זהו הפקודה gap5 שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gap5 - תוכנית הרכבת הגנום (חלק מחבילת העיר)
תַקצִיר
פער5 [-רו] [-maxseq ] [-maxdb ] [-דלג_הערות] [DATABASE_NAME.V]
תיאור
Gap5 היא תוכנית להרכבת הגנום. התוכנית מכילה את כל הכלים שיהיו
מצופה מתוכנת הרכבה בתוספת תכונות ייחודיות רבות וקל מאוד לשימוש
מִמְשָׁק. הגרסה המקורית תוארה ב- Bonfield, JK, Smith, KF ו-Staden, R. א
תוכנית חדשה להרכבת רצף DNA. Nucleic Acids Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 הוא מאוד גדול וחזק. כל אחד משתמש בתת-קבוצה של אפשרויות ויש לו את שלהם
הדרך המועדפת לגשת אליהם ולהשתמש בהם. למרות שיש הרבה מזה, משתמשים כן
מומלץ לעבור על כל התיעוד פעם אחת, רק כדי לגלות מה כן
אפשרי, והדרך המתאימה ביותר לעבודה שלהם. לכל הפחות, כל זה
יש לקרוא את פרק המבוא, שכן בטווח הארוך, זה יחסוך זמן.
אפשרויות
-רו לקריאה בלבד
-maxseq N
אורך קונצנזוס מקסימלי ראשוני
-maxdb N
המספר המרבי הראשוני של contigs + קריאות
-(לא_) לבדוק
(אל תפעיל) את Check Database כאשר DB פתוח
-(לא_) הערות_exec
(אל תבצע) הערות OPEN/CLOS לאחר פתיחת מסד הנתונים
-(no_)rawdata_note
(אל תשתמש בהערה RAWD במקום RAWDATA env. מִשְׁתַנֶה
-(לא_)csel
(אל תפעיל) את בורר ה-contig לאחר פתיחת db
-לְהַצִיג
X תצוגה לשימוש
-בגודל N
מציין את גודל קובץ ה-AUX עבור מסדי נתונים חדשים (32/64)
-סינכרון השתמש במצב סינכרוני עבור שרת תצוגה (ניפוי באגים)
-- סוף רשימת הטיעונים
השתמש ב-gap5 באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
