זוהי הפקודה go2obop שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - כלי ההמרה והמעטפות שלו
תַקצִיר
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo
תיאור
מנתח כל קובץ אונטולוגיה בסגנון GO/OBO וכותב בפורמט אחר
טיעונים
-e שגיאה
כותב שגיאות ניתוח ב-XML - ברירת המחדל היא STDERR (לא אמורות להיות שגיאות ניתוח ב-well
קבצים שנוצרו)
-p פורמט
קובע באיזה מנתח להשתמש; אם לא יצוין, יעשה ניחוש על סמך הקובץ
סִיוֹמֶת. ראה למטה לפורמטים
-w|סופר פורמט
פורמט לפלט - ראה למטה לרשימה
-|xslt XSLT
השם או שם הקובץ של טרנספורמציה של XSLT
זה יכול להיות נתיב מוחלט לקובץ בכל מקום במערכת הקבצים, או שהוא יכול פשוט
יהיה השם של ה-xslt; לְמָשָׁל
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
אם השם צוין, אז קודם כל יתבצע חיפוש ב-$GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl; אם
GO_ROOT לא מוגדר, אז יבוצע חיפוש ב-perl modules dir שבו מותקן GO (ה
xslts יותקן כאן באופן אוטומטי אם תבצע את תהליך ההתקנה הרגיל)
-use_cache
אם מתג זה צוין, מצב שמירה במטמון מופעל.
במצב מטמון, בפעם הראשונה שתנתח קובץ, אז יהיה קובץ נוסף
מיוצא בפורמט מיוחד המהיר לניתוח. לקובץ זה יהיה אותו שם קובץ
בתור הקובץ המקורי, אלא שתהיה לו סיומת ".cache".
בפעם הבאה שתנתח את הקובץ, תוכנית זו תבדוק אוטומטית את קיומו
של קובץ ".cache". אם הוא קיים, והוא יותר עדכני מהקובץ שציינת, זה
מנותח במקום זאת. אם זה לא קיים, זה נבנה מחדש.
זה יביא לשיפור מהירות עבור b של פורמטי הפלט שלהלן (כגון
רשימת הנתיבים). רוב פורמטי הפלט עובדים עם ניתוח מבוסס אירועים, כך שאחסון האובייקט מביא
אין תועלת ולמעשה יהיה איטי יותר מאשר עקיפת המטמון
פורמטים
פורמטים הניתנים לכתיבה הם
go_ont
קבצים עם הסיומת ".ontology"
אלה מאחסנים את ה-DAG של האונטולוגיה
go_def
קבצים עם הסיומת ".defs"
go_xref
הפניות חיצוניות למסד נתונים עבור מונחי GO
קבצים עם הסיומת "2go" (למשל ec2go, metacyc2go)
go_assoc
הערות של גנים או מוצרי גנים באמצעות GO
קבצים עם הקידומת "שיוך גנים".
obo_text
קבצים עם הסיומת ".obo"
זהו תחליף פורמט קובץ חדש לפורמטים הקיימים של קבצי GO שטוחים. זה
מטפל באונטולוגיות, הגדרות ו-xrefs (אך לא אסוציאציות)
obo_xml
קבצים עם הסיומת ".obo.xml" או ".obo-xml"
זוהי גרסת ה-XML של פורמט הקובץ השטוח OBO למעלה
פרולוג
עובדות פרולוג - תצטרך מהדר/מתורגמן פרולוג כדי להשתמש באלה. אתה יכול
התבוננו בעובדות הללו באמצעות Obol או בפרויקט Bio-LP הקרוב
tbl ייצוג טבלאי פשוט (אובדן).
תקציר
ניתן להשתמש גם בקבצי אונטולוגיה וגם בקבצי שיוך
רשימת הנתיבים
מציג את כל הנתיבים לשורש
פורמט ינשוף OWL (ברירת מחדל: OWL-DL)
OWL הוא פורמט סטנדרטי של W3C לאונטולוגיות
תזדקק לקבצי XSL מהפצת go-dev המלאה כדי להפעיל את זה; ראה את ה-XML
סעיף בhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
ייצוג YAML של אובייקט GO::Model::Graph
obj_storable
dump של אובייקט perl GO::Model::Graph. אתה צריך Storable מ-CPAN בשביל זה
עֲבוֹדָה. זה נועד לשמור אובייקטים במערכת הקבצים, לגישה מהירה. ה
ייתכן שהייצוג obj_storable אינו נייד
text_html
פורמט פלט OBO מותאם ב-html
godb_prestore
XML שממפה ישירות לסכמת היחסים של GODB (לאחר מכן ניתן לטעון באמצעות
stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
XML שממפה ישירות לסכימה ההתייחסותית של Chado (לאחר מכן ניתן לטעון באמצעות
stag-storenode.pl)
תיעוד
<http://www.godatabase.org/dev>
השתמש ב-go2obop באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
