זוהי הפקודה gbrowse שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
GBrowse2 - דפדפן הגנום הגנרי
תַקצִיר
libgbrowse-perl [-ח]
התקנה
אם Apache2 מותקן במערכת, התוכנה הגדירה אותה לקשר אליהן כתובות URL
GBעיין בספריות. נדרשת הפעלה מחדש של Apache כדי לקחת זאת בחשבון.
תצורה זמינה בקובץ /etc/gbrowse2/apache2.conf.
אם נעשה שימוש בשרת אינטרנט אחר, יש להתייחס לתבנית apache2 למיפוי כתובות אתרים
בְּאוֹתָה צוּרָה.
תלות
קיימות תלות אופציונלית נוספת ב-perl כדי לספק תכונות נוספות. אנא עיין
למודולים אופציונליים בקובץ INSTALL למידע נוסף.
תְצוּרָה
gbrowse2 קבצי תצורה נמצאים ב- /etc/gbrowse. קובץ התצורה הראשי הוא
GBrowse.conf. הוא מכיל את רכיבי התצורה הגלובלית. קבצי תצורה ספציפיים
נמצאים באותה ספרייה לכל בנק נתונים. לפרטים נוספים, יש לעיין ב
GBעיין בתיעוד.
ההתקנה מסופקת עם דגימת גנום שמרים.
תיאור
GBrowse הוא פשוט אבל מאוד
דפדפן גנום מבוסס אינטרנט הניתן להגדרה. זה מרכיב של
פרויקט מאגר מערכות אורגניזמים גנרי (GMOD).
כמה מהתכונות שלו:
* עין הציפור בו זמנית ותצוגות מפורטות של הגנום;
* גלילה, זום, מרכז;
* צרף כתובות URL שרירותיות לכל הערה;
* הסדר והמראה של רצועות ניתנים להתאמה אישית על ידי מנהל ו
משתמש קצה;
* חפש לפי מזהה הערה, שם או הערה;
* תומך בהערות צד שלישי באמצעות פורמטי GFF;
* ההגדרות נמשכות לאורך הפעלות;
* מזבלות DNA ו-GFF;
* קישוריות לבסיסי נתונים שונים, כולל BioSQL ו-Chado;
* תמיכה בריבוי שפות;
* טעינת תכונה של צד שלישי;
* ארכיטקטורת פלאגין הניתנת להתאמה אישית (למשל הפעל BLAST, dump ויבוא רבים
פורמטים, מצא אוליגונוקלאוטידים, עיצוב פריימרים, יצירת מפות הגבלה,
תכונות עריכה).
WEB גישה
GBדפדוף נגיש בכתובת URL http://localhost/gbrowse2
השתמש בגלישה מקוונת באמצעות שירותי onworks.net
