eprimer32e - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

eprimer32 - בוחר פריימרים של PCR ואוליגוס הכלאה

תַקצִיר

eprimer32 -סדר פעולות המשך [-תֶחֶל לְמַתֵג] -מְשִׁימָה רשימה [-היברידית לְמַתֵג]
-mishyblibraryfile בקובץ -mispriminglibraryfile בקובץ [-numreturn מספר שלם]
[-אזור כלול רכס] [-אזור יעד רכס] [-אזור לא כלול רכס]
[-קלט קדימה מחרוזת] [-קלט הפוך מחרוזת] -gcclamp מספר שלם גודל מספר שלם
-גודל קטן מספר שלם -גודל מקסימלי מספר שלם -otm לצוף -מינטם לצוף -מקסימום לצוף
-maxdifftm לצוף -ogc אחוז לצוף -mingc לצוף -maxgc לצוף -קונכיית מלח לצוף
-דנאקונס לצוף -maxpolyx מספר שלם -psizeopt מספר שלם -פראנג' רכס -ptmopt לצוף
-פטמין לצוף -ptmmax לצוף -oexcludedregion רכס קלט אוליגו מחרוזת
-osizeopt מספר שלם -לקטין מספר שלם -omaxsize מספר שלם -אוטמופט לצוף
-אוטמין לצוף -otmmax לצוף -אוגקופט לצוף -ogcmin לצוף -ogcmax לצוף
-אוסלטקונק לצוף -odnaconc לצוף -בעצמו לצוף - עצמי לצוף
-opolyxmax מספר שלם -omishybmax לצוף -הסברדגל בוליאני -דגל קובץ בוליאני
-firstbaseindex מספר שלם -בכל מקרה בוליאני -maxmispriming לצוף
-pairmaxmispriming לצוף -מספר מקובל מספר שלם -אני עצמי לצוף -עצמי לצוף
-תיקון רשימה -tmformula רשימה -יציבות מקסימלית לצוף -תיק אוסף

eprimer32 עזרה

תיאור

eprimer32 היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "Grucleic:Primers".

אפשרויות

קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
הרצף שממנו בוחרים פריימרים. יש להציג את הרצף 5' עד 3'

-תֶחֶל לְמַתֵג
אמור ל-Eprimer32 לבחור פריימר(ים) ערך ברירת מחדל: Y

-מְשִׁימָה רשימה
אמור ל-Eprimer32 איזו משימה לבצע. ערכים חוקיים הם 1: 'בחר primers PCR', 2: 'בחר
פריימר קדימה בלבד', 3: 'בחר פריימר הפוך בלבד', 4: 'אין צורך בפריימרים'. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: 1

-היברידית לְמַתֵג
'אוליגו פנימי' נועד לשמש כבדיקה הכלאה (hyb probe) ל
לזהות את תוצר ה-PCR לאחר ההגברה. ערך ברירת מחדל: N

