Questa è l'app Linux denominata MSL la cui ultima versione può essere scaricata come mslib-1.1.0.9.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata MSL con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
MSL
Ad
DESCRIZIONE
MSL è una libreria C++ che consente lo studio computazionale delle macromolecole.
La libreria MSL non è un programma (sebbene alcune applicazioni siano distribuite) ma uno strumento per gli scienziati per codificare i propri metodi di modellazione molecolare.
Filosofia
L'obiettivo principale è creare un insieme di strumenti che consentano lo studio computazionale delle macromolecole con relativa facilità a tutti i livelli, da operazioni semplici (ad esempio caricare un PDB e misurare una distanza o modificare un diedro) ad applicazioni complesse (modellazione di proteine o design).
MSL è sviluppato nel Senes Lab dell'Università del Wisconsin-Madison e da un team di sviluppatori/utenti di altri laboratori di ricerca.
Riferimento:
Kulp DW, Subramaniam S, Donald JE, Hannigan BT, Mueller BK, Grigoryan G, Senes A.
Informatica strutturale, modellazione e progettazione con una libreria di software molecolare (MSL) open source.
J Comput Chem. 2012 vol. 33 pagine 1645-61
Scarica l'articolo su http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
Caratteristiche
- La capacità di memorizzare e commutare tra più coordinate atomiche, per i cambiamenti conformazionali e la rappresentazione rotamerica della libertà conformazionale della catena laterale.
- La capacità di creare e memorizzare più identità di residuo (ad esempio LEU, ILE, ALA) in una posizione e passare da una all'altra.
- # Il campo di forza CHARMM e altre funzioni energetiche.
- Trasformazioni come traslazioni, rotazioni e allineamenti.
- Algoritmi di ricerca come Monte Carlo, Dead End Elimination e Self Consistent Mean Field Monte Carlo., campionamento della dorsale
- Generazione del reticolo cristallino.
- Supporto per librerie rotamer
- Modifica e generazione della dorsale
- Piattaforme supportate: Linux, MacOS
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/mslib/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
