זוהי הפקודה bp_mask_by_searchp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
bp_mask_by_search - רצף מסיכה המבוסס על תוצאות היישור שלו
תַקצִיר
bp_mask_by_search.pl -f blast genomefile blastfile.bls > maskedgenome.fa
תיאור
רצף מסכה המבוסס על יישורים משמעותיים של רצף אחר. אתה צריך לספק
את קובץ הדוח ואת כל נתוני הרצף שברצונך להסוות. כברירת מחדל זה יהיה
נניח שעשית TBLASTN (או TFASTY) ונסה להסוות את רצף הפגיעה בהנחה
סיפקת את קובץ הרצף עבור מסד הנתונים של ההיט. אם תרצה לעשות את
הפוך ולמסך את רצף השאילתה ציין את דגל השאילתה -t/--type.
זה הולך לקרוא את כל קובץ הרצף לתוך הזיכרון אז עבור גנומים גדולים זה עשוי
נפל. אני משתמש ב-DB_File כדי למנוע שמירת הכל בזיכרון, פתרון אחד הוא
לפצל את הגנום לחתיכות (לפני שאתה מפעיל את החיפוש DB, אתה רוצה להשתמש ב-
הקובץ המדויק שהפצצת איתו כקלט לתוכנית זו).
מתחת לאפשרויות המקף הכפול (--) הן בצורת --format=fasta או --format fasta או אתה
יכול פשוט לומר -f fasta
בפורמט -f/-- אני מתכוון לאפשרויות מקובלות. ה-=s או =n או =c מציינים את אלה
ארגומנטים מצפים ל'מחרוזת'
אפשרויות:
-f/--format=s פורמט דוח חיפוש (fasta,blast,axt,hmmer וכו')
-sf/--sformat=s פורמט רצף (fasta,genbank,embl,swissprot)
--hardmask (booelean) קשה להסוות את הרצף
עם maskchar [ברירת המחדל היא מסכה קטנה]
--maskchar=c תו למסיכה עם [ברירת המחדל היא N], שנה
ל-'X' עבור רצפי חלבון
-e/--evalue=n ניתוק הערכה עבור HSPs והיטים, בלבד
רצף מסיכה אם יישור ציינה הערכה
או יותר טוב
-o/--out/
--outfile=file קובץ פלט לשמירת רצף המסיכה בו.
-t/--type=s Alignment seq סוג שברצונך להסוות, ה
'hit' או רצף 'שאילתה'. [ברירת המחדל היא 'פגע']
--minlen=n אורך מינימלי של HSP לשימוש בו
במיסוך [ברירת מחדל 0]
-h/--help ראה מידע עזרה זה
AUTHOR - ג'ייסון סטג'יץ'
ג'ייסון סטג'יץ', jason-at-bioperl-dot-org.
השתמש ב-bp_mask_by_searchp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net