זוהי הפקודה NEXUSvalidator שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
NEXUSvalidator - אימות קובץ NEXUS
תיאור
NEXUSvalidator קורא קובץ ויוצא בהצלחה (קוד החזרה 0) אם הקובץ הוא
תָקֵף.
השמיים רוב משותף שימוש is בפשטות:
NEXUSvalidator
אפשרויות
-h בשורת הפקודה מציג הודעת עזרה זו
-q לדכא הודעות מצב NCL בזמן קריאת קבצים
-lקורא קובץ ומתייחס לכל שורה בקובץ כנתיב לקובץ NEXUS
-a פלט AltNexus (ללא טבלת תרגום בעצים)
-x אין לאמת תוויות פנימיות בעצים כתוויות טקסיות
-X אל תתייחס למספרים בעצים כאל מספרי טקסונים, התייחס אליהם כאל שרירותיים
תוויות (לא אמור לשמש עם קבצי NEXUS).
-sשולט ברמת ההקפדה של NEXUS.
רמת ברירת המחדל שווה ל -S2 מפעיל את התוכנית עם -S3 או גבוה יותר
מספר ימיר כמה אזהרות לשגיאות קטלניות. רצים עם -S1 יגרום
המנתח לקבל מבנים מסוכנים, ולרוץ איתו -S0 יגרום
parser עושה כל ניסיון לסיים את ניתוח הקובץ (אזהרה על חמור מאוד
שגיאות).
שים לב שמתי -S0 נעשה שימוש ברמת הקפדה, והמנתח לא מצליח לסיים את זה
לרוב תהיה תוצאה של שגיאה מוקדמת יותר מהשגיאה שמדווחת ב-
הודעה אחרונה.
-fמציין את פורמט קובץ הקלט הצפוי:
-fnexus
NEXUS (זו גם ברירת המחדל)
-פאפאסטה
נתוני חומצות אמינו ב-fasta
-fdnafasta
נתוני DNA בפאסטה
-פרנאפאסטה
נתוני RNA ב-fasta
הרשימה המלאה של שמות הפורמטים שיכולים לעקוב אחר ה -f הדגל הוא:
קשר
דנפסטה
אפסטה
rnafasta
דנפיליפ
rnaphylip
אפיליפ
דיסקרטפיליפ
דנאפיליפ משולב
rnaphylipinterleaved
aaphylipinterleaved
discretephylipinterleaved
dnarelaxedphylip
rnarelaxedphylip
aarelaxedphylip
discreteralaxedphylip
דנרילקסדפיליפ משולב
rnarlaxedphylipinterleaved
aarlaxedphylipinterleaved
discreterrelaxedphylipinterleaved
דנאלן
רנאלן
aaaln
phyliptree
relaxedphyliptree
nexml
דנאפין
אאפין
rnafin
השתמש ב-NEXUSvalidator באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
