זוהי הפקודה fill-fs שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fill-fs - הערת VCF עם רצף אגף
תַקצִיר
fill-fs [אפשרויות] file.vcf
תיאור
אודות: הערות ל-VCF עם רצף צדדי (תג INFO/FS)
אפשרויות
-b, --מסכת מיטה
אזורים למסך (טאביקס באינדקס), ניתן לתת מספר קבצים
-c, --אֶשׁכּוֹל
בצע מיסוך עצמי של גרסאות מקובצות בטווח זה.
-l, --אורך
אורך רצף אגף [100]
-m, --מסכה-צ'אר
התו לשימוש או "lc" עבור אותיות קטנות. אפשרות זו חייבת להקדים -b, -v or -c
על מנת להיכנס לתוקף. עם מספר קבצים עובד
כמתג בשורת הפקודה, ראה את הדוגמה למטה [N]
-r, --refseq
רצף ההתייחסות.
-v, --vcf-mask
מסכה גרסאות ידועות ברצף האגף, ניתן לתת מספר קבצים (tabix
באינדקס)
-h, -?, - עזרה
הודעת עזרה זו.
דוגמא:
# מסווה גרסאות מקובץ VCF עם N's והשתמש באותיות קטנות עבור קובץ המיטה
אזורים fill-fs file.vcf -v mask.vcf -m lc -b mask.bed
השתמש ב-fill-fs באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