-mishyblibraryfile בקובץ
בדומה ל-MISPRIMING-LIBRARY, אלא שהאירוע שאנו מבקשים להימנע ממנו הוא הכלאה
של האוליגו הפנימי לרצפים בספרייה זו במקום הכנה מהם. ה
הקובץ חייב להיות בפורמט FASTA (בצורה מוגבלת מעט) (WB Pearson ו-DJ Lipman,
PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); אנו דנים בקצרה בארגון הקובץ הזה
לְהַלָן. אם פרמטר זה מצוין אז Eprimer32 מיישר באופן מקומי כל מועמד
אוליגו כנגד כל רצף ספרייה ודוחה את אותם פריימרים שעבורם ה-local
ציון היישור כפול המשקל שצוין (ראה להלן) חורג
INTERNAL-OLIGO-MAX-MISHYB. (הערך המרבי של המשקל מוגדר באופן שרירותי ל
12.0.) כל רשומת רצף בקובץ בפורמט FASTA חייבת להתחיל ב'שורת זיהוי'
מתחיל ב'>'. התוכן של שורת הזיהוי 'מוגבל מעט' בכך
Eprimer32 מנתח הכל אחרי כל כוכבית אופציונלית ('*') כנקודה צפה
מספר לשימוש כמשקל שהוזכר לעיל. אם שורת המזהה אינה מכילה כוכבית אז
ברירת המחדל של המשקל היא 1.0. שיטת ניקוד היישור בשימוש זהה לזה של
חישוב השלמה בין אוליגוים (למשל SELF-ANY). שאר הערך
מכיל את הרצף כשורות העוקבות אחר קו המזהה עד שורה שמתחילה ב-'>'
או סוף הקובץ. מתעלמים מרווח לבן ושורות חדשות. תווים 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' נשמרים וכל תו אחר מומר ל-'N' (עם
התוצאה שכל קודי IUB / IUPAC עבור בסיסים מעורפלים מומרים ל-'N').
אין הגבלות על אורך השורה. ערך ריק עבור פרמטר זה מציין
שאסור להשתמש בספרייה.

-mispriminglibraryfile בקובץ
שם קובץ המכיל ספריית רצף נוקלאוטידים של רצפים שיש להימנע מהם
הגברה (לדוגמה רצפים חוזרים, או אולי רצפי הגנים ב-a
משפחת גנים שאסור להגביר.) הקובץ חייב להיות ב (מעט מוגבל)
פורמט FASTA (WB Pearson and DJ Lipman, PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); אָנוּ
דון בקצרה בארגון של קובץ זה להלן. אם פרמטר זה מצוין
אז Eprimer32 מיישר באופן מקומי כל פריימר מועמד כנגד כל רצף ספרייה ו
דוחה את אותם פריימרים שעבורם ציון היישור המקומי כפול משקל מוגדר
(ראה להלן) חורג מ-MAX-MISPRIMING. (הערך המרבי של המשקל הוא שרירותי
מוגדר ל-100.0.) כל רשומת רצף בקובץ בפורמט FASTA חייבת להתחיל עם 'id'
שורה' שמתחילה ב-'>'. התוכן של שורת הזיהוי 'מוגבל מעט' ב
ש-Eprimer32 מנתח הכל אחרי כל כוכבית אופציונלית ('*') כנקודה צפה
מספר לשימוש כמשקל שהוזכר לעיל. אם שורת המזהה אינה מכילה כוכבית אז
ברירת המחדל של המשקל היא 1.0. שיטת ניקוד היישור בשימוש זהה לזה של
חישוב השלמה בין אוליגוים (למשל SELF-ANY). שאר הערך
מכיל את הרצף כשורות העוקבות אחר קו המזהה עד שורה שמתחילה ב-'>'
או סוף הקובץ. מתעלמים מרווח לבן ושורות חדשות. תווים 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' נשמרים וכל תו אחר מומר ל-'N' (עם
התוצאה שכל קודי IUB / IUPAC עבור בסיסים מעורפלים מומרים ל-'N').
אין הגבלות על אורך השורה. ערך ריק עבור פרמטר זה מציין
שאין להשתמש בספרייה חוזרת.

נוסף סעיף
תָכְנִית אפשרויות
-numreturn מספר שלם
המספר המרבי של זוגות פריימר להחזרה. זוגות פריימר המוחזרים ממוינים לפי
ה'איכות' שלהם, במילים אחרות לפי הערך של הפונקציה האובייקטיבית (כאשר נמוך יותר
מספר מציין זוג פריימר טוב יותר). זהירות: הגדרת פרמטר זה לגדול
הערך יגדיל את זמן הריצה. ערך ברירת מחדל: 5

רצף אפשרויות
-אזור כלול רכס
תת-אזור של הרצף הנתון שבו לבחור פריימרים. לדוגמה, לעתים קרובות
תריסר הבסיסים הראשונים של רצף הם וקטורים, ויש להחריג מהם
הִתחַשְׁבוּת. לערך של פרמטר זה יש את הצורה (התחלה), (סוף) שבו (התחלה)
הוא האינדקס של הבסיס הראשון שיש לקחת בחשבון, ו-(סוף) הוא האחרון ב-
אזור לקטיף פריימר.

