Questa è l'app Linux denominata PhyloTrack la cui ultima versione può essere scaricata come PhyTB.v1.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata PhyloTrack con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
PhyloTrack
DESCRIZIONE
PhyloTrack è uno strumento software basato su JavaScript che integra la libreria D3.js per la visualizzazione dei dati con lo strumento JBrowse per la rappresentazione del browser del genoma. Richiede un albero filogenetico del formato di dati Newick comune come input, nonché tre file di metadati per campioni, nodi di definizione del clade e definizioni del colore del clade, il tutto in formato delimitato da tabulazioni. La funzionalità all'interno di PhyloTrack mostra i marcatori informativi in corrispondenza di ciascun nodo nell'albero filogenetico, evidenziando quindi il polimorfismo che definisce il clade. Questa funzionalità è stata implementata utilizzando lo strumento tabix sul lato server, fornendo un accesso semplice e rapido alle informazioni su ciascun nodo dell'albero, inclusi gli SNP informativi archiviati in file simili a VCF. Queste varianti informative sono state stabilite confrontando le frequenze alleliche tra i tipi di ceppo utilizzando i confronti dei nodi ancestrali e le misure FST della differenziazione della popolazione.
Caratteristiche
- Rappresentazione filogenetica dei campioni
- Browser del genoma
- Mappa distribuzione di alleli e spoligotipi
- Analisi del campione e posizionamento nell'albero
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Python, Perl, PHP, JavaScript
Ambiente database
Altri DBMS basati su file
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/phylotrack/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
