amap - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

amap - יישור ריבוי חלבונים על ידי חישול רצף

תַקצִיר

מפה [אוֹפְּצִיָה] [MFAFILE] [MFAFILE]

תיאור

AMAP הוא כלי לביצוע יישור מרובה של רצפים פפטיים. הוא משתמש אחורי
פענוח, ויישור חישול רצף, במקום הפרוגרסיבי המסורתי
שיטת יישור. זוהי תוכנית היישור היחידה המאפשרת לשלוט ב
פשרה בין רגישות/ספציפיות. הוא מבוסס על קוד המקור של ProbCons, אך משתמש
דיוק מטרי יישור ומבטל את שינוי העקביות.

בתצורת ברירת המחדל שלו, AMAP מכוון כדי למקסם את מדד היישור הצפוי
ציון דיוק (AMA) - מדד דיוק יישור חדש, המבוסס על מדד עבור
מרחב יישור מרובה, המשלב רגישות וספציפיות ליחיד
מידה מאוזנת. AMA מוגדר כשבריר של שאריות מיושרות כהלכה (או אל
שייר אחר או לפער) מתוך המספר הכולל של שיירים בכל הרצפים.

מפה מיישר רצפים המסופקים בפורמט MFA. פורמט זה מורכב מרצפים מרובים.
כל רצף בפורמט MFA מתחיל בתיאור בשורה אחת, ואחריו שורות של
נתוני רצף. שורת התיאור נבדלת מנתוני הרצף על ידי א
סמל גדול מ-“>” בעמודה הראשונה.

אפשרויות

- אשכול
השתמש בפורמט פלט CLUSTALW במקום MFA

-c --עֲקֵבִיוּת REP
השתמש ב-0 <= REP <= 5 (ברירת מחדל: 0) מעברים של שינוי עקביות

-איר --איטרטיבי-עידון REP
השתמש ב-0 <= REP <=1000 (ברירת מחדל: 0) מעברים של חידוד איטרטיבי

-מִרֹאשׁ --אימון מקדים REP
השתמש ב-0 <= REP <= 20 (ברירת מחדל: 0) סבבים של אימון מקדים

-זוגות
ליצור יישור זוגי של כל הזוגות

-וויטרבי
השתמש באלגוריתם Viterbi כדי ליצור את כל הזוגות (מאפשר באופן אוטומטי -זוגות)

-v --מִלוּלִי
דווח על התקדמות תוך כדי יישור (ברירת מחדל: כבוי)

-לא שם קובץ
כתוב הערה עבור יישור מרובה ל שם קובץ

-t --רכבת שם קובץ
לחשב הסתברויות מעבר EM, לאחסן שם קובץ (ברירת מחדל: ללא הכשרה)

-e -- פליטות
גם להעריך מחדש את הסתברויות הפליטה (ברירת מחדל: כבוי)

-p --paramfile שם קובץ
לקרוא פרמטרים מ שם קובץ (ברירת מחדל: )

-a --סדר-יישור
הדפס רצפים בסדר יישור ולא בסדר קלט (ברירת מחדל: כבוי)

-g --גורם פער GF
להשתמש GF כפרמטר גורם הפער, מוגדר ל-0 עבור הרגישות הטובה ביותר, ערכים גבוהים יותר עבור
ספציפיות טובה יותר (ברירת מחדל: 0.5)

-w --סף-משקל-קצה W
עצור את תהליך חישול הרצף כאשר לקצה הטוב ביותר יש משקל נמוך יותר מאשר W, מוגדר ל-0
עבור הרגישות הטובה ביותר, ערכים גבוהים יותר עבור ספציפיות טובה יותר (ברירת מחדל: 0)

-פרוג --פּרוֹגרֵסִיבִי
השתמש ביישור פרוגרסיבי במקום יישור חישול רצף (ברירת מחדל: כבוי)

-לא להזמין --ללא-סידור מחדש
השבת סידור מחדש של קצוות במהלך יישור חישול רצף (ברירת מחדל: כבוי)

-maxstep --use-max-stepsize
השתמש בגודל צעד שיפור מרבי במקום דירוג tGf edge (ברירת מחדל: כבוי)

-הדפס --הדפס-אחוריים
הדפס רק את מטריצות ההסתברות האחוריות (ברירת מחדל: כבוי)

-גוי התחלה שלב
פלט הדפסה עבור AMAP Display GUI מבוסס Java (ברירת מחדל: ) החל במשקל התחלה
(ברירת מחדל: אינסוף) עם גודל הצעד שלב (ברירת מחדל: )

דוגמאות

כדי להפעיל AMAP עם אפשרויות ברירת המחדל, שנה ל- ליישר ספרייה והקלד:

% מפה

אם לא מסופק שם קובץ, מודפסת רשימת האפשרויות.

על מנת להשתמש ב-AMAP Display הפעל את AMAP עם אפשרות -gui, ושמור את הפלט ב-a
קובץ, ולאחר מכן השתמש בקובץ כקלט ל- AmapDisplay. לדוגמה, הקלד:

% align/amap -גוי examples/BB12020.tfa > examples/BB12020.tfa.out

% תאווה -קַנקַן display/AmapDisplay.jar examples/BB12020.tfa.out

(במערכות דביאן, ה דוגמאות הספרייה נמצאת /usr/share/doc/amap-align/examples

הערה

בגרסאות ישנות יותר (<2.0-1) של החבילה למערכות Debian(TM), ה- מפה הפקודה הייתה
שמם amap-align כי כבר היה כלי אחר שנקרא מפה (שמבצע כמה
אבחון רשתות מחשבים). קישור סמלי amap-align עדיין מסופק לשדרוג
למטרות אך יוסר במהדורות של דביאן מאחור ל-Etch (Debian 4.0).

השתמש ב-amap מקוון באמצעות שירותי onworks.net