-אזור יעד רכס
אם צוין יעד אחד או יותר, זוג פריימר חוקי חייב לאגף לפחות אחד
שלהם. יעד יכול להיות אתר פשוט של רצף חוזר (לדוגמה חזרה של CA) או
פולימורפיזם של זוג בסיסים בודד. הערך צריך להיות רשימה מופרדת ברווחים של
(התחלה), (סוף) זוגות כאשר (התחלה) הוא האינדקס של הבסיס הראשון של יעד, ו
(סוף) הוא האחרון למשל 50,51 דורש פריימרים להקיף את 2 הבסיסים בעמדות 50
ו51.

-אזור לא כלול רכס
אוליגוי פריימר אינם יכולים לחפוף לאף אזור שצוין בתג זה. הערך המשויך
חייבת להיות רשימה מופרדת ברווחים של זוגות (התחלה), (סוף) כאשר (התחלה) הוא האינדקס של
הבסיס הראשון של האזור שלא נכלל, ו-ו (סוף) הוא האחרון. תג זה שימושי
עבור משימות כגון אי הכללת אזורים בעלי איכות רצף נמוכה או עבור אי הכללת אזורים
המכילים אלמנטים חוזרים כמו ALUs או LINEs. למשל 401,407 68,70 אוסר
מבחר פריימרים ב-7 הבסיסים החל מ-401 ו-3 הבסיסים ב-68.

-קלט קדימה מחרוזת
הרצף של פריימר קדימה לבדיקה וסביבו לעצב פריימרים לאחור
ואוליגו פנימי אופציונלי. חייבת להיות מחרוזת משנה של SEQUENCE.

-קלט הפוך מחרוזת
הרצף של פריימר הפוך לבדיקה וסביבו לעצב פריימרים קדימה
ואוליגו פנימי אופציונלי. חייבת להיות תת מחרוזת של הגדיל ההפוך של SEQUENCE.

תחל אפשרויות
-gcclamp מספר שלם
דרוש את המספר המצוין של Gs ו-Cs עוקבים בקצה 3' של שני ה-
פריימר קדימה ואחורה. (לפרמטר זה אין השפעה על האוליגו הפנימי אם כזה
מבוקש.)

גודל מספר שלם
אורך אופטימלי (בבסיסים) של אוליגו פריימר. Eprimer32 ינסה לבחור פריימרים
קרוב לאורך הזה. ערך ברירת מחדל: 20

-גודל קטן מספר שלם
אורך מינימלי מקובל של פריימר. חייב להיות גדול מ-0 וקטן או שווה
ל-MAX-SIZE. ערך ברירת מחדל: 18

-גודל מקסימלי מספר שלם
אורך מקסימלי מקובל (בבסיסים) של פריימר. כרגע הפרמטר הזה לא יכול להיות
גדול מ-35. מגבלה זו נשלטת על ידי גודל האוליגו המרבי שעבורו Eprimer32's
טמפרטורת ההיתוך תקפה. ערך ברירת מחדל: 27

-otm לצוף
טמפרטורת התכה אופטימלית (צלזיוס) לאוליגו פריימר. Eprimer32 ינסה לבחור
פריימרים עם טמפרטורות התכה קרובים לטמפרטורה זו. האוליגו נמס
נוסחת הטמפרטורה ב-Eprimer32 היא זו שניתנה ב-Rychlik, Spencer and Rhoads, Nucleic
Acids Research, vol 18, num 21, pp 6409-6412 and Breslauer, Frank, Bloecker and Marky,
פרוק. נאטל. אקד. Sci. ארה"ב, כרך 83, עמ' 3746-3750. אנא עיין במאמר הקודם עבור
דיון רקע. ערך ברירת מחדל: 60.0

