זוהי הפקודה hhalign שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hhalign - יישור יישור שאילתה/HMM ליישור תבנית/HMM
תַקצִיר
hhalign -i שאלה [-t תבנית] [אפשרויות]
תיאור
HHalign גרסה 2.0.16 (ינואר 2013) יישור יישור שאילתה/HMM לתבנית
יישור/HMM על ידי יישור HMM-HMM אם ניתן יישור אחד/HMM בלבד הוא מושווה ל
עצמו ואת היישור הטוב ביותר מחוץ לאלכסון בתוספת כל היישורים הלא חופפים נוספים
מוצגים מעל סף המובהקות. Remmert M, Biegert A, Hauser A ו-Soding J.
HHblits: חיפוש רצף חלבונים איטרטיבי מהיר ברק על ידי יישור HMM-HMM. נאט.
מתודות 9:173-175 (2011). (ג) יוהנס סודינג, מייקל רמרט, אנדריאס ביגרט, אנדראס
האוזר
-i
יישור שאילתת קלט (fasta/a2m/a3m) או קובץ HMM (.hhm)
-t
יישור תבנית קלט (fasta/a2m/a3m) או קובץ HMM (.hhm)
תְפוּקָה אפשרויות:
-o
לכתוב יישור פלט לקובץ
-אופס
כתוב יישורים ב-FASTA, A2M (-oa2m) או A3M (-oa3m) פורמט
-Oa3m
כתוב יישור שאילתה בפורמט a3m לקובץ (ברירת מחדל=ללא)
-Aa3m
הוסף יישור שאילתה בפורמט a3m לקובץ (ברירת מחדל=ללא)
-atab
כתוב יישור כטבלה (עם אחוריות) לקובץ (ברירת מחדל=ללא)
-אינדקס השתמש ביישור נתון לחישוב ציון Viterbi (ברירת מחדל=ללא)
-v
מצב מילולי: 0:ללא פלט מסך 1:אזהרות בלבד 2: מילוליות
-Seq [1,inf[ max. מספר רצפי שאילתות/תבנית המוצגים (def=1)
-נוקונים
אל תציג רצף קונצנזוס ביישורים (ברירת מחדל=הצג)
-לא קרה
אל תראה מבנה שני חזוי ביישורים (ברירת מחדל=הצג)
-מהנהן
אל תראה מבנה DSSP שני ביישורים (ברירת מחדל=הצג)
-ssconf
הצג ביטחון עבור מבנה שני חזוי ביישורים
-אליו int
מספר עמודות בכל שורה ברשימת יישור (def=80)
-P
להשוואה עצמית: ערך p מקסימלי של יישורים (def=0.001
-p
הסתברות מינימלית ברשימת הסיכום והיישור (def=0)
-E
ערך E-מקסימלי ברשימת הסיכום והיישור (def=1E+06)
-Z
המספר המרבי של שורות ברשימת ההתאמות הסיכום (def=100)
-z
מספר מינימלי של שורות ברשימת התאמות סיכום (def=1)
-B
המספר המרבי של יישורים ברשימת היישור (def=100)
-b
מספר מינימלי של יישורים ברשימת היישור (def=1)
-דַרגָה int
ציין את דרגת היישור לכתיבה -Oa3m or -Aa3m אפשרות (ברירת מחדל=1)
סינון קלט יישור (אפשרויות יכול be מְשׁוּלָב):
- [0,100] זהות רצף זוגית מקסימלית (%) (def=90)
-הבדל [0,inf[ מסנן את קבוצת הרצפים המגוונת ביותר, תוך שמירה על זה לפחות
רצפים רבים בכל בלוק של יותר מ-50 עמודות (def=100)
-cov [0,100] כיסוי מינימלי עם שאילתה (%) (def=0)
-קיד [0,100] זהות רצף מינימלית עם שאילתה (%) (def=0)
-qsc [0,100] ציון מינימלי לכל עמודה עם שאילתה (def=-20.0)
קֶלֶט יישור פורמט:
-M a2m משתמש ב-A2M/A3M (ברירת מחדל): אותיות רישיות = התאמה; אותיות קטנות = הוספה; '-' = מחק; '.' =
פערים מיושרים לתוספות (ניתן להשמיט)
-M ראשון
השתמש ב-FASTA: עמודות עם שאריות ברצף הראשון הן מצבי התאמה
-M [0,100]
השתמש ב-FASTA: עמודות עם פחות מ-X% פערים הם מצבי התאמה
הממ-הממ יישור אפשרויות:
-גלוב/-loc
מצב יישור גלובלי או מקומי (def=local)
-alt
הצג עד מספר זה של יישורים חלופיים (def=1)
-ליישר מחדש
יישר מחדש את ההיטים המוצגים עם מקסימום אלגוריתם דיוק (MAC).
