זהו סרגל הגמישות הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
flexbar - הסרת ברקוד ומתאם גמיש לפלטפורמות רצף
תַקצִיר
גָמִישׁ -r קורא [-t target] [-b ברקודים] [-a adapters] [אפשרויות]
תיאור
Flexbar מעבד מראש נתוני רצף בתפוקה גבוהה ביעילות. זה עושה דה-מולטיפלקס
ברקוד פועל ומסיר רצפי מתאם. יתר על כן, תכונות חיתוך וסינון הן
מסופק. Flexbar מגביר את קצבי המיפוי ומשפר את הגנום והתעתיק
מכלולים. הוא תומך בנתוני רצף מהדור הבא בפורמט fasta/q ו- csfasta/q
מ- Illumina, Roche 454 ופלטפורמת SOLiD.
שמות הפרמטרים השתנו ב-Flexbar. אנא עיין בתסריטים. החודשים האחרונים, ברירת מחדל
ההגדרות עברו אופטימיזציה, מספר באגים תוקנו ובוצעו שיפורים שונים, למשל
ממשק שורת פקודה מחודש, מצבי חיתוך חדשים וכן זמן וזיכרון נמוכים יותר
דרישות.
-h, - עזרה
מציג הודעת עזרה זו.
-w, --מִתקַדֵם
הדפס מסך עזרה של אפשרויות מתקדמות.
-i, --לְצַטֵט
הצג הפניה לתוכנית לציטוט.
אפשרויות בסיסיות:
-n, --חוטים NUM
מספר חוטים להעסיק. ברירת מחדל: 1.
-t, --יַעַד STR
קידומת עבור שמות קבצי פלט או נתיבים. ברירת מחדל: flexbar.
-r, --קורא קובץ
קובץ Fasta/q או stdin (-) עם קריאות שעשויות להכיל ברקודים.
-p, --קורא2 קובץ
קובץ קלט שני של קריאות מותאמות, קבצי gz ו-bz2 נתמכים.
-f, --פוּרמָט STR
פורמט איכותי: sanger, solexa, i1.3, i1.5, i1.8 (אילומינה 1.8+).
-c, --חלל צבע
קלט בפורמט מרחב צבעוני csfasta או csfastq בקנה מידה סינגר.
זיהוי ברקוד:
-b, --ברקודים קובץ
קובץ Fasta עם ברקודים ל-demultiplexing שעשוי להכיל N.
-br, --קריאת ברקוד קובץ
קובץ Fasta/q המורכב מקריאות ברקוד נפרדות לזיהוי.
-לִהיוֹת, --ברקוד-trim-end STR
סוג הזיהוי, ראה סעיף מצבי קיצוץ. ברירת מחדל: ANY.
-בו, --ברקוד-דקה-חפיפה NUM
חפיפה מינימלית של ברקוד וקריאה. ברירת מחדל: אורך ברקוד.
-בט, --סף ברקוד NUM
אי התאמה ופערים מותרים לכל 10 בסיסים חפיפה. ברירת מחדל: 1.0.
-זהו, --ברקוד לא הוקצה
כלול קריאות שלא הוקצו ביצירת הפלט.
הסרת מתאם:
-a, --מתאמים קובץ
קובץ Fasta עם מתאמים להסרה שעלולים להכיל N.
-כפי ש, --מתאם-seq STR
רצף מתאם בודד כחלופה לאפשרות מתאמים.
-א, --מתאם-קצץ-קצה STR
סוג ההסרה, ראה סעיף מצבי קיצוץ-קצה. ברירת מחדל: מימין.
-ל, --מתאם-דקה-חפיפה NUM
חפיפה מינימלית של מתאם ורצף קריאה. ברירת מחדל: 1.
-בְּ, --סף-מתאם NUM
אי התאמה ופערים מותרים לכל 10 בסיסים חפיפה. ברירת מחדל: 3.0.
סינון וזיזום:
-u, --מקס-לא נקרא NUM
מותרים בסיסים לא נקראים (N או .) עבור כל קריאה. ברירת מחדל: 0.
-x, --קדם חיתוך-שמאל NUM
חתוך מספר נתון של בסיסים על קצה קריאה של 5' לפני הזיהוי.
-y, --לפני חיתוך-ימין NUM
חתוך את מספר הבסיסים שצוין בקצה 3' לפני הזיהוי.
-q, --pre-trim-phred NUM
חתוך קצה 3' עד שמגיעים לאיכות מוגדרת או גבוהה יותר.
-k, --אורך שלאחר קיצוץ NUM
חתוך לאורך הקריאה שצוין מקצה 3' לאחר ההסרה.
-m, --דקת-אורך קריאה NUM
אורך קריאה מינימלי שיישאר לאחר ההסרה. ברירת מחדל: 18.
בחירת פלט:
-o, --פאסטה-פלט
העדיפו פורמטים לא איכותיים fasta ו-csfasta לפלט.
-z, ---zip-output STR
אפשר דחיסה ישירה של קבצי פלט. אחד מ-GZ ו-BZ2.
-s, --קריאה בודדת
כתוב קריאות זוגיות בודדות עבור עמיתים קצרים מדי.
רישום ותיוג:
-l, --רמת יומן STR
הדפס יישור קריאה אופטימלי חוקי. אחד מהכל, MOD ו-TAB.
-g, --תגיות-הסרה
קריאות תגים הכפופות להסרת מתאם או ברקוד.
מצבי קיצוץ-קצה:
כל: צד ארוך יותר של הקריאה נשאר לאחר הסרת החפיפה שמאל: הצד הימני נשאר
לאחר ההסרה, יישר <= קרא סוף ימינה: החלק השמאלי נשאר לאחר ההסרה, יישר >=
התחל לקרוא LEFT_TAIL: שקול את n הבסיסים הראשונים של קריאות ביישור RIGHT_TAIL: השתמש
רק n בסיסים אחרונים, ראה אפשרויות אורך הזנב
דוגמאות
גָמִישׁ -r reads.fq -f i1.8 -t יעד -b brc.fa -a adap.fa flexbar -r
reads.csfastq.gz -a adap.fa -ל 5 -א נשאר -c
גִרְסָה
גרסת flexbar: 2.4 עדכון אחרון 29 ביולי, 2013
אפשרויות מתקדמות: flexbar -w
flexbar גרסה 2.4
השתמש ב-flexbar באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
