exact-tandems - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mummer - חבילה ליישור רצף של גנומים מרובים

תַקצִיר

מאמר-ביאור
לשלבMUMs
דנאדיף [אפשרויות]או [אפשרויות]-d<deltaקובץ>
טנדמים מדויקים
פערים
תצוגת מפה [אפשרויות]<קורדיםקובץ>[UTRקוורדים][CDSקוורדים]
מגאפס [-ד][-ו][-ל][-ס]
אמא [אפשרויות]
עלילת מאמר [אפשרויות]<התאמהקובץ>
nucmer [אפשרויות]
nucmer2xfig
פרומר [אפשרויות]
התאמה חוזרת [אפשרויות]
ריצה-אמאמר1 <פאסטההפניה><פאסטהשאילתה>[-r]
ריצה-אמאמר3 <פאסטההפניה><מולטי-פסטהשאילתה>
הצג יישור [אפשרויות]<refמזהה><qryמזהה>

קלט הוא פלט .delta של התוכנית "nucmer" או "promer" המועברת ב-
שורת הפקודה.

הפלט הוא ל-stdout, והוא מורכב מכל היישורים בין השאילתה להפניה
רצפים שזוהו בשורת הפקודה.

הערה: לא נעשה מיון כברירת מחדל, לכן היישורים יסדרו כפי שנמצאו ב
ה קֶלֶט.
שואו-קורדים [אפשרויות]
show-snps [אפשרויות]
מראה-אריחים [אפשרויות]

תיאור

אפשרויות

כל הכלים (למעט פערים) מצייתים לאפשרויות -h, --help, -V ו- --גרסת כפי שניתן היה לעשות.
לְצַפּוֹת. עזרה זו מצוינת והופכת את דפי האיש הללו למיושנים בעצם.
לשלבMUMs משלב אמהות פנימה על ידי הארכת משחקים מחוץ לקצוות ובין MUMs.
הוא קובץ fasta של רצף ההפניה. הוא רב-
קובץ fasta של הרצפים המותאמים להפניה

-D פלט רק כדי להגדיר את מיקומי ההבדל
ודמויות
-n אפשר התאמות רק בין נוקלאוטידים, כלומר, ACGTs
-N מספר הפסקות התאמות ב או יותר רצופים שאינם ACGTs
תג -q משמש לתווית התאמת שאילתה
תג -r משמש לתווית התאמת הפניות
-S פלט את כל ההבדלים במחרוזות
-t שאילתת התווית תואמת לכותרת השאילתה fasta
-v num הגדר רמת מילולית עבור פלט נוסף
-W file אפס את ברירת המחדל של שם קובץ הפלט witherrors.gaps
-x אל תוציא קובצי כיסוי
-e הגדר את חיתוך שיעור השגיאה ל-e (למשל 0.02 הוא שני אחוזים)
דנאדיף הפעל ניתוח השוואתי של שתי ערכות רצף באמצעות נוקמר והמשויך אליו
כלי עזר עם פרמטרים מומלצים. ראה תיעוד Mummer למידע מפורט יותר
תיאור הפלט. מייצר את קבצי הפלט הבאים:

.report - סיכום של יישורים, הבדלים ו-SNPs
.delta - פלט יישור נוקמר סטנדרטי
.1delta - יישור 1 ל-1 מ-delta-filter -1
.mdelta - יישור M-to-M מ-delta-filter -m
.1coords - 1-to-1 קואורדינטות מ-show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - קואורדינטות M-to-M מ-show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNPs מ-show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - נקודות שבירה מסווגות מ-show-diff -rH .mdelta
qdiff - נקודות שבירה מסווגות של qry מ-show-diff -qH .mdelta
.unref - מזהי עזר ואורכים לא מיושרים (אם רלוונטי)
.unqry - מזהי שאילתה ואורכים לא מיושרים (אם רלוונטי)

חובה:
reference הגדר את שם הקובץ מרובה FASTA להפניה לקלט
query הגדר את שם הקובץ של שאילתת הקלט מרובה FASTA
or
קובץ delta לא מסונן קובץ יישור .delta מ-nucmer

