זוהי הפקודה fastq-stats שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fastq-stats - ea-utils: מייצרים הרבה סטטיסטיקות קלות לעיכול
תַקצִיר
fastq-סטטיסטיקות [אפשרויות]
תיאור
גרסה: 1.01 $Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z earonesty $
מייצר הרבה סטטיסטיקות קלות לעיכול עבור הקבצים הרשומים
אפשרויות
-c cyclemax: מחזורים מקסימליים שעבורם מופקים נתונים סטטיסטיים באיכות הבאה [35] -w INT
חלון: גודל חלון מקסימלי להפקת סטטיסטיקות קריאה כפולות [2000000] -d לנפות:
מדפיס הצהרות באגים -D אל תבצע כפילויות של סטטיסטיקות קריאה -s מספר INT של העליון
קריאה כפולה לתצוגה -x פלט FIL fastx סטטיסטיקות (דורש שם קובץ פלט) -b
פירוט בסיס פלט FIL לפי איכות phred בכל מחזור.
זה מגדיר את cylemax לאורך הקריאה הארוך ביותר
-L FIL אורך פלט ספירות
הנתונים הבאים מודפסים ל-stdout:
קורא: #reads בקובץ fastq
לן: אורך הקריאה. mean ו-stdev מסופקים לאורכי קריאה משתנים
phred : סולם phred בשימוש
גודל חלון
: מספר הקריאות ששימשו ליצירת סטטיסטיקות קריאה כפולות
מחזור-מקסימום
: מספר הבסיסים להערכת כפילות
dups : מספר קריאות שהן כפילויות
%dup : קריאות Pct שהן כפולות
ייחודי-dup seq
: רצפי מספרים המוכפלים
ספירת דופ מינימלית
: מספר השכפול הקטן ביותר עבור כל רצף כפול
dup seq
: מפרט את 10 הקריאות הכפולות הנפוצות ביותר יחד עם ספירת ממוצע ו-stdev
qual : איכות בסיס מינימום, מקסימום וממוצע
%A,%T,%C,%G
: אחוזי בסיס
סך הבסיסים
: המספר הכולל של בסיסים
השתמש ב-fastq-stats מקוון באמצעות שירותי onworks.net
