Questa è l'app Linux denominata Pathoscope la cui ultima versione può essere scaricata come pathoscope_2.0.6_clinical_pathoscope_1.0.3.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata Pathoscope con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Patoscopio
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DESCRIZIONE
Questa pagina è qui a scopo di archiviazione. Visita github per l'ultima versione del software: https://github.com/pathoscopePathoScope prende le letture di sequenziamento di nuova generazione da un campione di miscela e prevede quali genomi sono presenti. Usiamo un framework bayesiano combinato con un allineamento iniziale basato su riferimento per assegnare le letture al genoma di origine corretto.
Patoscopio 2.0:
wiki:
http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/Home/
Tutorial:
http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf
Versione del patoscopio clinico: http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/clinical_pathoscope/
Scarica PathoQC: http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
Pubblicazioni: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/33
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/262
http://genome.cshlp.org/content/23/10/1721
Servizio Clienti:
PS: In caso di domande, inviare un'e-mail a mani2012 all'indirizzo bu dot edu.
Caratteristiche
- PathoQC: PathoQC è un programma autonomo di controllo qualità e pre-elaborazione per un set di dati ad alto rendimento. Si prega di scaricare PathoQC da http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
- Pubblicazione PathoQC: http://la-press.com/article.php?article_id=4828
- Servizio Clienti: https://groups.google.com/d/forum/pathoscope
- Pagina del laboratorio: http://jlab.bu.edu/software/
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/pathoscope/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
