fasttree - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

fasttree - צור עצים פילוגנטיים מיישורים של רצפי נוקלאוטידים או חלבונים

תיאור

fasttree מסיק עצים פילוגנטיים בעלות סבירות מרבית מהיישורים של
רצפי נוקלאוטידים או חלבונים. הוא מטפל ביישורים עם עד מיליון רצפים
בפרק זמן וזיכרון סבירים.

fasttree מדויק יותר מ-PhyML 3 עם הגדרות ברירת מחדל, ומדויק הרבה יותר
שיטות מטריצת מרחק המשמשות באופן מסורתי ליישורים גדולים. fasttree
משתמש במודלים של Jukes-Cantor או במודלים הפיכים בזמן (GTR) של התפתחות נוקלאוטידים
ומודל JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) של התפתחות חומצות אמינו. לתת דין וחשבון על
קצבי התפתחות משתנים בין אתרים, fasttree משתמש בקצב יחיד עבור כל אתר (
קירוב "CAT"). כדי להעריך במהירות את האמינות של כל פיצול בעץ,
fasttree מחשב ערכי תמיכה מקומיים עם מבחן Shimodaira-Hasegawa (אלה הם
זהה ל"תמיכות מקומיות דמויות SH" של PhyML 3).

תַקצִיר

fasttree יישור_חלבון > עץ

fasttree -nt nucleotide_alignment > עץ

fasttree -nt -גטר < nucleotide_alignment > עץ

fasttree מקבל יישורים בפורמטים משולבים של fasta או phylip

Common אפשרויות (צריך be לפני מה היא יישור קוֹבֶץ):
-שֶׁקֶט כדי לדכא מידע דיווח

-לא כדי לדכא את מחוון ההתקדמות

-עֵץ קובץ לוג -- לשמור עצי ביניים, הגדרות ופרטי דגם

-הכי מהיר -- להאיץ את שלב ההצטרפות של השכנים ולהפחית את השימוש בזיכרון

(מומלץ עבור יותר מ-50,000 רצפים)

-n לנתח יישורים מרובים (פורמט phylip בלבד)

(השתמש עבור אתחול גלובלי, עם seqboot ו-CompareToBootstrap.pl)

-אין תמיכה לא לחשב ערכי תמיכה

-intree newick_file כדי להגדיר את עץ ההתחלה

-intree1 newick_file להשתמש בעץ ההתחלה הזה עבור כל היישורים

(עבור אתחול עולמי מהיר יותר ביישורים ענקיים)

-מדומה להשתמש בספאודו-ספירות (מומלץ לרצפים מרווחים מאוד)

-גטר -- מודל הפיך זמן כללי (יישור נוקלאוטידים בלבד)

-לְכַשְׁכֵּשׁ -- Whelan-And-Goldman מודל 2001 (יישור חומצות אמינו בלבד)

-ציטוט -- אפשר רווחים ותווים מוגבלים אחרים (אך לא תווים ').

שמות רצף ושמות ציטוטים בעץ הפלט (קלט fasta בלבד; fasttree יעשה זאת
לא מסוגל לקרוא את העצים האלה בחזרה

-נומל כדי לכבות את הסבירות המקסימלית

-נום לבטל NNIs ו-SPRs עם אבולוציה מינימלית

(מומלץ אם מפעילים ML NNIs נוספים עם -intree)

-נום -mllen עם -intree כדי לייעל את אורכי הסניף עבור טופולוגיה קבועה

-חתול # כדי לציין את מספר קטגוריות התעריפים של אתרים (ברירת מחדל 20)

or -נוקט להשתמש בקצבים קבועים

-גמא -- לאחר אופטימיזציה של העץ תחת קירוב CAT,

קנה מידה מחדש של האורכים כדי לייעל את הסבירות של Gamma20

-אילוצים constraintAlignment כדי להגביל את החיפוש הטופולוגי

constraintAlignment צריך להיות 1 או 0s כדי לציין פיצולים

-מוּמחֶה -- לראות אפשרויות נוספות

מפורט שימוש ל fasttree 2.1.4 SSE3:
fasttree [-nt] [-n 100] [-quote] [-pseudo | -מדומה 1.0]