-מינטם לצוף
טמפרטורת התכה מינימלית מקובלת (צלזיוס) עבור אוליגו פריימר. ערך ברירת מחדל:
57.0

-מקסימום לצוף
טמפרטורת התכה מקסימלית מקובלת (צלזיוס) עבור אוליגו פריימר. ערך ברירת מחדל:
63.0

-maxdifftm לצוף
הבדל מקסימלי מקובל (לא חתום) בין טמפרטורות ההיתוך של
פריימרים קדימה ואחורה. ערך ברירת מחדל: 100.0

-ogc אחוז לצוף
פריימר אחוז GC אופטימלי. ערך ברירת מחדל: 50.0

-mingc לצוף
אחוז מינימלי מותר של Gs ו-Cs בכל פריימר. ערך ברירת מחדל: 20.0

-maxgc לצוף
האחוז המרבי המותר של Gs ו-Cs בכל פריימר שנוצר על ידי פריימר. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: 80.0

-קונכיית מלח לצוף
הריכוז המילימולרי של מלח (בדרך כלל KCl) ב-PCR. Eprimer32 משתמש בזה
טיעון לחישוב טמפרטורות התכה של אוליגו. ערך ברירת מחדל: 50.0

-דנאקונס לצוף
הריכוז הננומולרי של אוליגוים מחשלים ב-PCR. Eprimer32 משתמש בזה
טיעון לחישוב טמפרטורות התכה של אוליגו. ברירת המחדל (50nM) עובדת היטב עם
הפרוטוקול הסטנדרטי המשמש במרכז Whitehead/MIT לחקר הגנום--0.5
מיקרוליטר של ריכוז של 20 מיקרומולר עבור כל פרימר אוליגו ב-20 מיקרוליטר
תגובה עם תבנית של 10 ננוגרם, 0.025 יחידות/מיקרוליטר Taq פולימראז ב-0.1 mM
כל dNTP, 1.5mM MgCl2, 50mM KCl, 10mM Tris-HCL (pH 9.3) באמצעות 35 מחזורים עם
טמפרטורת חישול של 56 מעלות צלזיוס. פרמטר זה מתאים ל'c' ב
משוואת ריכליק, ספנסר ורואדס (ii) (מחקר חומצות גרעין, כרך 18, מספר 21)
כאשר ערך מתאים (עבור ריכוז התחלתי נמוך יותר של תבנית) הוא 'אמפירית'
נחושה בדעתה'. הערך של פרמטר זה קטן מהריכוז בפועל של
אוליגוים בתגובה כי זה הריכוז של אוליגוים מחשלים, אשר ב
התור תלוי בכמות התבנית (כולל מוצר PCR) במחזור נתון. זֶה
הריכוז עולה במידה רבה במהלך PCR; למרבה המזל, PCR נראה חזק למדי
עבור מגוון טמפרטורות התכה של אוליגו. ראה עצה לבחירת פריימרים. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: 50.0

-maxpolyx מספר שלם
האורך המרבי המותר של חוזר מונונוקלאוטיד בפריימר, למשל
AAAAAA. ערך ברירת מחדל: 5

המוצר אפשרויות
-psizeopt מספר שלם
הגודל האופטימלי למוצר PCR. 0 מציין שאין מוצר אופטימלי
גודל. ערך ברירת מחדל: 200