אפשרויות:
-d|delta ספק קובץ דלתא מחושב מראש לניתוח
-h
--help הצג מידע עזרה וצא
-p|prefix הגדר את הקידומת של קבצי הפלט (ברירת המחדל "out")
-V
--version הצג את מידע הגרסה וצא

תצוגת מפה
-h
--help הצג מידע עזרה וצא
-m|mag קבע את ההגדלה שבה הדמות מוצגת,
זוהי אפשרות עבור fig2dev המשמשת ליצירת
קבצי PDF ו-PS (ברירת מחדל 1.0)
-n|num הגדר את מספר קבצי הפלט המשמשים לחלוקת ה-
פלט, זה כדי למנוע יצירת קבצים כאלה
גדול לתצוגה (ברירת מחדל 10)
-p|prefix הגדר את קידומת קובץ הפלט
(ברירת המחדל "PROMER_graph או NUCMER_graph")
-v
-- רישום מילולי של הקבצים המעובדים
-V
--version הצג את מידע הגרסה וצא
-x1 coord הגדר את גבול הקואורדינטות התחתון של התצוגה
-x2 coord הגדר את גבול הקואורדינטות העליון של התצוגה
-g|ref אם קובץ הקלט מסופק על ידי 'mgaps', הגדר את
מזהה רצף הפניות (כפי שהוא מופיע בעמודה הראשונה
של קובץ הקוורדים UTR/CDS)
-אני מציג את השם של רצפי שאילתות
-Ir הצג את השם של גנים התייחסות
אמא מצא ופלט (כדי stdout) את המיקומים והאורך של כולם ארוכים מספיק
התאמות מקסימליות של מחרוזת משנה ב ו

-אמא מחשבת התאמות מקסימליות שהן ייחודיות בשני הרצפים
-mumcand זהה ל-mumreference
-mumreference מחשב התאמות מקסימליות שהן ייחודיות ב
רצף הפניות אך לא בהכרח ברצף השאילתה
(ברירת מחדל)
-maxmatch מחשב את כל ההתאמות המקסימליות ללא קשר לייחודיות שלהן
-n מתאים רק לתווים a, c, g או t
הם יכולים להיות באותיות גדולות או קטנות
אני מגדיר את האורך המינימלי של גפרור
אם לא מוגדר, ערך ברירת המחדל הוא 20
-b לחשב התאמות השלמה קדימה ואחורה
-r מחשב רק התאמות משלים הפוך
-s מציגים את המחרוזות התואמות
-c דווח על מיקום השאילתה של התאמה של השלמה הפוכה
ביחס לרצף השאילתות המקורי
-F כוח פורמט פלט 4 עמודות ללא קשר למספר
כניסות רצף התייחסות
-L הצג את אורך רצפי השאילתות בשורת הכותרת
nuncmer
nucmer יוצר יישור נוקלאוטידים בין שני קלט מולטי-FASTA
קבצים. נוצרים שני קבצי פלט. רשימות קבצי הפלט .cluster
אשכולות של התאמות בין כל רצף. קובץ .delta מפרט את
מרחק בין הוספות ומחיקות המייצרות ניקוד מקסימלי
יישור בין כל רצף.

חובה:
Reference הגדר את שם הקובץ של ריבוי FASTA של הפניה לקלט
שאילתה הגדר את שם הקובץ של שאילתת הקלט מרובה FASTA

--mum השתמש בהתאמות עוגן שהן ייחודיות בשתי הפניות
ולשאול
--mumcand זהה ל --mumreference
--mumreference השתמש בהתאמות עוגן שהן ייחודיות בהפניה
אך לא בהכרח ייחודי בשאילתה (התנהגות ברירת מחדל)
--maxmatch השתמש בכל התאמות העוגן ללא קשר לייחודיותן

