Questa è l'app Linux denominata primeScaff la cui ultima versione può essere scaricata come primeScaff-v1.6.1_linux_x86_64.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata primeScaff con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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primeScaff
DESCRIZIONE
primeScaff ha lo scopo di automatizzare il processo, talvolta noioso, di progettazione manuale di coppie di primer specifiche attorno alle lacune degli scaffold genomici e accelerare la fase di finitura del genoma di un progetto di sequenziamento del genoma. Incorpora la ricerca delle ripetizioni de-novo utilizzando RECON per evitare il più possibile la progettazione di primer in regioni ripetitive e offre la possibilità di mettere a punto facilmente le opzioni di progettazione dei primer utilizzando primer3. Genera le annotazioni di ripetizione, intervallo e primer in gff2 e gff3 per caricare e visualizzare facilmente i risultati utilizzando strumenti come UGENE (consigliato) o artemis.
Caratteristiche
- Ripetizione iterativa de novo del mascheramento utilizzando iterativamente RECON
- Progettazione automatica di primer attorno a centinaia di spazi vuoti negli scaffold in pochi secondi
- Può essere utilizzato in qualsiasi pipeline di assemblaggio, è sufficiente un file FASTA standard
- Soluzione per progetti di assemblaggio de novo senza riferimenti ravvicinati
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Perl
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere recuperata anche da https://sourceforge.net/projects/primescaff/. È stato ospitato su OnWorks per poter essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
