זוהי הפקודה gmt-music-pfamp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gmt music pfam - הוסף הערת Pfam לקובץ MAF
גִרְסָה
מסמך זה מתאר gmt music pfam גרסה 0.04 (2016-01-01 בשעה 23:10:19)
תַקצִיר
gmt music pfam --maf-file=? --output-file=? --reference-build=?
... מוזיקה pfam \
--maf-file myMAF.tsv \
---output-file myMAF.tsv.pfam
נדרש טיעונים
קובץ maf טקסט
רשימת מוטציות באמצעות מפרט TCGA MAF v2.3
קובץ פלט טקסט
פלט קובץ MAF עם עמודה נוספת המדווחת על דומיינים של הערות Pfam
בניית התייחסות טקסט
האפשרויות הן 'Build36' או 'Build37'. פרמטר זה מבטיח ביאור מתאים של
ערכים חוקיים של דומיינים:
בניין 36
בניין 37
ערך ברירת המחדל 'Build37' אם לא צוין
תיאור
פקודה זו מוסיפה Pfam Domains לעמודה בסוף קובץ MAF.
כלי זה לוקח קובץ MAF, קובע את המיקום של כל וריאנט בו, ולאחר מכן משתמש
חיפוש מהיר כדי לאחזר את כל תחומי ההערות של Pfam שהגרסה חוצה. א
העמודה מצורף לסוף קובץ MAF הקלט בשם "Pfam_Annotation_Domains" שבו
התוצאות רשומות. "NA" מופיע אם לא נמצאו דומיינים של Pfam.
השתמש ב-gmt-music-pfamp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