-b|breaklen הגדר את המרחק אליו תנסה הרחבת יישור
להרחיב אזורי ניקוד גרועים לפני ויתור (ברירת מחדל 200)
-c|mincluster מגדיר את האורך המינימלי של אשכול התאמות (ברירת מחדל 65)
--[no]delta החלף את היצירה של קובץ הדלתא (ברירת מחדל --delta)
--depend הדפס את פרטי התלות וצא
-d|diagfactor הגדר את גורם ההפרדה באלכסון מקבץ
(ברירת מחדל 0.12)
--[no]extend החלף את שלב הרחבת אשכול (ברירת מחדל --extend)
-f
--forward השתמש רק בגדיל קדימה של רצפי השאילתה
-g|maxgap הגדר את הפער המקסימלי בין שתי התאמות סמוכות ב-a
אשכול (ברירת מחדל 90)
-h
--help הצג מידע עזרה וצא
-l|minmatch הגדר את האורך המינימלי של התאמה בודדת (ברירת מחדל 20)
-o
--coords צור אוטומטית את הקואורדים המקוריים של NUCmer1.1
קובץ פלט באמצעות תוכנית 'show-coords'
--[no]optimize החלף אופטימיזציה של ציון יישור, כלומר אם יישור
הרחבה מגיעה לסוף רצף, היא תחזור אחורה
כדי לייעל את ציון היישור במקום לסיים את
יישור בסוף הרצף (ברירת מחדל --optimize)
-p|prefix הגדר את הקידומת של קבצי הפלט (ברירת המחדל "out")
-r
--reverse השתמש רק בהשלמה ההפוכה של רצפי השאילתה
--[לא]לפשט פשט יישורים על ידי הסרת אשכולות מוצללים. תור
אפשרות זו כבויה אם מיישרים רצף לעצמו כדי להסתכל
לחזרות (ברירת מחדל --לפשט)

פרומר
פרומר יוצר יישור חומצות אמינו בין שני קלט DNA מולטי-FASTA
קבצים. נוצרים שני קבצי פלט. רשימות קבצי הפלט .cluster
אשכולות של התאמות בין כל רצף. קובץ .delta מפרט את
מרחק בין הוספות ומחיקות המייצרות ניקוד מקסימלי
יישור בין כל רצף. קלט ה-DNA מתורגם לכל ה-6
קריאת מסגרות על מנת ליצור את הפלט, אך הקואורדינטות של הפלט
התייחס לקלט ה-DNA המקורי.

חובה:
Reference הגדר את קובץ ה-DNA multi-FASTA של הקלט
שאילתה הגדר את קובץ ה-DNA multi-FASTA של שאילתת הקלט

--mum השתמש בהתאמות עוגן שהן ייחודיות בשתי הפניות
ולשאול
--mumcand זהה ל --mumreference
--mumreference השתמש בהתאמות עוגן שהן ייחודיות בהפניה
אך לא בהכרח ייחודי בשאילתה (התנהגות ברירת מחדל)
--maxmatch השתמש בכל התאמות העוגן ללא קשר לייחודיותן

-b|breaklen הגדר את המרחק אליו תנסה הרחבת יישור
להרחיב אזורי ניקוד גרועים לפני מוותרים, נמדד ב
חומצות אמינו (ברירת מחדל 60)
-c|mincluster מגדיר את האורך המינימלי של אשכול התאמות, נמדד ב
חומצות אמינו (ברירת מחדל 20)
--[no]delta החלף את היצירה של קובץ הדלתא (ברירת מחדל --delta)
--depend הדפס את פרטי התלות וצא
-d|diagfactor הגדר את גורם ההפרדה באלכסון מקבץ
(ברירת מחדל .11)
--[no]extend החלף את שלב הרחבת אשכול (ברירת מחדל --extend)
-g|maxgap הגדר את הפער המקסימלי בין שתי התאמות סמוכות ב-a
אשכול, נמדד בחומצות אמינו (ברירת מחדל 30)
-l|minmatch הגדר את האורך המינימלי של התאמה בודדת, נמדד באמינו
חומצות (ברירת מחדל 6)
-m|masklen הגדר את אורך המיסוך המקסימלי של קצה הספרים, נמדד באמינו
חומצות (ברירת מחדל 8)
-o
--coords צור באופן אוטומטי את ה-PROmer1.1 ".coords" המקורי
קובץ פלט באמצעות תוכנית "show-coords".
--[no]optimize החלף אופטימיזציה של ציון יישור, כלומר אם יישור
הרחבה מגיעה לסוף רצף, היא תחזור אחורה
כדי לייעל את ציון היישור במקום לסיים את
יישור בסוף הרצף (ברירת מחדל --optimize)

