זהו יישור הפקודה alter-sequence שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online emulator או MAC OS Online emulator
תָכְנִית:
שֵׁם
alter-sequence-alignment - רצפים גנומיים Alignment Transformation EnviRonment
תַקצִיר
אלטר-sequence-alignment [אוֹפְּצִיָה] [סדר פעולות]
תיאור
ALTER (Alignment Transformation EnviRonment) הוא כלי לשינוי
בין מספר פורמטים של יישור רצף. ALTER מתמקדת ב
מפרטים של תוכניות יישור וניתוח מיינסטרים במקום
על ההמרה בין פורמטים ספציפיים יותר או פחות.
אפשרויות
-c (--הִתמוֹטְטוּת)
כיווץ רצפים להפלוטיפים.
-ג (--התמוטט פערים)
התייחס לפערים כאל נתונים חסרים בעת קריסה.
-cl (--collapseLimit) נ
מגבלת חיבור (רצפים שונים ב-<= l אתרים יכוווצו) (ברירת המחדל היא
l=0).
-ס"מ (--התמוטט חסר)
ספור נתונים חסרים כהבדלים בעת כיווץ.
-i (--קֶלֶט) קובץ
קובץ קלט.
-יה (--inputAutodetect)
זיהוי אוטומטי של פורמט (אפשרויות קלט אחרות מושמטות).
-אם (--פורמט הכנסה) VAL
פורמט קלט (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP או PIR).
-io (--inputOS) VAL
מערכת הפעלה קלט (Linux, MacOS או Windows)
-ip (--inputProgram) VAL
תוכנית קלט (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS או TCoffee).
-o (--תְפוּקָה) קובץ
קובץ פלט.
-שֶׁל (--פורמט פלט) VAL
פורמט פלט (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP או PIR).
-אול (--outputLowerCase)
פלט לאותיות קטנות.
-אומ (--outputMatch)
פלט תואם תווים.
על (--outputResidueNumbers)
מספרי שאריות פלט (פורמט ALN בלבד).
-או (--outputOS) VAL
מערכת הפעלה פלט (Linux, MacOS או Windows).
-אופ (--outputProgram) VAL
תוכנית פלט (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl או GENERAL)
-עֶצֶם (--outputSequential)
פלט רציף (רק פורמטים של NEXUS ו-PHYLIP).
השתמש ב-alter-sequence-alignment באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