[-אתחול 1000 | -אין תמיכה] [-intree start_trees_file | -intree1
קובץ_עץ_start] [-שקט | -נופר] [-nni 10] [-spr 2] [-noml | -mllen | -מלני
10] [-mlacc 2] [-cat 20 | -נוקט] [-גמא] [-איטי | -הכי מהיר] [-2 | -לא 2]
[-slownni] [-זרע 1253] [-למעלה | -notop] [-topm 1.0 [-close 0.75] [-refresh 0.8]]
[-מטריקס מטריקס | -נומטריקס] [-nj | -ביוני] [-wag] [-nt] [-gtr] [-gtrrates ac ag at
cg ct gt] [-gtrfreq ACGT] [ -אילוצים אילוץ יישור [ - אילוץ משקל
100.0 ] ] [-logfile]

[ alignment_file ]

> newick_tree

or

fasttree [-nt] [-מטריקס מטריקס | -נומטריקס] [-rawdist] -מייקמטריקס [יישור]

[-n 100] > phylip_distance_matrix

fasttree תומך ביישורים משולבים של fasta או phylip כברירת מחדל
מצפה ליישורי חלבון, שימוש -nt עבור נוקלאוטידים fasttree קורא קלט סטנדרטי
אם לא ניתן קובץ יישור

פלט קלט אפשרויות:
-n -- קרא במספר יישורים ב. זה בלבד

עובד עם פורמט שזירה של phylip. לדוגמה, אתה יכול להשתמש בו עם הפלט
מה-seqboot של phylip. אם אתה משתמש -n, fasttree יכתוב עץ אחד בכל שורה ל
פלט סטנדרטי.

-intree newickfile -- קרא את עץ ההתחלה מתוך newickfile.

מתעלמים מכל אורכי הענפים בעצי ההתחלה.

-intree עם -n יקרא עץ התחלה נפרד עבור כל יישור.

-intree1 newickfile -- קרא את אותו עץ התחלה עבור כל יישור

-שֶׁקֶט -- אל תכתוב לשגיאה רגילה במהלך פעולה רגילה (אין התקדמות

מחוון, ללא סיכום אפשרויות, ללא ערכי סבירות וכו')

-לא -- אל תכתוב את מחוון ההתקדמות ל-stderr

-עֵץ קובץ לוג -- לשמור עצי ביניים כדי שתוכל לחלץ

את העצים ולהתחיל מחדש עבודות ארוכות אם הן מתרסקות -עֵץ מדווח גם את
תעריפים לכל אתר (1 פירושו הקטגוריה האיטית ביותר)

-ציטוט -- ציטוט שמות רצף בפלט ואפשר רווחים, פסיקים,

סוגריים ונקודתיים בהם אך לא תווים ' (קובצי fasta בלבד)

מרחקים:
ברירת מחדל: עבור רצפי חלבון, מרחקים מתוקנים ביומן וא

מטריצת הבדל חומצות אמינו שמקורה ב-BLOSUM45

או עבור רצפי נוקלאוטידים, מרחקי Jukes-Cantor כדי לציין מטריצה ​​אחרת,
להשתמש -מַטרִיצָה FilePrefix או -נומטריקס השתמש -rawdist כדי לכבות את תיקון היומן או
להשתמש ב-%different במקום Jukes-Cantor

-מדומה [מִשׁקָל] -- השתמש בספירות פסאודו כדי להעריך מרחקים ביניהם

רצפים עם חפיפה קטנה או ללא חפיפה. (כבוי כברירת מחדל.) מומלץ אם מנתחים את
ליישור יש רצפים עם חפיפה קטנה או ללא חפיפה. אם המשקל לא מצוין,
זה 1.0

טופולוגיה עֲדִינוּת:
כברירת מחדל, fasttree מנסה לשפר את העץ עם עד 4*log2(N) סבבים של
מחלפי מינימום-אבולוציה הקרובים ביותר (NNI), כאשר N הוא המספר של
רצפים ייחודיים, 2 סיבובים של מהלכי תת-עץ-גזם-השתלה מחדש (SPR) (גם מינימום evo.),
ועד 2*log(N) סבבים של NNI בעלות סבירות מקסימלית. להשתמש -ני כדי להגדיר את המספר
של סיבובים של דקות evo. NNIs, ו -spr כדי לקבוע את סבבי ה-SPR. להשתמש -נומל לפנות
הפסק את שני ה-Min-evo NNIs וגם SPRs (שימושי בעת חידוד

עץ בעלות סבירות מקסימלית עם NNI נוספים)

השתמש -אורך רוח הגדר את האורך המרבי של מהלך SPR (ברירת מחדל 10) השתמש -מלני כדי להגדיר
מספר הסבבים של שימוש ב-NNI בסבירות מקסימלית -mlacc 2 או -mlacc 3 לתמיד
בצע אופטימיזציה של כל 5 הסניפים בכל NNI,