-p|prefix הגדר את הקידומת של קבצי הפלט (ברירת המחדל "out")
-x|matrix הגדר את מספר מטריצת היישור ל-1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] או 3 [BLOSUM 80] (ברירת מחדל 2)
התאמה חוזרת מצא את כל ההתאמות המדויקות המקסימליות ב
-E השתמש בחיפוש ממצה (איטי) כדי למצוא התאמות
-f גדיל קדימה בלבד, אל תשתמש בהשלמה הפוכה
-n # הגדר את אורך ההתאמה המדויק המינימלי ל-#
-t רק חזרות טנדם פלט
-V # הגדר את רמת ההדפסה המילולית (ניפוי באגים) ל-#
הצג יישור
-h הצג מידע עזרה
-q מיין יישורים לפי קואורדינטת התחלת השאילתה
-r מיין יישורים לפי קואורדינטת ההתחלה של הפניה
-w int הגדר את רוחב המסך - ברירת המחדל היא 60
-x int הגדר את סוג המטריצה ​​- ברירת המחדל היא 2 (BLOSUM 62),
אפשרויות אחרות כוללות 1 (BLOSUM 45) ו-3 (BLOSUM 80)
הערה: יש השפעה רק על יישור חומצות אמינו
שואו-קורדים
-b ממזג יישורים חופפים ללא קשר ל-match dir
או מסגרת ואינו מציג מידע זהות כלשהו.
-B החלף פלט לפורמט btab
-ג כלול מידע על אחוזי כיסוי בפלט
-d הצג את כיוון היישור בתוספת
עמודות FRM (ברירת מחדל עבור פרומר)
-g אפשרות שהוצאה משימוש. אנא השתמש ב-'delta-filter' במקום זאת
-h הצג מידע עזרה
-H אל תדפיס את כותרת הפלט
-I float הגדר את זהות האחוז המינימלי לתצוגה
-k נוק אאוט (לא מציג) יישורים חופפים
יישור נוסף במסגרת שונה ביותר מ-50%
מאורכם, ויש להם אחוז דמיון קטן יותר
או שהם פחות מ-75% מהגודל של היישור האחר
(פרומר בלבד)
-l כלול את מידע אורך הרצף בפלט
-L long הגדר אורך יישור מינימלי לתצוגה
-o הערת יישורים מקסימליים בין שני רצפים, כלומר
חפיפה בין רצפי הפניה ושאילתות
-q מיין שורות פלט לפי מזהי שאילתה וקואורדינטות
-r מיין קווי פלט לפי מזהי הפניה וקואורדינטות
-T החלף פלט לפורמט מופרד בטאבים

קלט הוא פלט .delta של התוכנית "nucmer" או "promer" המועברת ב-
שורת הפקודה.

הפלט הוא ל-stdout ומורכב מרשימת קואורדינטות, אחוז זהות ועוד
מידע שימושי לגבי נתוני היישור הכלולים בקובץ .delta המשמש כ
קֶלֶט.

הערה: לא נעשה מיון כברירת מחדל, לכן היישורים יסודרו כפי שנמצאו
בתוך ה קֶלֶט.
show-snps
-C אל תדווח על SNPs מיישורים עם דו-משמעי
מיפוי, כלומר דווח רק על SNPs כאשר ה-[R] ו-[Q]
עמודות שוות ל-0 ואינן מוציאות את העמודות הללו
-h הצג מידע עזרה
-H אל תדפיס את כותרת הפלט
-אני לא מדווח על אינדלס
-l כלול מידע על אורך הרצף בפלט
-q מיין שורות פלט לפי מזהי שאילתה ועמדות SNP
-r מיין קווי פלט לפי מזהי הפניה ועמדות SNP
-S ציין אילו יישורים לדווח על ידי מעבר
שורות 'show-coords' ל-stdin
-T עבור לפורמט מופרד בטאבים
-x int כלול x תווים של הקשר SNP שמסביב ב-
פלט, ברירת מחדל 0

קלט הוא פלט .delta של תוכנית nucmer או promer שהועברה בפקודה
קו.