-פראנג' רכס
הערכים המשויכים מציינים את אורכי המוצר שהמשתמש רוצה
primers ליצור, והיא רשימה מופרדת מרווח של אלמנטים בצורה (x)-(y) שבו
זוג (x)-(y) הוא טווח חוקי של אורכים עבור המוצר. למשל, אם אחד רוצה
מוצרי PCR יהיו בין 100 ל-150 בסיסים (כולל) אז אפשר להגדיר זאת
פרמטר ל 100-150. אם רוצים מוצרי PCR בטווח שבין 100 ל-150
בסיסים או בטווח שבין 200 ל-250 בסיסים אז יש להגדיר פרמטר זה ל
100-150 200-250. Eprimer32 מעדיף טווחים בצד שמאל של מחרוזת הפרמטרים.
Eprimer32 יחזיר זוגות פריימרים חוקיים בטווח הראשון ללא קשר לערך של
הפונקציה האובייקטיבית עבור זוגות אלה. רק אם אין מספר מספיק של
פריימרים בטווח הראשון יחזירו פריימרים בטווח של Eprimer32.
ערך ברירת מחדל: 100-300

-ptmopt לצוף
טמפרטורת ההיתוך האופטימלית למוצר PCR. 0 מציין שאין
טמפרטורה אופטימלית. ערך ברירת מחדל: 0.0

-פטמין לצוף
טמפרטורת ההיתוך המינימלית המותרת של האמפליקון. אנא עיין בתיעוד
על טמפרטורת ההיתוך המקסימלית של המוצר לפרטים. ערך ברירת מחדל:
-1000000.0

-ptmmax לצוף
טמפרטורת ההיתוך המקסימלית המותרת של האמפליקון. המוצר Tm מחושב
באמצעות הנוסחה של Bolton and McCarthy, PNAS 84:1390 (1962) כפי שהוצגה ב
Sambrook, Fritsch and Maniatis, Molecular Cloning, p 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + .41*(%GC) - 600/אורך כאשר [Na+} הוא נתרן מולרי
ריכוז, (%GC) הוא האחוז של Gs ו-Cs ברצף, ואורך הוא
אורך הרצף. נוסחה דומה משמשת את בחירת הפריימר
תוכנית ב-GCG, שמשתמשת במקום זאת ב-675.0/אורך במונח האחרון (אחרי F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet, and ME Lewis, Methods in Enzymology 168:766 (1989) eqn (1) on
עמוד 766 ללא אי התאמה ומונחי פורמאמיד). הנוסחאות כאן ובבלדינו
et al. נניח Na+ ולא K+. על פי JG Wetmur, ביקורות ביקורתיות ב
BioChem. ומול. ביו. 26:227 (1991) 50 mM K+ צריך להיות שווה ערך בנוסחאות אלו
ל-.2 M Na+. Eprimer32 משתמש באותו ערך ריכוז מלח לחישוב שני
טמפרטורת ההתכה של פריימר וטמפרטורת ההתכה של האוליגו. אם אתה מתכנן
השתמש במוצר PCR להכלאה מאוחר יותר התנהגות זו לא תיתן לך את ה-Tm
בתנאי הכלאה. ערך ברירת מחדל: 1000000.0

פנימי אוליגו קלט
-oexcludedregion רכס
אוליגוים אמצעיים אינם יכולים לחפוף לאף אזור שצוין בתג זה. הערך המשויך
חייבת להיות רשימה מופרדת ברווחים של זוגות (התחלה), (סוף), כאשר (התחלה) הוא האינדקס של
הבסיס הראשון של אזור לא נכלל, ו-(סוף) הוא האחרון. לעתים קרובות אחד היה עושה
אזורי יעד לא נכללו באזורים עבור אוליגוים פנימיים.

קלט אוליגו מחרוזת
הרצף של אוליגו פנימי לבדוק וסביבו לעצב קדימה ו
פריימרים הפוכים. חייבת להיות מחרוזת משנה של SEQUENCE.

