gmx-vanhove - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-vanhove - מחשב פונקציות תזוזה וקורלציה של Van Hove

תַקצִיר

gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-אומ [<.xpm>]] [או [<.xvg>]] [-לא [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ]
[-sqrt ] [-fm ] [-rmax ] [-רבין ]
[-ממקס ] [-nlevels ] [-מספר ] [-פרו ]
[-rt ] [-פט ]

תיאור

GMX ואנהוב מחשב את פונקציית המתאם של Van Hove. ה- Van Hove G(r,t) הוא ה-
הסתברות שחלקיק שנמצא ב-r_0 בזמן אפס יכול להימצא במיקום r_0+r ב-
זמן t. GMX ואנהוב קובע את G לא עבור וקטור r, אלא עבור אורך r. כך זה
נותן את ההסתברות שחלקיק נע מרחק של r בזמן t. קופץ על פני ה
גבולות תקופתיים מוסרים. מתבצעים תיקונים עבור קנה מידה עקב איזוטרופי או
צימוד לחץ אנזוטרופי.

עם אפשרות -אומ ניתן לכתוב את המטריצה ​​כולה כפונקציה של t ו-r או כפונקציה
של sqrt(t) ו-r (אופציה -sqrt).

עם אפשרות או הפונקציה Van Hove משורטטת עבור ערך אחד או יותר של t. אוֹפְּצִיָה -מספר
מגדיר את מספר הפעמים, אפשרות -פרו מרווח המספרים בין הזמנים. רוחב הפח
מוגדר עם אפשרות -רבין. מספר הפחים נקבע אוטומטית.

עם אפשרות -לא האינטגרל עד למרחק מסוים (אפשרות -rt) מתוכננת כ-a
פונקציה של זמן.

עבור כל הפריימים שנקראים מאוחסנות הקואורדינטות של החלקיקים שנבחרו
זיכרון. לכן התוכנית עשויה להשתמש בזיכרון רב. לאפשרויות -אומ ו -לא מה היא
התוכנית עשויה להיות איטית. הסיבה לכך היא שהחישוב משתנה כמספר הפריימים פעמים
-fm or -פט. שימו לב שעם ה -dt אפשרות השימוש בזיכרון וזמן החישוב יכולים להיות
מופחת.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-אומ [<.xpm>] (vanhove.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

או [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-לא [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-sqrt (0)
השתמש ב-sqrt(t) על ציר המטריצה ​​אשר מרווח # ב-sqrt(ps)

-fm (0)
מספר הפריימים במטריצה, 0 הוא כל העלילה

-rmax (2)
מקסימום r במטריצה ​​(ננומטר)

-רבין (0.01)
רוחב bin במטריצה ​​ועבור או (ננומטר)

-ממקס (0)
צפיפות מקסימלית במטריצה, 0 מחושב (1/nm)

-nlevels (81)
מספר הרמות במטריצה

-מספר (1)
מספר עקומות עבור או תפוקה

-פרו (0)
מרווח מסגרת עבור ה או תפוקה

-rt (0)
מגבלת אינטגרציה עבור -לא פלט (ננומטר)

-פט (0)
מספר מסגרות ב- -לא פלט, 0 הוא כל העלילה

השתמש ב-gmx-vanhove באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net