אלו הם סלילי הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון אובונטו אונליין, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
ncoils - חיזוי של רכיבי מבנה משני מפותל
תַקצִיר
ncoils [אופציה] < [קובץ FASTA]
ncoils -f < /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa
תיאור
ncoils היא תוכנית המשווה רצף למסד נתונים של דו-גדילים מקבילים ידועים
מפותל-סלילים ומסיק ציון דמיון. על ידי השוואת ציון זה להתפלגות
של ציונים בחלבונים כדוריים וחלבונים מפותלים, התוכנית מחשבת את
סבירות שהרצף יאמץ קונפורמציה של סליל מפותל.
אפשרויות
-ו, -פסטה
פלט fasta - סלילים כמו 'x', כמו '-x' בסג
-c מצב תמציתי - לאילו רצפים יש סלילים כלשהם (וכמה)
-min_seg
למצב תמציתי - דווח רק על רצף אם >= מקטעי סליל מינימליים
-min_P
מינימום P להגדרת קטע סליל; ברירת מחדל = 0.5
-לנצח
גודל חלון; ברירת מחדל = 21
-w משקל heptad עמדות a&d זהה ל-b,c,e,f,g
-v verbose/debug mode - הדפס זבל נוסף
דוגמאות
"coils-wrap -m MTIDK -i /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa -o /tmp/coils.out -r
/tmp/coils_raw.txt && פחות /tmp/coils.out /tmp/coils_raw.txt"
"ncoils -win 14 < /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa"
הסביבה
COILSDIR - מציין את הספרייה המכילה את הקובץ new.mat עוקף את ברירת המחדל
/usr/share/ncoils
השתמש ב-ncoils באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