פנימי אוליגו אפשרויות
-osizeopt מספר שלם
אורך אופטימלי (בבסיסים) של אוליגו פנימי. Eprimer32 ינסה לבחור פריימרים
קרוב לאורך הזה. ערך ברירת מחדל: 20

-לקטין מספר שלם
אורך מינימלי מקובל של אוליגו פנימי. חייב להיות גדול מ-0 וקטן מ-
או שווה ל-INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. ערך ברירת מחדל: 18

-omaxsize מספר שלם
אורך מקסימלי מקובל (בבסיסים) של אוליגו פנימי. כרגע הפרמטר הזה
לא יכול להיות גדול מ-35. מגבלה זו נשלטת על ידי גודל אוליגו מקסימלי עבורו
טמפרטורת ההיתוך של Eprimer32 תקפה. ערך ברירת מחדל: 27

-אוטמופט לצוף
טמפרטורת התכה אופטימלית (צלזיוס) לאוליגו פנימי. Eprimer32 ינסה לעשות זאת
בחר אוליגו עם טמפרטורות התכה הקרובות לטמפרטורה זו. אוליגו
נוסחת טמפרטורת ההיתוך ב-Eprimer32 היא זו שניתנה בריכליק, ספנסר ורואדס,
מחקר חומצות גרעין, כרך 18, מספר 21, עמ' 6409-6412 ו-Breslauer, Frank, Bloecker
ומארקי, פרוק. נאטל. Acad. Sci. ארה"ב, כרך 83, עמ' 3746-3750. אנא עיין ב
מאמר לשעבר לדיון רקע. ערך ברירת מחדל: 60.0

-אוטמין לצוף
טמפרטורת התכה מינימלית מקובלת (צלזיוס) עבור אוליגו פנימי. ערך ברירת מחדל:
57.0

-otmmax לצוף
טמפרטורת התכה מקסימלית מקובלת (צלזיוס) עבור אוליגו פנימי. ערך ברירת מחדל:
63.0

-אוגקופט לצוף
אוליגו פנימי אופטימלי אחוז GC. ערך ברירת מחדל: 50.0

-ogcmin לצוף
אחוז מינימלי מותר של Gs ו-Cs באוליגו פנימי. ערך ברירת מחדל: 20.0

-ogcmax לצוף
אחוז מרבי מותר של Gs ו-Cs בכל אוליגו פנימי שנוצר על ידי Primer.
ערך ברירת מחדל: 80.0

-אוסלטקונק לצוף
הריכוז המילימולרי של מלח (בדרך כלל KCl) בהכלאה. Eprimer32
משתמש בטיעון זה כדי לחשב טמפרטורות התכה של אוליגו פנימי. ערך ברירת מחדל:
50.0

-odnaconc לצוף
הריכוז הננומולרי של חישול אוליגו פנימי בהכלאה. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: 50.0

-בעצמו לצוף
ציון היישור המקומי המרבי המותר בעת בדיקת אוליגו פנימי עבור (מקומי)
השלמה עצמית. השלמה עצמית מקומית נלקחת כדי לחזות את הנטייה של
אוליגוים לחשל לעצמם שיטת הניקוד נותנת 1.00 לבסיסים משלימים,
-0.25 עבור התאמה של כל בסיס (או N) עם N, -1.00 עבור אי התאמה ו-2.00 עבור
פער. רק פערים של זוג בסיס בודד מותרים. לדוגמה, היישור 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' מותר (ומניב ציון של 1.75), אבל היישור 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' אינו נחשב. הציונים אינם שליליים, וא
ציון של 0.00 מצביע על כך שאין יישור מקומי סביר בין שניים
אוליגוים. ערך ברירת מחדל: 12.00

