זהו הפקודה gmx-filter שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gmx-filter - מסלולי סינון תדרים, שימושי ליצירת סרטים חלקים
תַקצִיר
מסנן gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-אול [<.xtc/.trr/...>]] [-אה [<.xtc/.trr/...>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-nf ]
[-[לא הכל] [-[no]nojump] [-[לא מתאים]
תיאור
GMX לסנן מבצע סינון תדרים במסלול. צורת המסנן היא cos(pi t/A)
+ 1 מ-A ל-+A, כאשר A ניתן על ידי האפשרות -nf כפול שלב הזמן בקלט
מַסלוּל. מסנן זה מפחית את התנודות עם תקופה A ב-85%, עם תקופה 2*A ב-50%
ועם תקופה 3*A ב-17% לסינון במעבר נמוך. גם מעבר נמוך וגם מעבר גבוה מסונן
ניתן לכתוב מסלול.
אפשרות -אול כותב מסלול מסונן במעבר נמוך. כל מסגרת נכתבת -nf קלט
מסגרות. יחס זה של אורך המסנן ומרווח הפלט מבטיח דיכוי טוב של
כינוי של תנועה בתדר גבוה, שימושי ליצירת סרטים חלקים. גם ממוצעים
של מאפיינים שהם ליניאריים בקואורדינטות נשמרות, שכן כל מסגרות הקלט
משוקללים באופן שווה בפלט. כאשר יש צורך בכל המסגרות, השתמש ב- -את כל אוֹפְּצִיָה.
אפשרות -אה כותב מסלול מסונן במעבר גבוה. הקואורדינטות המסוננות במעבר גבוה הן
נוסף לקואורדינטות מקובץ המבנה. בעת שימוש בסינון במעבר גבוה השתמש -לְהַתְאִים
או ודא שאתה משתמש במסלול שהותקן על הקואורדינטות במבנה
קובץ.
אפשרויות
אפשרויות לציון קבצי קלט:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (אופציונלי)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס
אפשרויות לציון קבצי פלט:
-אול [<.xtc/.trr/...>] (lowpass.xtc) (אופציונלי)
מַסלוּל: xtc trr gro g96 pdb tng
-אה [<.xtc/.trr/...>] (highpass.xtc) (אופציונלי)
מַסלוּל: xtc trr gro g96 pdb tng
אפשרויות אחרות:
-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול
-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול
-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)
-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים
-nf (10)
מגדיר את אורך המסנן וכן את מרווח הפלט עבור סינון במעבר נמוך
-[לא הכל (לא)
כתוב את כל המסגרות המסוננות במעבר נמוך
-[no]nojump (כן)
הסר קפיצות של אטומים על פני הקופסה
-[לא מתאים (לא)
התאם את כל המסגרות למבנה ייחוס
השתמש ב-gmx-filter מקוון באמצעות שירותי onworks.net
