Questa è l'app Linux denominata nichenetr la cui ultima versione può essere scaricata come v2.0.4.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata nichenetr con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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nicchianetr
DESCRIZIONE
nichenetr: l'implementazione R del metodo NicheNet. L'obiettivo di NicheNet è studiare la comunicazione intercellulare da una prospettiva computazionale. NicheNet utilizza i dati di espressione genica umana o murina delle cellule interagenti come input e li combina con un modello precedente che integra le conoscenze esistenti sui percorsi di segnalazione ligando-bersaglio. Ciò consente di prevedere le interazioni ligando-recettore che potrebbero guidare i cambiamenti di espressione genica nelle cellule di interesse. Questo modello di informazioni preliminari sui potenziali collegamenti ligando-bersaglio può quindi essere utilizzato per dedurre collegamenti ligando-bersaglio attivi tra cellule interagenti. NicheNet assegna la priorità ai ligandi in base alla loro attività (vale a dire, quanto bene prevedono i cambiamenti osservati nell'espressione genica nella cellula ricevente) e cerca bersagli interessati con un alto potenziale per essere regolati da questi ligandi prioritari.
Caratteristiche
- NicheNet differisce fortemente dalla maggior parte degli attuali approcci computazionali per studiare la comunicazione intercellulare
- Valuta quanto bene i ligandi espressi da una cellula mittente possono prevedere i cambiamenti nell'espressione genica nella cellula ricevente dando la priorità ai ligandi in base al loro effetto sull'espressione genica
- Dedurre collegamenti ligando-bersaglio attivi nel sistema in esame
- Convalidare il precedente modello ligando-target
- Costruzione di modelli ligando-bersaglio definiti dall'utente
- Forniamo istruzioni su come effettuare visualizzazioni intuitive delle principali previsioni
Linguaggio di programmazione
R
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere recuperata anche da https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. È stato ospitato in OnWorks per poter essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri Sistemi Operativi gratuiti.