- עצמי לצוף
ציון היישור הגלובלי המרבי המותר 3'-מעוגן בעת ​​בדיקת אוליגו בודד
להשלמה עצמית. שיטת הניקוד היא כמו עבור ההשלמה המרבית
טַעֲנָה. בדוגמאות לעיל הציונים הם 7.00 ו-6.00 בהתאמה. ציונים הם
לא שלילי, וציון של 0.00 מצביע על כך שאין מעוגן 3' סביר
יישור עולמי בין שני אוליגוים. על מנת להעריך 3'-מעוגן גלובלי
יישורים לאוליגו מועמדים, פריימר מניח שהרצף שממנו יש לבחור
אוליגוס מוצג 5' עד 3'. INTERNAL-OLIGO-SELF-END הוא חסר משמעות כאשר הוא מיושם
אוליגוים פנימיים המשמשים לזיהוי מבוסס הכלאה, מכיוון שפריימר-דימר לא יעשה זאת
מתרחש. אנו ממליצים להגדיר את ה-INTERNAL-OLIGO-SELF-END לפחות כמו
פנימי-אוליגו-עצמי-כל. ערך ברירת מחדל: 12.00

-opolyxmax מספר שלם
האורך המקסימלי המותר של חזרה של מונונוקלאוטיד אוליגו פנימי, למשל
AAAAAA. ערך ברירת מחדל: 5

-omishybmax לצוף
דומה ל-MAX-MISPRIMING אלא שהפרמטר הזה חל על הדמיון של
אוליגוים פנימיים מועמדים לספרייה המצוינת ב- INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
ערך ברירת מחדל: 12.0

מתקדם סעיף
-הסברדגל בוליאני
אם הדגל הזה נכון, הפק את LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN ו-INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
תגי פלט, שנועדו לספק מידע על מספר האוליגוס ו
צמדי פריימר ש-Eprimer32 בדק, וסטטיסטיקה לגבי המספר שנמחק עבורם
סיבות שונות. ערך ברירת מחדל: N

-דגל קובץ בוליאני
אם הערך המשויך נכון, אז Eprimer32 יוצר שני קבצי פלט עבור כל אחד מהם
קלט SEQUENCE. File (sequence-id).for מפרט את כל הפריימרים קדימה המקובלים עבור
(sequence-id), ו-(sequence-id).rev מפרט את כל הפריימרים ההפוכים המקובלים עבור
(sequence-id), כאשר (sequence-id) הוא הערך של תג SEQUENCE-ID (שחייב להיות
מסופק). בנוסף, אם תג הקלט TASK הוא 1 או 4, Eprimer32 מייצר קובץ
(sequence-id).int, המפרט את כל האוליגוס הפנימי המקובל. ערך ברירת מחדל: N

-firstbaseindex מספר שלם
פרמטר זה הוא האינדקס של הבסיס הראשון ברצף הקלט. לקלט ו
פלט באמצעות אינדקס מבוסס 1 (כגון זה המשמש ב-GenBank ושאליו משתמשים רבים
הם רגילים) הגדר פרמטר זה ל-1. עבור קלט ופלט באמצעות אינדקס מבוסס 0
הגדר פרמטר זה ל-0. (פרמטר זה משפיע גם על האינדקסים בתוכן של
הקבצים שנוצרו כאשר דגל קובץ ה-primer מוגדר.) ערך ברירת מחדל: 1

-בכל מקרה בוליאני
אם נכון, בחר זוג פריימר גם אם LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT, או INTERNAL-OLIGO-INPUT
מפר אילוצים ספציפיים. ערך ברירת מחדל: N

-maxmispriming לצוף
הדמיון המשוקלל המרבי המותר עם כל רצף ב-MISPRIMING-LIBRARY.
ערך ברירת מחדל: 12.00

-pairmaxmispriming לצוף
הסכום המרבי המותר של קווי דמיון משוקללים של זוג פריימר (דמיון אחד עבור
כל פריימר) עם כל רצף בודד ב-MISPRIMING-LIBRARY. ערך ברירת מחדל: 24.00

-מספר מקובל מספר שלם
המספר המרבי של בסיסים לא ידועים (N) המותר בכל פריימר.

