bowtie2-align-l - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

bowtie2-align-l - כלי אחורי מהיר במיוחד וחסכוני בזיכרון ליישור רצף
קורא לרצפי התייחסות ארוכים

תיאור

Bowtie 2 גרסה 2.2.6 מאת Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea)

נוהג

bowtie2-align [אפשרויות]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


קידומת שם קובץ אינדקס (מינוס .X.bt2l נגררת). הערה: עניבת פרפר 1 ועניבת פרפר 2
אינדקסים אינם תואמים.

קבצים עם בני זוג מספר 1, בהתאמה לקבצים ב .

קבצים עם בני זוג מספר 2, בהתאמה לקבצים ב .

קבצים עם קריאות לא מותאמות.

קובץ עבור פלט SAM (ברירת מחדל: stdout)

, , יכולות להיות רשימות מופרדות בפסיק (ללא רווח לבן) וניתן לציין אותן
הרבה פעמים. למשל '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

אפשרויות (ברירות מחדל in סוגריים)

קלט:
-q קבצי קלט שאילתה הם FASTQ .fq/.fastq (ברירת מחדל)

--qseq קבצי קלט שאילתות הם בפורמט qseq של Illumina

-f קבצי קלט שאילתות הם (רב-)FASTA .fa/.mfa

-r קבצי קלט שאילתות הם גולמיים ברצף אחד לכל שורה

-c , , הם רצפים עצמם, לא קבצים

-s/--לדלג
לדלג על הראשון קורא/מצמד בקלט (אין)

-u/--עד ל
להפסיק אחרי הראשון קריאות/זוגות (ללא הגבלה)

-5/--trim5
מְטוּפָּח בסיסים מקצה 5'/שמאל של קריאות (0)

-3/--trim3
מְטוּפָּח בסיסים מקצה 3'/ימני של קריאות (0)

--phred33
האיכויות הן Phred+33 (ברירת מחדל)

--phred64
האיכויות הן Phred+64

--int-quals
תכונות מקודדות כמספרים שלמים מופרדים במרחב

הגדרות קבועות מראש:
כמו:

בעד --מקצה לקצה:

--מהר מאוד -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i ס, 0,2.50

--מָהִיר -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i ס, 0,2.50

--רָגִישׁ -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (ברירת מחדל)

--רגיש מאוד -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i ס, 1,0.50

בעד --מְקוֹמִי:

--מאוד-מהיר-מקומי -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i ס, 1,2.00

--מהיר-מקומי -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i ס, 1,1.75

--רגיש-מקומי -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (ברירת מחדל)

--מאוד-רגיש-מקומי -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i ס, 1,0.50

יישור:
-N
מקסימום # אי התאמה ביישור זרעים; יכול להיות 0 או 1 (0)

-L
אורך מיתרי זרעים; חייב להיות >3, <32 (22)

-i
מרווח בין תת-מחרוזות זרעים w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-תקרה
func עבור מקסימום # לא-A/C/G/Ts המותרים ב-aln (L,0,0.15)

--dpad
לִכלוֹל סימני רישום נוספים בצדדים של שולחן DP (15)

--gbar
לא לאפשר פערים בפנים גרעיני קריאה קיצוניות (4)

--התעלם מהאיכות
התייחס לכל ערכי האיכות כ-30 בסולם Phred (כבוי)

--נופו אין ליישר קדימה (מקורי) את הגרסה של קריאה (כבוי)

--norc אל תיישר את גרסת ההשלמה ההפוכה של קריאה (כבוי)

--לא-1 מ"מ מראש
אל תאפשר 1 יישור חוסר התאמה לפני שתנסה לסרוק את הזריעה האופטימלית
יישורים

--מקצה לקצה
כל הקריאה חייבת להתיישר; ללא גזירה (על)

OR

--מְקוֹמִי
יישור מקומי; הקצוות עשויים להיות קצוצים רכים (כבוי)

ניקוד:
--אִמָא
בונוס התאמה (0 עבור --מקצה לקצה, 2 עבור --מְקוֹמִי)

-- mp
עונש מרבי על אי התאמה; איכות נמוכה יותר = עונש נמוך יותר (6)

--נ.פ
עונש על לא-A/C/G/Ts ב-read/ref (1)

--rdg ,
פתיחת פערים, הארכת עונשים (5,3)

--rfg ,
פער התייחסות פתוח, הארכת עונשים (5,3)

--ציון-דקה ציון יישור מינימלי מקובל עם אורך קריאה
(G,20,8 עבור מקומי, L,-0.6,-0.6 עבור מקצה לקצה)

דיווח:
(ברירת מחדל)
חפש יישורים מרובים, דווח בצורה הטובה ביותר, עם MAPQ

OR

-k
לדווח עד אלנס לקריאה; MAPQ לא משמעותי

OR

-a/--את כל
דווח על כל היישורים; איטי מאוד, MAPQ לא משמעותי

מאמץ:
-D
לוותר להאריך אחרי נכשל הרחבת ברציפות (15)

-R
לקריאה עם זרעים חוזרים, נסה סטים של זרעים (2)

קצה מזווג:

-I/--מינינס
אורך שבר מינימלי (0)

-X/--מקסינס
אורך שבר מקסימלי (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 חברים ליישר fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--לא מעורב
לדכא יישורים לא מזווגים לקריאה מזווגת

--אין סתירה
לדכא יישורים לא מתאימים לקריאה זוגית

--ללא זנב
לא תואם כאשר בני זוג חולפים זה על פני זה

--לא מכיל
לא תואם כאשר יישור בן זוג אחד מכיל אחר

--ללא חפיפה
לא תואם כאשר בני זוג חופפים בכלל

פלט:
-t/--זְמַן
הדפס זמן שעון קיר שנלקח על ידי שלבי החיפוש

--שֶׁקֶט
לא הדפס שום דבר ל-stderr מלבד שגיאות חמורות

--met-file
שלח מדדים לקובץ ב (כבוי)

--met-stderr
שלח מדדים ל-stderr (כבוי)

--נפגש
דווח על מונים ומדדים פנימיים בכל שניות (1)

--לא-unal
לדכא רשומות SAM לקריאות לא מיושרות

--אין ראש
לדכא שורות כותרת, כלומר שורות המתחילות ב-@

--לא-מרובע
לדכא שורות כותרת של @SQ

--rg-id
הגדר את מזהה הקבוצה לקריאה, המשתקף בשורה @RG ובשדה RG:Z: opt

--rg
לְהוֹסִיף ("lab:value") לשורת @RG של כותרת SAM. הערה: שורת @RG מודפסת בלבד
מתי --rg-id מוגדר.

--omit-sec-seq
שים '*' בשדות SEQ ו- QUAL עבור יישורים משניים.

ביצועים:
-p/--חוטים מספר חוטי יישור להפעלה (1)

--להזמין מחדש
לאלץ את סדר הפלט של SAM להתאים לסדר קריאות הקלט

- ממ השתמש ב-I/O ממופה זיכרון עבור אינדקס; 'ענבי פרפר רבים יכולים לחלוק

אַחֵר:
--qc-פילטר
לסנן קריאות גרועות לפי מסנן QSEQ

--זֶרַע
סיד עבור מחולל מספרים אקראיים (0)

--לא דטרמיניסטי זרע ראנד. gen. באופן שרירותי במקום להשתמש בתכונות קריאה

--גִרְסָה
להדפיס מידע על הגרסה ולצאת

-h/--עֶזרָה
להדפיס הודעת שימוש זו

השתמש ב-bowtie2-align-l באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net