makeBadgerMatrix - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

addUnalignedIntervals - חלק מחבילת mauveAligner
alignmentProjector - חלק מחבילת mauveAligner
backbone_global_to_local - חלק מחבילת mauveAligner
bbAnalyze - חלק מחבילת mauveAligner
createBackboneMFA - חלק מחבילת mauveAligner
getAlignmentWindows - חלק מחבילת mauveAligner
getOrthologList - חלק מחבילת mauveAligner
makeBadgerMatrix - חלק מחבילת mauveAligner
mauveToXMFA - חלק מחבילת mauveAligner
mfa2xmfa - חלק מחבילת mauveAligner
projectAndStrip - חלק מחבילת mauveAligner
randomGeneSample - חלק מחבילת mauveAligner
scoreAlignment - חלק מחבילת mauveAligner
stripGapColumns - חלק מחבילת mauveAligner
stripSubsetLCBs - חלק מחבילת mauveAligner
toGrimmFormat - חלק מחבילת mauveAligner
toMultiFastA - חלק מחבילת mauveAligner
toRawSequence - חלק מחבילת mauveAligner
uniqueMerCount - חלק מחבילת mauveAligner
uniquifyTrees - חלק מחבילת mauveAligner
xmfa2maf - חלק מחבילת mauveAligner

תיאור

כלים אלו שייכים לחבילת mauveAligner. הם לא מתועדים במפורש אבל
מדפיסים שורת תקציר שחוזרת כאן.

addUnalignedIntervals הפסקה קובץ> <פלט הפסקה קובץ>

alignmentProjector xmfa> <פלט xmfa> <mfa seq קלט> <mfa seq פלט> <רשימה of
seqs ל לִכלוֹל, החל at 0>

backbone_global_to_local <xmfa קובץ> <עמוד שדרה קובץ> <פלט קובץ>

bbנתח <xmfa קובץ> <מדריך עץ> <עמוד שדרה seqpos קובץ> <עמוד שדרה col קובץ> <מוער
seq אינדקס> <פלט קובץ>

אינדקס המשך מוער מתחיל ב-0.

ליצורBackboneMFA הפסקה קובץ> <פלט משרד חוץ שם>

getAlignmentWindows <XMFA יישור> <חלון אורך> <חלון משמרת כמות> <בסיס תפוקה
שם הקובץ>

getOrthologList getOrthologList xmfa> <עמוד שדרה seq קובץ> <הפניה גנום> <CDS
אורתולוגי שם הקובץ> <CDS יישור בסיס שם>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <פלט גירית קובץ> <LCB לתאם קובץ>

mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve מערך קלט> <XMFA פלט>

mfa2xmfa <MFA יישור קלט> <XMFA יישור פלט> [לא מיושר FastA תְפוּקָה]

projectAndStrip xmfa> <פלט xmfa> ...

מזהי רצף מספריים מתחילים ב-0.

randomGeneSample xmfa> <עמוד שדרה seq קובץ> <דוגמה גנום> <מספר of גנים>
<פלט בסיס שם> [אַקרַאִי זֶרַע]

ניקוד יישור <נכון יישור> <מחושב יישור> [התפתח רצף קוֹבֶץ] [סלגן]

stripGapColumns XMFA> <פלט XMFA>

stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <פלט xmfa> [דקה LCB גודל] [דקה גנומים]
[באופן אקראי תת מדגם ל X kb]

ל-GrimmFormat <Mauve יישור> <גנום 1 chr אורכים>... N chr אורכים>

לMultiFastA הפסקה קובץ> <פלט בסיס שם>

toRawSequence רצף> <פלט קובץ>

uniqueMerCount <מיון להתחתן רשימה>

uniquifyTrees <נקסוס קלט קובץ> <נקסוס תפוקה קובץ>

כל העצים בקובץ הקלט חייבים להיות בעלי מספר זהה של טקסונים ואותו טקסון
תוויות

xmfa2maf <xmfa קלט> <maf פלט>

השתמש ב-makeBadgerMatrix באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net