-אני עצמי לצוף
ציון היישור המקומי המרבי המותר בעת בדיקת פריימר בודד עבור (מקומי)
השלמה עצמית וציון היישור המקומי המרבי המותר בעת בדיקה עבור
השלמה בין פריימרים קדימה ואחורה. השלמה עצמית מקומית היא
נלקח כדי לחזות את הנטייה של פריימרים להסתגל זה לזה בלי בהכרח
גורם לפרימה עצמית ב-PCR. שיטת הניקוד נותנת 1.00 עבור משלים
בסיסים, -0.25 עבור התאמה של כל בסיס (או N) עם N, -1.00 עבור אי התאמה ו-2.00
עבור פער. רק פערים של זוג בסיס בודד מותרים. לדוגמה, היישור 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' מותר (ומניב ציון של 1.75), אבל
יישור 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' אינו נחשב. ציונים הם
לא שלילי, וציון 0.00 מצביע על כך שאין מקומי סביר
יישור בין שני אוליגוים. ערך ברירת מחדל: 8.00

-עצמי לצוף
ציון היישור הגלובלי המרבי המותר 3'-מעוגן בעת ​​בדיקת פריימר בודד
עבור השלמה עצמית, וציון היישור הגלובלי המרבי המותר 3'-מעוגן
כאשר בודקים את ההשלמה בין פריימרים קדימה ואחורה. ה-3'-מעוגן
ציון יישור גלובלי נלקח כדי לחזות את הסבירות ל-PCR-priming
פריימר-דימרים, למשל 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' ............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' או 5' AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
...............||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' שיטת הניקוד היא כמו
עבור טיעון ההשלמה המקסימלית. בדוגמאות לעיל הציונים הם 7.00
ו-6.00 בהתאמה. הציונים אינם שליליים, וציון של 0.00 מציין זאת
אין יישור עולמי סביר 3'-מעוגן בין שני אוליגוים. כדי
הערכה של יישורים גלובליים מעוגנים ב-3' עבור פריימרים מועמדים וזוגות פריימר, פריימר
מניח שהרצף שממנו יש לבחור פריימרים מוצג 5' עד 3'. זה
לא הגיוני לספק ערך גדול יותר עבור פרמטר זה מאשר עבור המקסימום (מקומי)
פרמטר השלמה מכיוון שהציון של יישור מקומי תמיד יהיה
לפחות כמו הציון של מערך עולמי. ערך ברירת מחדל: 3.00

-תיקון רשימה
מציין את נוסחת תיקון המלח לחישוב טמפרטורת ההיתוך. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: 1

-tmformula רשימה
מציין פרטים של חישוב טמפרטורת ההיתוך. ערך ברירת מחדל: 1

תחל עוֹנֶשׁ משקולות
-יציבות מקסימלית לצוף
היציבות המרבית עבור חמשת בסיסים 3' של פריימר קדימה או אחורה. גדול יותר
מספרים פירושם קצוות 3' יציבים יותר. הערך הוא הדלתא G המקסימלית עבור דופלקס
שיבוש עבור חמשת בסיסים 3' כפי שחושבו באמצעות הפרמטרים של השכנים הקרובים ביותר
פורסם ב- Breslauer, Frank, Bloecker and Marky, Proc. נאטל. אקד. Sci. ארה"ב, כרך 83,
עמ' 3746-3750. Eprimer32 משתמש בערך ברירת מחדל מתירני לחלוטין עבור אחורה
תאימות (אותה אנו עשויים לשנות במהדורה הבאה). ריכליק ממליץ על מקסימום
ערך של 9 (Wojciech Rychlik, 'בחירת פריימרים לתגובת שרשרת פולימראז' ב
BA White, עורך, 'שיטות בביולוגיה מולקולרית, כרך. 15: פרוטוקולי PCR: שיטות נוכחיות
and Applications', 1993, pp 31-40, Humana Press, Totowa NJ). ערך ברירת מחדל: 9.0

תְפוּקָה סעיף
-תיק אוסף

השתמש ב-eprimer32e באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net