זוהי הפקודה ipig שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
ipig - שילוב PSMs בדפדפן הגנום
תַקצִיר
ipig <psm קובץ> |-g|-c|-cg [ ]
תיאור
iPiG מכוון לאינטגרציה של התאמות ספקטרום פפטידים (PSMs) מספקטרומטריית מסה
(MS) זיהויים של פפטידים לתוך הדמיות גנומיות המסופקות על ידי דפדפן הגנום כגון
כדפדפן הגנום של UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG לוקח PSM מהפורמט הסטנדרטי של MS mzIdentML (*.mzid) או בפורמט טקסט ו
מספק תוצאות בפורמטים של מסלול גנום (קבצי BED ו-GFF3), שיכולים להיות בקלות
מיובאים לדפדפני הגנום.
אפשרויות
<psm קובץ>
מציין את הקובץ עם התאמת ספקטרום הפפטידים (mzid/txt)
-g, -גוי
מתחיל את ממשק המשתמש הגרפי של iPiG
-c, שליטה
מתחיל את בקרת הגנים, יש לציין את הקבצים הדרושים בתצורה
פילה
-ג, -controlgui
מתחיל את ממשק המשתמש הגרפי של בקרת הגנים
-d, -מוריד
מתחיל את ה-Gui להורדה
ניתן לציין קובץ תצורה שונה (אחרת ipig.conf נטען על ידי
בְּרִירַת מֶחדָל)
דרישות נוספות:
באמצעות מצב שאינו gui, קובץ תצורה (ipig.conf כברירת מחדל) צריך להכיל כמה
פרמטרים נוספים, למשל ציון הגנום הייחוס וכו'.
במצב gui (-g ו -ג), ניתן לציין פרמטרים נוספים בשתי דרכים, בתוך
הממשק או גם עם קובץ תצורה.
עיין ב-readme.txt ו-ipig.conf לקבלת דוגמאות ופרטים נוספים על
פרמטרים נוספים
השתמש ב-ipig באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