וכדי לייעל את כל 5 הענפים ב-2 או 3 סבבים

השתמש -mllen כדי לייעל את אורכי הסניף ללא שימוש ב-ML NNIs -mllen -נום עם -intree
כדי לייעל את אורכי הסניף בטופולוגיה קבועה השתמש -איטי לבטל את ההיוריסטיקה
כדי להימנע מתתי עצים קבועים (משפיע על שניהם

ML ו-ME NNI)

מַקסִימוּם סְבִירוּת מודל אפשרויות:
-לְכַשְׁכֵּשׁ -- Whelan-And-Goldman מודל 2001 במקום (ברירת מחדל) ג'ונס-טיילור-תורטון דגם 1992
(aa בלבד)

-גטר -- זמן הפיך כללי במקום (ברירת מחדל) Jukes-Cantor (nt בלבד)

-חתול # -- ציין את מספר קטגוריות התעריפים של אתרים (ברירת מחדל 20)

-נוקט -- ללא דגם CAT (רק קטגוריה אחת)

-גמא -- לאחר הסיבוב האחרון של אופטימיזציה של אורכי הסניף עם מודל CAT,

דווח על הסבירות תחת מודל הגמא הבדיד עם אותו מספר של
קטגוריות. fasttree משתמש באורכי ענף זהים אך מייעל את צורת הגמא
פרמטר וסולם האורכים. לעץ הסופי יהיו אורכים מותאמים מחדש.
משמש עם -עֵץ, זה גם יוצר סבירות לכל אתר לשימוש עם CONSEL, ראה
GammaLogToPaup.pl ותיעוד באתר האינטרנט fasttree.

תמיכה ערך אפשרויות:
כברירת מחדל, fasttree מחשב ערכי תמיכה מקומיים על ידי דגימה מחדש של האתר
סבירות פי 1,000 ומבחן Shimodaira Hasegawa. אם תפרט -נום, זה
יחשב את תמיכת ה-bootstrap של מינימום אבולוציה במקום. בשני המקרים, ה-
ערכי התמיכה הם פרופורציות הנעות בין 0 ל-1

השתמש -אין תמיכה לבטל ערכי תמיכה או -מַגָף 100 כדי להשתמש ב-100 דגימות חוזרות בלבד
השתמש -זֶרַע כדי לאתחל את מחולל המספרים האקראיים

חיפוש ל מה היא הטוב ביותר לְהִצְטַרֵף:
כברירת מחדל, fasttree משלב את 'הקבוצה הגלויה' של הצטרפות שכנים מהירה עם

טיפוס גבעות מקומי כמו בהצטרפות שכנים רגועה

-לְהַאֵט -- חיפוש ממצה (כמו NJ או BIONJ, אבל טיפול שונה בפערים)

-לְהַאֵט לוקח חצי שעה במקום 8 שניות עבור 1,250 חלבונים

-הכי מהיר -- חפש בקבוצה הגלויה (הפגיעה העליונה עבור כל צומת) בלבד

בניגוד להצטרפות השכנים המהירה המקורית, -הכי מהיר עדכונים גלויים (C) לאחר
צירוף A ו-B אם join(AB,C) עדיפה על join(C,visible(C)) -הכי מהיר גם
מעדכן מרחקים החוצה בצורה מאוד עצלה, -הכי מהיר סטים -2 גם על, השתמש
-הכי מהיר -לא 2 כדי להימנע מכך

להיט מוביל היוריסטיקה:
כברירת מחדל, fasttree משתמש ברשימת הלהיטים המובילים כדי להאיץ את השימוש בחיפוש -לא טופ (אוֹ -לְהַאֵט)
כדי לכבות תכונה זו

ולהשוות את כל העלים זה לזה, ואת כל הצמתים החדשים המחוברים זה לזה

-topm 1.0 -- הגדר את גודל רשימת הלהיטים המובילים לפרמטר*sqrt(N)

fasttree מעריך את מ' הפגיעות העליונות של עלה מ-2* מ' הפגיעות העליונות של 'קרוב'
שכן, כאשר קרוב מוגדר כ-d(seed,close) < 0.75 *d(seed, hit of rank
2*מ'), ומעדכן את הלהיטים המובילים עם המשך ההצטרפות

-סגור 0.75 -- שנה את ההיוריסטיקה הקרובה, נמוך יותר הוא שמרני יותר

-רעש 0.8 -- השווה צומת מצורפת לכל שאר הצמתים אם זה

רשימת הלהיטים המובילים היא פחות מ-80% מהאורך הרצוי, או אם הגיל של הלהיט העליון
הרשימה היא log2(מ) או יותר

-2 or -לא 2 כדי להפעיל או לכבות את ההיוריסטיקה של להיטים מובילים ברמה השנייה

זה מקטין את השימוש בזיכרון וזמן הריצה אך עשוי להוביל לצמצום שוליים ב
איכות עץ. (כברירת מחדל, -הכי מהיר מדליק -2.)

