זוהי הפקודה getcds.pl שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
getcds.pl - חילוץ CDS מפורמטים שונים של הערות
תַקצִיר
getcds.pl [אפשרויות] קובץ קלט [קובץ פלט] [קובץ קלט [קובץ פלט] ...]
אפשרויות
אפשרויות כוללות:
redirect => אפשר הפניה בזמן ריצה. מוסבר להלן.
force => מאפשר כתיבת קבצי cds ריקים
אם [קובץ פלט] אינו מוגדר, "[קובץ קלט].cds" משמש.
יש הרבה קסם אפל שניתן לבצע עם קבצי .redirect. נעשה שימוש בהפניות מחדש
כדי לשנות את ההתנהגות הרגילה וניתנת ליישום על בסיס גלובלי (קובץ .redirect ב
אותה ספרייה כמו [קובץ קלט]), ו/או על בסיס לכל קלט ([קובץ קלט]. redirect).
הפניות מחדש נקראות בסדר זה כך שאפקטים לכל קלט מיושמים על גבי הגלובלי
אפקטים.
אם השארת את שם הקובץ כפי שהוא ממורד של Ensembl, ה-Ensembl DB המתאים
המקור ינחש אוטומטית.
הפניות אפשריות:
CDS - משנה את סוג התג שמחפשים בעת הפעלה על קבצי ביופרל (ברירת המחדל היא CDS)
offset - הוסף ערך כלשהו לכל הקואורדינטות
+bioperl - בנוסף לכל נתון אחר המבוסס על הפניה מחדש, חילץ גם הערות באמצעות bioperl
(שימוש ישיר משבית את מנתח ביופרל כברירת מחדל)
ensembl_build - תפוס נתונים מה-ensembl (בסכימה שצוינה)
ucsc_build - תפוס נתונים מ (בסכימה שצוינה)
murasaki_synth - סנתז נתוני הערות עבור כל עוגן מיישור (אם זה
ספרייה, ואז כל קובץ קלט (למשל input.lav) נבדק עבור .anchors תואם
קובץ (למשל input.anchors).
ראשי - איזה סוג של תגים ליצור מנתונים שנאספו מנתונים חיצוניים (למשל:
ensembl, ucsc או murasaki). ברירת המחדל זהה להפניה מחדש של התקליטורים.
כרומוזום - מאלץ כרומוזום ספציפי במקום לנגזר משם הקובץ
gtf - חלץ הערה מקובץ gtf
השתמש ב-getcds.pl באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
