare da una all'altra.
  • # Il campo di forza CHARMM e altre funzioni energetiche.
  • Trasformazioni come traslazioni, rotazioni e allineamenti.
  • Algoritmi di ricerca come Monte Carlo, Dead End Elimination e Self Consistent Mean Field Monte Carlo., campionamento della dorsale
  • Generazione del reticolo cristallino.
  • Supporto per librerie rotamer
  • Modifica e generazione della dorsale
  • Piattaforme supportate: Linux, MacOS


Pubblico

Scienza / Ricerca



Linguaggio di programmazione

C++


Categorie

Bioinformatica

Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/mslib/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.


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