לְהִצְטַרֵף אפשרויות:
-nj: הצטרפות שכנה רגילה (לא משוקללת) (ברירת מחדל)

-ביוני: חיבורים משוקללים כמו ב-BIONJ

fasttree גם ישקול הצטרפות במהלך NNIs

מוגבלת טופולוגיה search אפשרויות:
-אילוצים alignmentfile -- יישור עם ערכים של 0, 1 ו-

לא כל הרצפים צריכים להיות נוכחים. עמודה של 0 ו-1 מגדירה מגבלה
לְפַצֵל. כמה אילוצים עשויים להיות מופרים (ראה 'הפרת אילוצים:' בתקן
שְׁגִיאָה).

- אילוץ משקל -- כמה חזק לשקלל את האילוצים. ערך של 1

פירושו עונש של 1 באורך עץ על הפרת אילוץ ברירת מחדל: 100.0

לקבלת מידע נוסף, ראה http://www.microbesonline.org/fasttree/

או ההערות בקוד המקור

fasttree protein_alignment > עץ fasttree -nt nucleotide_alignment > עץ fasttree
-nt -גטר < nucleotide_alignment > עץ

fasttree מקבל יישורים בפורמטים משולבים של fasta או phylip

Common אפשרויות (צריך be לפני מה היא יישור קוֹבֶץ):
-שֶׁקֶט כדי לדכא מידע דיווח

-לא כדי לדכא את מחוון ההתקדמות

-עֵץ קובץ לוג -- לשמור עצי ביניים, הגדרות ופרטי דגם

-הכי מהיר -- להאיץ את שלב ההצטרפות של השכנים ולהפחית את השימוש בזיכרון

(מומלץ עבור יותר מ-50,000 רצפים)

-n לנתח יישורים מרובים (פורמט phylip בלבד)

(השתמש עבור אתחול גלובלי, עם seqboot ו-CompareToBootstrap.pl)

-אין תמיכה לא לחשב ערכי תמיכה

-intree newick_file כדי להגדיר את עץ ההתחלה

-intree1 newick_file להשתמש בעץ ההתחלה הזה עבור כל היישורים

(עבור אתחול עולמי מהיר יותר ביישורים ענקיים)

-מדומה להשתמש בספאודו-ספירות (מומלץ לרצפים מרווחים מאוד)

-גטר -- מודל הפיך זמן כללי (יישור נוקלאוטידים בלבד)

-לְכַשְׁכֵּשׁ -- Whelan-And-Goldman מודל 2001 (יישור חומצות אמינו בלבד)

-ציטוט -- אפשר רווחים ותווים מוגבלים אחרים (אך לא תווים ').

שמות רצף ושמות ציטוטים בעץ הפלט (קלט fasta בלבד; fasttree יעשה זאת
לא מסוגל לקרוא את העצים האלה בחזרה

-נומל כדי לכבות את הסבירות המקסימלית

-נום לבטל NNIs ו-SPRs עם אבולוציה מינימלית

(מומלץ אם מפעילים ML NNIs נוספים עם -intree)

-נום -mllen עם -intree כדי לייעל את אורכי הסניף עבור טופולוגיה קבועה

-חתול # כדי לציין את מספר קטגוריות התעריפים של אתרים (ברירת מחדל 20)

or -נוקט להשתמש בקצבים קבועים

-גמא -- לאחר אופטימיזציה של העץ תחת קירוב CAT,

קנה מידה מחדש של האורכים כדי לייעל את הסבירות של Gamma20

-אילוצים constraintAlignment כדי להגביל את החיפוש הטופולוגי

constraintAlignment צריך להיות 1 או 0s כדי לציין פיצולים

-מוּמחֶה -- לראות אפשרויות נוספות

לקבלת מידע נוסף, ראה http://www.microbesonline.org/fasttree/

השתמש ב-fasttree באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net