macs2_bdgdiff - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

macs2_bdgdiff - ניתוח מבוסס מודל עבור ריצוף שבבים

תיאור

שימוש: macs2 bdgdiff [-h] --t1 סוג 1BDG --t2 סוג 2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (קידומת --o קידומת | -o אופייל אופייל אופייל)

אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

--t1 סוג 1BDG
גרף מיטת MACS pileup עבור תנאי 1. לא תואם ל-callpeak --SPMR פלט.
נדרש

--t2 סוג 2BDG
גרף מיטת MACS pileup עבור תנאי 2. לא תואם ל-callpeak --SPMR פלט.
נדרש

--c1 C1BDG
גרף bedGraph של בקרת MACS עבור תנאי 1. לא תואם ל-callpeak --SPMR
פלט. נדרש

--c2 C2BDG
גרף bedGraph של בקרת MACS עבור תנאי 2. לא תואם ל-callpeak --SPMR
פלט. נדרש

-C לחתוך, --לחתוך לחתוך
ערך סף logLR. ברירת מחדל: 3 (יחס סבירות=1000)

-l מינלן, --מין-לן MINLEN
אורך מינימלי של אזור דיפרנציאלי. נסה ערך גדול יותר כדי להסיר אזורים קטנים.
ברירת מחדל: 200

-g מקסגאפ, --מקסימום-פער מקסגאפ
פער מקסימלי למיזוג אזורים דיפרנציאליים סמוכים. שקול פער רחב יותר עבור אזורים רחבים
סימנים. הפער המקסימלי צריך להיות קטן מהאורך המינימלי (-gברירת מחדל: 100

--ד1 עומק1, --עומק1 עומק1
עומק ריצוף (מספר קריאות לא-יתירות במיליון) עבור תנאי 1. זה יהיה
בשימוש יחד עם --ד2ראה תיאור עבור --ד2 להלן כיצד להקצות אותם.
ברירת מחדל: 1

--ד2 עומק2, --עומק2 עומק2
עומק ריצוף (מספר קריאות לא-יתירות במיליון) עבור תנאי 2. זה יהיה
בשימוש יחד עם --ד1עומק1 ועומק2 ישמשו לחישוב קנה המידה
גורם עבור כל דגימה, כדי להקטין מדגם גדול יותר לרמה של מדגם קטן יותר.
לדוגמה, בעת השוואה בין 10 מיליון תנאי 1 ל-20 מיליון תנאי 2, השתמשו
--ד1 10 --ד2 20, אז ערך הפיילאפ בגרף המיטה עבור תנאי 2 יחולק ב-
2. ברירת מחדל: 1

--outdir OUTDIR
אם צוין, כל קבצי הפלט ייכתבו לאותה ספרייה. ברירת מחדל: ה
מדריך העבודה הנוכחי

קידומת --o OPREFIX
קידומת קובץ פלט. הקבצים בפועל ייקראו כ-PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed ו-PREFIX_common.bed. שוללים הדדית עם -o/--קובץ.

-o אופייל אופייל אופייל, --file אופיל אופיל אופיל
שמות קבצי פלט. יש לתת שלושה ארגומנטים לפי הסדר: 1. קובץ עבור אזורים ייחודיים ב
תנאי 1; 2. קובץ עבור אזורים ייחודיים בתנאי 2; 3. קובץ עבור אזורים משותפים
בשני התנאים. הערה: שוללים זה את זה עם קידומת --o.

השתמש ב-macs2_bdgdiff באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net