זוהי הפקודה bp_pairwise_kaksp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
bp_pairwise_kaks - סקריפט לחישוב Ka,Ks בזוגיות עבור קבוצה של רצפים
תַקצִיר
bp_pairwise_kaks.PLS -it/data/worm_fam_2785.cdna [-f fasta/genbank/embl...] [-msa
tcoffee/clustal] [-kaks yn00/codeml]
תיאור
סקריפט זה ייקח כקלט מערך נתונים של רצפי cDNA לאמת
שהם לא מכילים קודוני עצירה, יישר אותם בחלל החלבון,
השליך את היישור בחזרה לתוך cDNA והעריך את ה-Ka
החלפות (לא נרדפות) ו-Ks (שם נרדף) המבוססות על ה-ML
שיטת Yang עם חבילת PAML.
דורש:
* חבילת ביופרל
* תוכנית PAML codeml או yn00
* ריבוי תוכניות יישור רצף Clustalw או T-Coffee
לעתים קרובות ישנם פרמטרים ספציפיים שאתה רוצה להפעיל כאשר אתה
מחשוב יחסי Ka/Ks אז ראה את התסריט הזה כנקודת התחלה ו
אל תסתמך על זה בכל מצב.
מָשׁוֹב
תפוצה רשימות
משוב משתמשים הוא חלק בלתי נפרד מההתפתחות של מודול זה ושל מודולים אחרים של ביופרל. לִשְׁלוֹחַ
ההערות וההצעות שלך רצוי לרשימת התפוצה של ביופרל. השתתפותך
מוערך מאוד.
bioperl-l@bioperl.org - דיון כללי
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - לגבי רשימות התפוצה
דווח באגס
דווח על באגים למערכת מעקב באגים ביופרל כדי לעזור לנו לעקוב אחר הבאגים ושלהם
פתרון הבעיה. ניתן להגיש דוחות באגים דרך האינטרנט:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
השתמש ב-bp_pairwise_kaksp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net