gmx-saltbr - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-saltbr - מחשב גשרי מלח

תַקצִיר

gmx saltbr [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-t ] [-[לא] ספטמבר]

תיאור

GMX saltbr משרטט את המרחק בין כל שילוב הקבוצות הטעונות כפונקציה של
זְמַן. הקבוצות משולבות בדרכים שונות. ניתן לתת מרחק מינימלי (כלומר א
cut-off), כך שקבוצות שלעולם אינן קרובות יותר ממרחק זה לא יתוכננו.

הפלט יהיה במספר שמות קבצים קבועים, min-min.xvg, plus-min.xvg ו
plus-plus.xvg, או קבצים עבור כל זוג יונים בודדים אם ה -ספטמבר האפשרות נבחרה. ב
במקרה זה, הקבצים נקראים בשם sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr). יכול להיות שיש רב קבצים כאלה.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-t (1000)
קבוצות שלעולם אינן קרובות יותר מהמרחק הזה אינן מתוכננות

-[לא] ספטמבר (לא)
השתמש בקבצים נפרדים עבור כל אינטראקציה (עשויים להיות רבים)

השתמש ב-gmx-saltbr באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net