-norealign
אין ליישר מחדש את ההיטים המוצגים עם אלגוריתם MAC (def=realign)
-מקט [0,1[
סף הסתברות אחורי ליישור MAC (def=0.350) ערך סף של
0.0 מניב יישורים גלובליים.
-סטו
השתמש באלגוריתם דגימה סטוכסטי גלובלי כדי לדגום כל כך הרבה יישורים
-לא כולל אל תכלול מיקומי שאילתה מהיישור, למשל '1-33,97-168'
-מִשׁמֶרֶת [-1,1] קיזוז ציון (def=-0.030)
-קור [0,1]
משקל המונח עבור מתאמי זוג (def=0.10)
-ssm 0-4 0:אין ניקוד ss [ברירת מחדל=2]
ניקוד 1:ss לאחר יישור 2:ss ניקוד במהלך היישור
-ssw משקל [0,1] של ציון ss (def=0.11)
-בדיוק קרא אפשרויות ברירת מחדל מתוך ./.hhdefaults או /.hhdefault.
דוגמה: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -פנג T0187pdb.png
תְפוּקָה אפשרויות:
-o
לכתוב יישור פלט לקובץ
-אופס
כתוב יישורים ב-FASTA, A2M (-oa2m) או A3M (-oa3m) פורמט
-Oa3m
כתוב יישור שאילתה בפורמט a3m לקובץ (ברירת מחדל=ללא)
-Aa3m
הוסף יישור שאילתה בפורמט a3m לקובץ (ברירת מחדל=ללא)
-atab
כתוב יישור כטבלה (עם אחוריות) לקובץ (ברירת מחדל=ללא)
-v
מצב מילולי: 0:ללא פלט מסך 1:אזהרות בלבד 2: מילוליות
-Seq [1,inf[ max. מספר רצפי שאילתות/תבנית המוצגים (def=1)
-נוקונים
אל תציג רצף קונצנזוס ביישורים (ברירת מחדל=הצג)
-לא קרה
אל תראה מבנה שני חזוי ביישורים (ברירת מחדל=הצג)
-מהנהן
אל תראה מבנה DSSP שני ביישורים (ברירת מחדל=הצג)
-ssconf
הצג ביטחון עבור מבנה שני חזוי ביישורים
-אליו int
מספר עמודות בכל שורה ברשימת יישור (def=80)
-P
להשוואה עצמית: ערך p מקסימלי של יישורים (def=0.001
-p
הסתברות מינימלית ברשימת הסיכום והיישור (def=0)
-E
ערך E-מקסימלי ברשימת הסיכום והיישור (def=1E+06)
-Z
המספר המרבי של שורות ברשימת ההתאמות הסיכום (def=100)
-z
מספר מינימלי של שורות ברשימת התאמות סיכום (def=1)
-B
המספר המרבי של יישורים ברשימת היישור (def=100)
-b
מספר מינימלי של יישורים ברשימת היישור (def=1)
-דַרגָה int
ציין את דרגת היישור לכתיבה -Oa3m or -Aa3m אפשרות (ברירת מחדל=1)
-tc
כתוב קובץ ספריית TCoffee להשוואה זוגית
-tct [0,100]
דקה הסתברות לצמדי שאריות עבור TCoffee (בגדר = 5%)
אפשרויות ל לסנן קלט יישור (אפשרויות יכול be מְשׁוּלָב):
- [0,100] זהות רצף זוגית מקסימלית (%) (def=90)
-הבדל [0,inf[
לסנן את קבוצת הרצפים המגוונת ביותר, תוך שמירה על לפחות כל כך הרבה רצפים בכל אחד
בלוק של יותר מ-50 עמודות (def=100)
-cov [0,100] כיסוי מינימלי עם שאילתה (%) (def=0)
-קיד [0,100] זהות רצף מינימלית עם שאילתה (%) (def=0)
-qsc [0,100] ציון מינימלי לכל עמודה עם שאילתה (def=-20.0)
HMM-בניין אפשרויות:
-M a2m משתמש ב-A2M/A3M (ברירת מחדל): אותיות רישיות = התאמה; אותיות קטנות = הוספה; '-' = מחק; '.' =
פערים מיושרים לתוספות (ניתן להשמיט)
-M ראשון
השתמש ב-FASTA: עמודות עם שאריות ברצף הראשון הן מצבי התאמה
-M [0,100]
השתמש ב-FASTA: עמודות עם פחות מ-X% פערים הם מצבי התאמה
-תיקים אין לנטרל תגי His-, C-myc, FLAG ורצף זיהוי טריפסין כדי
