Questa è l'app Linux denominata Transcriptome assembly ORA da eseguire in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come saccharomyces_cerevisiae_3Mreads_ordered.sam.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Transcriptome assembly ORA per eseguirla in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Assemblaggio del trascrittoma ORA per l'esecuzione in Linux online
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DESCRIZIONE
Software per la ricostruzione del trascrittoma basata su riferimento. Esegue la ricostruzione a partire da brevi letture ottenute da RNA-seq. È più adatto a gestire i trascrittomi di eucarioti inferiori con un basso numero di introni per gene e può essere utilizzato anche per i procarioti.Necessita di un file SAM con le letture allineate sul genoma di riferimento e (opzionale) un file gff con la posizione dei geni sul genoma di riferimento.
Fornisce in output le posizioni dei trascritti identificati, i nomi dei trascritti in base ai geni presenti nel file gff e la dimensione delle regioni UTR.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Perl
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/transcriptomeassemblyora/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
