זוהי הפקודה lastdb שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
lastdb - השוואה בקנה מידה גנום של רצפים ביולוגיים
תַקצִיר
lastdb [אפשרויות] שם פלט fasta-sequence-fil(s)
תיאור
הכן רצפים ליישור הבא עם lastal.
אפשרויות
ראשי אפשרויות
-h, - עזרה
הצג את כל האפשרויות והגדרות ברירת המחדל שלהן, וצא
-p לפרש את הרצפים כחלבונים
-R אפשרויות סימון חוזר (ברירת מחדל=10)
-c מסיכה רכה אותיות קטנות
מתקדם אפשרויות (בְּרִירַת מֶחדָל הגדרות)
-Q פורמט קלט: 0=fasta, 1=fastq-sanger, 2=fastq-solexa, 3=fastq-illumina (0)
-s גודל נפח (ללא הגבלה)
-m דפוס זרעים (לא DNA: 1)
-u ערכת זריעה (DNA: YASS)
-w שלב אינדקס (1)
-a האלפבית המוגדר על ידי המשתמש
-i הגבלה מינימלית על התאמות ראשוניות לכל מיקום שאילתה (0)
-b עומק הדלי
-C סוג טבלה צאצא: 0=אין, 1=גודל בתים, 2=גודל קצר, 3=מלא (0)
-x פשוט לספור רצפים ואותיות
-v להיות מילולי: לכתוב הודעות על מה lastdb עושה
-V, --גִרְסָה
הצג מידע גרסה וצא
דיווח באגים
דווח על באגים ל: [מוגן בדוא"ל]
עמוד הבית האחרון: http://last.cbrc.jp/
השתמש ב-lastdb באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