התפלגות רקע
ספאודו-ספירת (מחשב) אפשרויות:
-pcm תלות מיקום 0-2 של תערובת המחשב 'tau' (מצב מחשב, ברירת מחדל=2)
0: אין ספירת פסאודו:
טאו = 0
1: קבוע
טאו = א
2: תלוי במגוון: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: מספר של
סדרות אפקטיביות ב-MSA מקומי סביב עמודה i) 3: ספירת פסאודו של מגוון קבוע
-pca [0,1] תערובת פסאודו-ספירת כללית (def=1.0)
-pcb [1,inf[ ערך סף Neff for -pcm 2 (בגדר 1.5)
-pcc [0,3] מעריך הכחדה ג עבור -pcm 2 (בגדר 1.0)
-pre_pca [0,1]
תערובת פסאודו-ספירת PREFILTER (def=0.8)
-pre_pcb סף [1,inf[ PREFILTER עבור Neff (def=1.8)
ספציפי להקשר ספירת פסאודו:
-nocontxt
השתמש ב-substitution-matrix במקום בפסאודו-ספירות ספציפיות להקשר
-קונטקסט קובץ הקשר לחישוב פסאודו-ספירות ספציפיות להקשר
(ברירת מחדל=./data/context_data.lib)
-cslib
קובץ מצב העמודה עבור סינון מוקדם של מסד נתונים מהיר (ברירת מחדל=./data/cs219.lib)
פער עלות אפשרויות:
-gapb [0,inf[
תערובת פסאודו-ספירת מעבר (def=1.00)
-פער [0,inf[
תערובת פסאודו-ספירת מעבר עבור פער פתוח (ברירת מחדל=0.15)
-לִבהוֹת [0,1.5]
תערובת פסאודו-ספירת מעבר להארכת פער (def=1.00)
-פער ]0,inf]
גורם להגדלת/הקטנת העונש על מחיקות (def=0.60)
-gapg ]0,inf]
גורם להגדלת/הקטנת העונש הפתוח בפער עבור הוספות (def=0.60)
-gaph ]0,inf]
גורם להגדלת/הקטנת העונש על הרחבת הפער עבור מחיקות (def=0.60)
-gapi ]0,inf]
גורם להגדלת/הקטנת העונש על הארכת הפער עבור הוספות (def=0.60)
-למשל [0,inf[ עונש (סיביות) עבור פערי קצה המיושרים לשאריות שאילתה (def=0.00)
-egt [0,inf[ עונש (סיביות) עבור פערי קצה מיושרים לשאריות תבנית (def=0.00)
מערך אפשרויות:
-גלוב/-loc
מצב יישור גלובלי או מקומי (def=global)
-מק השתמש ביישור מרבי (MAC) במקום Viterbi
-מקט [0,1]
סף בדיקה אחורי ליישור MAC (def=0.350)
-סטו
השתמש באלגוריתם דגימה סטוכסטי גלובלי כדי לדגום כל כך הרבה יישורים
-sc ציון חומצות אמינו (tja: תבנית HMM בעמודה j) (def=1)
0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: aa תדרי רקע)
1 = log2 Sum(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )
2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs in template)
3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs בשאילתה)
-קור [0,1]
משקל המונח עבור מתאמי זוג (def=0.10)
-מִשׁמֶרֶת [-1,1]
קיזוז ציון (def=-0.030)
-r זיהוי חוזר: מספר התאמות אינן מטופלות כעצמאיות
-ssm 0-2 0:אין ניקוד ss [ברירת מחדל=2]
ניקוד 1:ss לאחר יישור 2:ss ניקוד במהלך היישור
-ssw משקל [0,1] של ציון ss בהשוואה לציון העמודה (def=0.11)
-סה [0,1] מטריצת בלבול ss = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=1.00)
-לְהַרְגִיעַ 0-3
כיול ציון אמפירי של 0:שאילתה 1:תבנית 2:שניהם (def=off)
ניתן לציין אפשרויות ברירת מחדל ב'./.hhdefaults' או '~/.hhdefaults'
השתמש ב-hhalign באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