הפלט הוא ל-stdout, והוא מורכב מרשימה של SNPs (או תחליפי חומצות אמינו עבור
promer) עם עמדות ומידע שימושי אחר. הפלט ימוין עם -r כברירת מחדל
והעמודה [BUFF] תתייחס תמיד לרצף שהמיקומים שלו מוינו.
ערך זה מציין את המרחק מ-SNP זה לאי ההתאמה הקרובה ביותר (סוף היישור,
indel, SNP וכו') באותו יישור, בעוד העמודה [DIST] מציינת את המרחק
מה-SNP הזה לקצה הרצף הקרוב ביותר. SNPs עבורם עמודות [R] ו-[Q]
גדול מ-0 יש להעריך בזהירות, שכן עמודות אלו מציינות את המספר של
יישורים אחרים החופפים למיקום זה. השתמש ב-C כדי להבטיח ש-SNP מדווחים רק מ
אזורי יישור ייחודיים.

מראה-אריחים
-א תאר את נתיב הריצוף על ידי הדפסת הכרטיסיות המופרדות
קואורדינטות אזור יישור ל-stdout
-ג נניח שרצפי ההתייחסות הם מעגליים, ואפשרו
אריחים מרוצפים כדי להשתרע על המקור
-g int הגדר מרווח מקסימלי בין יישור מקובץ [-1, INT_MAX]
ערך של -1 ייצג אינסוף
(ברירת המחדל של nucmer = 1000)
(ברירת המחדל של פרומר = -1)
-i float הגדר את זהות האחוז המינימלי לאריח [0.0, 100.0]
(ברירת המחדל של nucmer = 90.0)
(ברירת המחדל של פרומר = 55.0)
-l int הגדר אורך מינימלי contig לדיווח [-1, INT_MAX]
ערך של -1 ייצג אינסוף
(ברירת מחדל נפוצה = 1)
-p file פלט מולקולת פסאודו של השאילתה מתחבר ל'קובץ'
-R התמודד עם contigs שחוזרים על עצמם על ידי הצבתם אקראית
באחד ממיקומי ההעתקה שלהם (מרמז על -V 0)
-t file פלט רשימה רציפה בסגנון TIGR של כל רצף שאילתה
שתואם מספיק את ההפניה (לא מעגלית)
-u file פלט את קואורדינטות אזור היישור המופרדות בטאבים
של הרכיבים הבלתי שמישים ל'קובץ'
-v float הגדר את הכיסוי המינימלי של ה-contig לאריח [0.0, 100.0]
(ברירת המחדל של nucmer = 95.0) סכום של יישורים בודדים
(ברירת מחדל פרומר = 50.0) היקף האזור הסינטני
-V float הגדר הפרש כיסוי מינימלי [0.0, 100.0]
כלומר ההבדל הדרוש כדי לקבוע יישור אחד
הוא 'טוב יותר' מעוד יישור
(ברירת המחדל של nucmer = 10.0) סכום של יישורים בודדים
(ברירת מחדל פרומר = 30.0) היקף האזור הסינטני
-x תאר את נתיב הריצוף על ידי הדפסת ה-XML contig
קישור מידע ל-stdout

קלט הוא פלט .delta של תוכנית nucmer, הפעלה על נתוני רצף דומים מאוד, או
פלט .delta של תוכנית פרומר, הפעל על נתוני רצף משתנים.

הפלט הוא ל-stdout, והוא מורכב מהמיקום החזוי של כל שאילתת יישור
contig כפי ממופה לרצפי ההתייחסות. קואורדינטות אלו מתייחסות להיקף של
השאילתה כולה contig, אפילו כאשר רק אחוז מסוים של contig היה בפועל
מיושר (אלא אם נעשה שימוש באפשרות -a). עמודות הן, התחל בר"פ, סוף בר"פ, מרחק אל
ה-contig הבא, אורך ה-contig הזה, כיסוי יישור, זהות, כיוון ומזהה
בהתאמה.

השתמש בטנדמים מדויקים באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net