codonw - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

codonw - ניתוח התכתבות של שימוש בקודונים

תיאור

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [אפשרויות] אפשרויות כלליות וברירות מחדל:

-h(אלפ)
הודעת עזרה זו

-אין תפריט
מנע את הצגת ממשק התפריט

-נוארן
מנע אזהרות על הצגת רצפים

-שקט
החלף קבצים בשקט

-סך הכל
שרשור את כל הגנים בקובץ הקלט

-מְכוֹנָה
פלט קריא במכונה

-בן אנוש פלט קריא אנושי

-קוד N
קוד גנטי כפי שהוגדר בתפריט 3 אפשרות 5

-f_type N
קודוני Fop/CBI כפי שהוגדרו בתפריט 3 אפשרות 6

-c_type N
ערכי כושר Cai כפי שהוגדרו בתפריט 3 אפשרות 7

-t (לְהַשְׁחִיר)
מפריד עמודות לשימוש בקובצי פלט (פסיק, טאב, רווח)

מדדי שימוש בקודון ומדדי חומצות אמינו

-cai חשב את מדד ההסתגלות של קודון (CAI)

-גַנדְרָן חשב את התדירות של אינדקס קודונים אופטימליים (FOP)

-cbi חישוב מדד הטיית קודון (CBI)

-enc מספר אפקטיבי של קודונים (ENc)

-gc תוכן G+C של הגן (כל 3 עמדות הקודון)

-gcs3 GC של קודונים נרדפים במיקומים שלישיים

-סיל_בסיס
הרכב בסיס בעמדות קודון שלישי נרדפות

-L_sym מספר קודונים נרדפים

-L_aa המספר הכולל של קודונים נרדפים ולא נרדפים

-כל_המדדים
כל המדדים לעיל

-ארו חישוב ארומטיות של חלבון

-היד חשב את הידרופתיות של חלבון

-cai_file
{file} קובץ קלט משתמש של ערכי CAI

-cbi_file
{file} קובץ קלט משתמש של ערכי CBI

-fop_file
{file} קובץ קלט משתמש של ערכי Fop

אפשרויות ניתוח התכתבות (COA).

-coa_cu
COA של תדרי השימוש בקודונים

-coa_rscu
COA של שימוש בקודון נרדף יחסית

-coa_aa
COA של תדרי השימוש בחומצות אמינו

-coa_expert
צור נתונים סטטיסטיים מפורטים (מומחה) על COA

-קוא_צירים N
בחר את מספר הציר לתיעוד

-coa_num N
בחר מספר גנים לשימוש כדי לזהות ערכי קודונים אופטימליים יכולים להיות שלמים
מספרים או אחוז (5 או 10%)

אפשרויות פלט בכמות גדולה | ניתן לבחור רק אחד לכל ניתוח

-אאו שימוש בחומצות אמינו (AAU)

-ראו שימוש יחסי בחומצות אמינו (RAAU)

-קו שימוש בקודונים (CU) (ברירת מחדל)

-cutab טבלת שימוש בקודונים

-cutot טבלת השימוש בקודון של מערך הנתונים

-rscu שימוש בקודונים נרדפים יחסית (RSCU)

-פסטה פורמט fasta

-מסודר פורמט fasta

-קוֹרֵא
פורמט קורא (קודונים מופרדים ברווחים)

-תרגום
תרגום מושגי של DNA לחומצת אמינו

-בסיס דוח מפורט של הרכב קודון G+C

-דינוק שימוש בדינוקלאוטיד בשלושת הקודון פוס.

-נובלק אין לכתוב פלט בכמות גדולה לקובץ

כאשר {file} מייצג שם קובץ קלט, ו-N ערך מספר שלם מבוקר יציאה <>

השתמש ב-codonw באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net