Questa è l'app Windows denominata kSNP la cui ultima versione può essere scaricata come kSNP4.1-source-code.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata kSNP con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avvia qualsiasi emulatore online OS OnWorks da questo sito Web, ma migliore emulatore online Windows.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Windows che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione e installala.
- 7. Scarica Wine dai repository software delle tue distribuzioni Linux. Una volta installato, puoi quindi fare doppio clic sull'app per eseguirli con Wine. Puoi anche provare PlayOnLinux, un'interfaccia fantasiosa su Wine che ti aiuterà a installare programmi e giochi Windows popolari.
Wine è un modo per eseguire il software Windows su Linux, ma senza Windows richiesto. Wine è un livello di compatibilità Windows open source in grado di eseguire programmi Windows direttamente su qualsiasi desktop Linux. Essenzialmente, Wine sta cercando di re-implementare abbastanza Windows da zero in modo che possa eseguire tutte quelle applicazioni Windows senza effettivamente bisogno di Windows.
kSNP
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DESCRIZIONE
kSNP4 identifica gli SNP pan-genomici in una serie di sequenze genomiche e stima gli alberi filogenetici basati su tali SNP. La scoperta di SNP si basa sull'analisi k-mer e non richiede l'allineamento di sequenze multiple o la selezione di un genoma di riferimento, quindi kSNP4 può prendere come input centinaia di genomi microbici. Un locus SNP è definito da un oligo di lunghezza k che circonda un allele SNP centrale. kSNP100 può analizzare sia genomi completi (finiti) che genomi non finiti in contigui assemblati o letture grezze e non assemblate. I genomi finiti e quelli non finiti possono essere analizzati insieme e kSNP può scaricare automaticamente i file Genbank dei genomi finiti e incorporare le informazioni in tali file nell'annotazione SNP.
Non sono richieste competenze di programmazione per utilizzare kSNP4
Gardner, SN e Hall, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak e BG Hall. 2015 Bioinformatica 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatica/btv271
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/ksnp/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
