זוהי הפקודה maskseqe שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
maskseq - כתוב רצף עם אזורים מכוסים
תַקצִיר
maskseq -סדר פעולות רצף -אזורים רכס [-להנמיך לְמַתֵג] -maskchar מחרוזת
-outseq המשך
maskseq עזרה
תיאור
maskseq היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "עריכה".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות רצף
דרוש סעיף
-אזורים רכס
אזורים למסך. קבוצה של אזורים מוגדרת על ידי קבוצה של זוגות של עמדות. ה
עמדות הן מספרים שלמים. הם מופרדים על ידי כל תו שאינו ספרתי, שאינו אלפא.
דוגמאות למפרטי אזור הם: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
נוסף סעיף
-להנמיך לְמַתֵג
ניתן 'להסוות' את האזור על ידי המרת תווי הרצף לאותיות קטנות, חלקן
תוכניות שאינן EMBOSS כגון fasta יכולות לפרש זאת כאזור מוסווה. הרצף הוא
ללא שינוי מלבד שינוי המקרה. אולי תרצה לוודא שהרצף כולו
הוא באותיות רישיות לפני מיסוך האזורים שצוינו לאותיות קטנות על ידי שימוש ב-
דגל '-סעודה'. ערך ברירת מחדל: N
-maskchar מחרוזת
אופי לשימוש בעת מיסוך. ברירת המחדל היא 'X' עבור רצפי חלבון, 'N' עבור גרעין
רצפים. אם תו המסיכה מוגדר להיות תו SPACE או תו ריק,
ואז הרצף 'מסווה' על ידי שינויו לאותיות קטנות, בדיוק כמו עם ה-
דגל '-קטנה'. ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)?X:N)
תְפוּקָה סעיף
-outseq המשך
השתמש ב-maskseqe באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
